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- PDB-6csm: Crystal structure of the natural light-gated anion channel GtACR1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6csm
タイトルCrystal structure of the natural light-gated anion channel GtACR1
要素GtACR1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / rhodopsin / channelrhodopsin / anion channel / optogenetics
機能・相同性
機能・相同性情報


light-activated monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
OLEIC ACID / RETINAL / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Guillardia theta CCMP2712 (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kato, H.E. / Kim, Y. / Yamashita, K. / Kobilka, B.K. / Deisseroth, K.
資金援助 日本, 米国, 2件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJPR1782 日本
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R01MH075957 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Structural mechanisms of selectivity and gating in anion channelrhodopsins.
著者: Kato, H.E. / Kim, Y.S. / Paggi, J.M. / Evans, K.E. / Allen, W.E. / Richardson, C. / Inoue, K. / Ito, S. / Ramakrishnan, C. / Fenno, L.E. / Yamashita, K. / Hilger, D. / Lee, S.Y. / Berndt, A. ...著者: Kato, H.E. / Kim, Y.S. / Paggi, J.M. / Evans, K.E. / Allen, W.E. / Richardson, C. / Inoue, K. / Ito, S. / Ramakrishnan, C. / Fenno, L.E. / Yamashita, K. / Hilger, D. / Lee, S.Y. / Berndt, A. / Shen, K. / Kandori, H. / Dror, R.O. / Kobilka, B.K. / Deisseroth, K.
履歴
登録2018年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月12日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_radiation_wavelength
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength
改定 1.22018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GtACR1
B: GtACR1
C: GtACR1
D: GtACR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,79013
ポリマ－125,2404
非ポリマー2,5509
水724
1
A: GtACR1
B: GtACR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0367
ポリマ－62,6202
非ポリマー1,4165
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6460 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area23760 Å2
手法PISA
2
C: GtACR1
D: GtACR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7546
ポリマ－62,6202
非ポリマー1,1344
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area24400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.780, 150.030, 90.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.430, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 4 through 273)
21(chain B and (resid 4 through 262 or (resid 263...
31(chain C and (resid 4 through 262 or (resid 263...
41(chain D and (resid 4 through 262 or (resid 263...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEPROPRO(chain A and resid 4 through 273)AA4 - 2731 - 270
21ILEILEVALVAL(chain B and (resid 4 through 262 or (resid 263...BB4 - 2621 - 259
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 4 through 262 or (resid 263...BB263260
23ILEILERETRET(chain B and (resid 4 through 262 or (resid 263...BB - H4 - 4011
24ILEILERETRET(chain B and (resid 4 through 262 or (resid 263...BB - H4 - 4011
25ILEILERETRET(chain B and (resid 4 through 262 or (resid 263...BB - H4 - 4011
26ILEILERETRET(chain B and (resid 4 through 262 or (resid 263...BB - H4 - 4011
31ILEILEVALVAL(chain C and (resid 4 through 262 or (resid 263...CC4 - 2621 - 259
32LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 4 through 262 or (resid 263...CC263260
33ILEILERETRET(chain C and (resid 4 through 262 or (resid 263...CC - J4 - 4011
34ILEILERETRET(chain C and (resid 4 through 262 or (resid 263...CC - J4 - 4011
35ILEILERETRET(chain C and (resid 4 through 262 or (resid 263...CC - J4 - 4011
36ILEILERETRET(chain C and (resid 4 through 262 or (resid 263...CC - J4 - 4011
41ILEILEVALVAL(chain D and (resid 4 through 262 or (resid 263...DD4 - 2621 - 259
42LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 4 through 262 or (resid 263...DD263260
43ILEILERETRET(chain D and (resid 4 through 262 or (resid 263...DD - L4 - 4011
44ILEILERETRET(chain D and (resid 4 through 262 or (resid 263...DD - L4 - 4011
45ILEILERETRET(chain D and (resid 4 through 262 or (resid 263...DD - L4 - 4011
46ILEILERETRET(chain D and (resid 4 through 262 or (resid 263...DD - L4 - 4011

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要素

#1: タンパク質
GtACR1


分子量: 31309.879 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Guillardia theta CCMP2712 (真核生物)
遺伝子: GUITHDRAFT_111593
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: L1J207
#2: 化合物
ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 10-12% (w/v) Polypropylene glycol P 400 (PPG P400), 100 mM MES pH 6.0, 100 mM potassium formate, 1-3% 1-butanol.

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 23-ID-B11.0332
シンクロトロンAPS 23-ID-D21.0332
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS EIGER X 16M1PIXEL2017年6月21日
DECTRIS PILATUS 6M2PIXEL2016年11月22日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.03321
21
反射解像度: 2.9→45.166 Å / Num. obs: 33398 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.52 % / Biso Wilson estimate: 59.86 Å2 / CC1/2: 0.971 / Rmerge(I) obs: 0.736 / Rrim(I) all: 0.76 / Χ2: 1.278 / Net I/σ(I): 3.69
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.9-3.0813.7895.4960.5753580.335.695100
3.08-3.2914.7113.0160.9650410.5143.118100
3.29-3.5514.7022.0011.4747380.7152.06899.9
3.55-3.8914.3971.2172.4342960.8311.257100
3.89-4.3414.9170.6124.7239500.9190.632100
4.34-5.0114.6040.4536.6134570.9360.46999.9
5.01-6.1214.7490.4315.8629330.9610.445100
6.12-8.5914.6720.2728.8723030.9910.27999.9
8.59-45.16614.3280.1914.1213220.9860.19699.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UG9

3ug9


解像度: 2.9→45.166 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2862 1650 4.99 %
Rwork0.2528 --
obs0.2545 33037 99.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 120.52 Å2 / Biso mean: 58.8251 Å2 / Biso min: 23.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→45.166 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8619 0 164 4 8787
Biso mean--52.28 54.24 -
残基数----1092
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029030
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55712292
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041401
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031464
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.6855275
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5046X-RAY DIFFRACTION12.123TORSIONAL
12B5046X-RAY DIFFRACTION12.123TORSIONAL
13C5046X-RAY DIFFRACTION12.123TORSIONAL
14D5046X-RAY DIFFRACTION12.123TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9-2.98530.35211290.36312514264394
2.9853-3.08170.34041310.35542517264897
3.0817-3.19180.37781370.33042625276299
3.1918-3.31960.35411400.317526212761100
3.3196-3.47060.34241360.311426262762100
3.4706-3.65350.34821400.294726342774100
3.6535-3.88230.30671380.25226272765100
3.8823-4.18180.26521400.238926512791100
4.1818-4.60230.22671380.209826242762100
4.6023-5.26740.27311390.217826502789100
5.2674-6.6330.24681400.237126432783100
6.633-45.17190.24381420.19722655279798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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