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- PDB-6cso: Crystal structure of the designed light-gated anion channel iC++ ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cso
タイトルCrystal structure of the designed light-gated anion channel iC++ at pH6.5
要素iC++
キーワードMEMBRANE PROTEIN / rhodopsin / channelrhodopsin / anion channel / optogenetics
機能・相同性OLEIC ACID / RETINAL
機能・相同性情報
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Kato, H.E. / Kim, Y. / Yamashita, K. / Kobilka, B.K. / Deisseroth, K.
資金援助 日本, 米国, 2件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJPR1782 日本
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R01MH075957 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Structural mechanisms of selectivity and gating in anion channelrhodopsins.
著者: Kato, H.E. / Kim, Y.S. / Paggi, J.M. / Evans, K.E. / Allen, W.E. / Richardson, C. / Inoue, K. / Ito, S. / Ramakrishnan, C. / Fenno, L.E. / Yamashita, K. / Hilger, D. / Lee, S.Y. / Berndt, A. ...著者: Kato, H.E. / Kim, Y.S. / Paggi, J.M. / Evans, K.E. / Allen, W.E. / Richardson, C. / Inoue, K. / Ito, S. / Ramakrishnan, C. / Fenno, L.E. / Yamashita, K. / Hilger, D. / Lee, S.Y. / Berndt, A. / Shen, K. / Kandori, H. / Dror, R.O. / Kobilka, B.K. / Deisseroth, K.
履歴
登録2018年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: iC++
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1313
ポリマ－34,5641
非ポリマー5672
水00
1
A: iC++
ヘテロ分子

A: iC++
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2626
ポリマ－69,1282
非ポリマー1,1344
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area7270 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area23200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.960, 141.100, 90.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 iC++


分子量: 34564.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 30% PEG 350MME, 100 mM sodium phosphate pH 6.5, 200 mM sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→47.053 Å / Num. obs: 6602 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.884 % / Biso Wilson estimate: 63.96 Å2 / CC1/2: 0.978 / Rmerge(I) obs: 0.518 / Rrim(I) all: 0.551 / Χ2: 1.33 / Net I/σ(I): 6.27
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.2-3.398.6983.3131.1910200.4123.527100
3.39-3.639.3381.7122.210120.7581.813100
3.63-3.929.2060.9923.589120.8231.053100
3.92-4.298.9840.5226.078510.9360.55499.9
4.29-4.89.0430.378.087720.9380.393100
4.8-5.548.4610.3437.546900.9630.366100
5.54-6.787.9610.3077.825870.9450.3399.8
6.78-9.569.2220.14315.214740.9930.151100
9.56-47.0538.5350.10222.032840.9970.10998.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UG9

3ug9


解像度: 3.2→47.053 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2714 325 4.94 %
Rwork0.2208 --
obs0.2234 6577 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→47.053 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2194 0 33 0 2227
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032285
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0413106
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6171288
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.11351
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003377
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2003-4.03160.30761570.23623077X-RAY DIFFRACTION100
4.0316-47.05830.25141680.21233175X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.14090.1919-0.40490.5067-0.38131.5433-0.10650.03610.6151-0.071-0.05030.20190.17770.4332-0.00580.08920.0567-0.09450.36780.0490.8374-4.6859-3.551218.6992
20.0884-0.3226-0.08823.9728-1.33072.3041-0.524-0.03270.21390.693-0.03870.1934-0.69760.0252-0.34820.2763-0.0105-0.11640.58030.06660.8109-22.1419-32.022412.8472
30.3574-0.03670.15040.0031-0.00740.0559-0.3615-0.18750.54630.06630.39660.05880.2782-0.0645-0.00330.46160.01430.06850.370.03790.5447-16.4734-36.596121.3535
41.84190.39720.3750.71641.05542.0828-0.04790.259-0.40520.06610.186-0.0565-0.0111-0.09860.01510.2006-0.0760.03320.2095-0.04920.145-0.6247-38.131114.5998
51.1591-0.6681-0.29961.60660.47910.86730.0957-0.06010.133-0.59410.4431-0.20220.46560.10960.47830.3174-0.2090.03840.283-0.06460.2034-7.035-39.98884.225
60.85260.0161-0.01560.4597-0.42550.5394-0.66140.1258-0.49420.12610.7112-0.3619-0.03060.12520.09530.5076-0.1676-0.0090.2576-0.01040.4885-12.6823-52.52579.8123
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 49 through 84 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 85 through 109 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 110 through 139 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 140 through 241 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 242 through 280 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 281 through 342 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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