PDB-6csf: Crystal structure of sodium/alanine symporter AgcS with D-alanine...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6csf

タイトル

Crystal structure of sodium/alanine symporter AgcS with D-alanine bound

要素

Monoclonal antibody FAB heavy chain
Monoclonal antibody FAB light chain
Sodium/alanine symporter AgcS

キーワード

MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid:sodium symporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanococcus maripaludis (古細菌)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Ma, J. / Reyes, F.E. / Gonen, T.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for substrate binding and specificity of a sodium-alanine symporter AgcS.
著者: Ma, J. / Lei, H.T. / Reyes, F.E. / Sanchez-Martinez, S. / Sarhan, M.F. / Hattne, J. / Gonen, T.

履歴

登録	2018年3月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6csf.cif.gz	648.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6csf.ent.gz	538.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6csf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6csf_validation.pdf.gz	495.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6csf_full_validation.pdf.gz	535.5 KB	表示
XML形式データ	6csf_validation.xml.gz	60 KB	表示
CIF形式データ	6csf_validation.cif.gz	81.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/6csf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/6csf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6cseC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6lxi-1 4rfn-1 5kx6-3 5kte-d 4rfn-2 5kor-1 6gv1-d 5wnh-1 5dwn-d 6m3c-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Monoclonal antibody FAB heavy chain

B: Monoclonal antibody FAB light chain

M: Sodium/alanine symporter AgcS

H: Monoclonal antibody FAB heavy chain

C: Sodium/alanine symporter AgcS

L: Monoclonal antibody FAB light chain

ヘテロ分子

185 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Monoclonal antibody FAB heavy chain

B: Monoclonal antibody FAB light chain

C: Sodium/alanine symporter AgcS

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
92.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

M: Sodium/alanine symporter AgcS

H: Monoclonal antibody FAB heavy chain

L: Monoclonal antibody FAB light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
92.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.051, 183.051, 349.843
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain H
1	2	chain M
2	2	chain C
1	3	chain B
2	3	chain L

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLU	GLU	GLY	GLY	chain A	A	A	1 - 224	1 - 214
2	1	1	GLU	GLU	GLY	GLY	chain H	H	D	1 - 224	1 - 214
1	1	2	GLY	GLY	ASN	ASN	(chain G and resid 16 through 448)	M	C	16 - 448	16 - 448
2	1	2	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain J and (resid 16 through 52 or resid 56 through 448))	C	E	16 - 52	16 - 52
2	2	2	GLU	GLU	ASN	ASN	(chain J and (resid 16 through 52 or resid 56 through 448))	C	E	56 - 448	56 - 448
1	1	3	ASP	ASP	GLU	GLU	chain B	B	B	1 - 213	1 - 213
2	1	3	ASP	ASP	GLU	GLU	chain L	L	F	1 - 213	1 - 213

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: 抗体	Monoclonal antibody FAB heavy chain 分子量: 22220.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	Monoclonal antibody FAB light chain 分子量: 22891.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質	Sodium/alanine symporter AgcS / Alanine permease 分子量: 47553.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis (strain S2 / LL) (古細菌) 株: S2 / LL / 遺伝子: agcS, MMP1511 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6LX42
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-DAL / D-ALANINE / D-アラニンタイプ: D-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₂
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 2.5M Ammonium Sulfate, 100mM Sodium Citrate pH 5.0-5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→158.53 Å / Num. obs: 99301 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.8 % / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 3.3→3.36 Å / 冗長度: 8.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 4881 / CC_1/2: 0.354 / R_pim(I) all: 0.766 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 3.3→158.527 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.37

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2533	4919	4.96 %
R_work	0.2396	-	-
obs	0.2403	99144	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 247.02 Å² / B_iso mean: 117.5076 Å² / B_iso min: 45.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.3→158.527 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12663	0	7	0	12670
B_iso mean	-	-	129.07	-	-
残基数	-	-	-	-	1713

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	12999
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8	17691
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	2072
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2211
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.566	7522

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1868	X-RAY DIFFRACTION	8.62	TORSIONAL
1	2	H	1868	X-RAY DIFFRACTION	8.62	TORSIONAL
2	1	M	3564	X-RAY DIFFRACTION	8.62	TORSIONAL
2	2	C	3564	X-RAY DIFFRACTION	8.62	TORSIONAL
3	1	B	1926	X-RAY DIFFRACTION	8.62	TORSIONAL
3	2	L	1926	X-RAY DIFFRACTION	8.62	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.3-3.3375	0.3803	179	0.3459	3117	3296	99
3.3375-3.3768	0.3662	165	0.3518	3105	3270	100
3.3768-3.418	0.388	163	0.337	3110	3273	100
3.418-3.4612	0.3287	145	0.3208	3176	3321	100
3.4612-3.5068	0.3402	176	0.3151	3090	3266	100
3.5068-3.5548	0.3338	178	0.3074	3148	3326	100
3.5548-3.6056	0.3298	153	0.3006	3155	3308	100
3.6056-3.6594	0.3267	153	0.2863	3185	3338	100
3.6594-3.7166	0.2916	167	0.2688	3110	3277	100
3.7166-3.7776	0.3041	170	0.2681	3125	3295	100
3.7776-3.8427	0.2885	181	0.2539	3105	3286	100
3.8427-3.9126	0.2368	162	0.2446	3162	3324	100
3.9126-3.9879	0.2505	187	0.2419	3133	3320	100
3.9879-4.0693	0.2355	167	0.239	3161	3328	100
4.0693-4.1578	0.2589	123	0.2219	3147	3270	100
4.1578-4.2545	0.2175	180	0.2119	3161	3341	100
4.2545-4.3609	0.2326	130	0.2155	3157	3287	100
4.3609-4.4788	0.215	135	0.2043	3161	3296	100
4.4788-4.6106	0.1769	165	0.1894	3144	3309	100
4.6106-4.7594	0.1837	173	0.1862	3126	3299	100
4.7594-4.9295	0.2051	207	0.1799	3099	3306	100
4.9295-5.1269	0.2053	161	0.188	3158	3319	100
5.1269-5.3603	0.2462	159	0.201	3138	3297	100
5.3603-5.6429	0.2358	168	0.2201	3142	3310	100
5.6429-5.9964	0.2732	148	0.2343	3160	3308	100
5.9964-6.4594	0.2677	157	0.2362	3165	3322	100
6.4594-7.1095	0.2684	168	0.2322	3157	3325	100
7.1095-8.1382	0.225	161	0.223	3142	3303	100
8.1382-10.253	0.1991	158	0.1882	3146	3304	99
10.253-158.71	0.3012	180	0.3242	3140	3320	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 209.23 Å / Origin y: -31.859 Å / Origin z: -14.2974 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.485 Å²	-0.0549 Å²	0.0162 Å²	-	0.6021 Å²	-0.0009 Å²	-	-	0.5989 Å²
L	0.8136 °²	0.0977 °²	0.0251 °²	-	0.5956 °²	0.24 °²	-	-	0.9584 °²
S	0.0343 Å °	0.1401 Å °	-0.2321 Å °	0.0803 Å °	-0.0462 Å °	-0.0358 Å °	0.164 Å °	0.0472 Å °	0.0355 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 224
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 213
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	M	15 - 451
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	1 - 224
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	16 - 448
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	L	1 - 213
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	M	501
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	M	502

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関連情報:EMDBヘッダ

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