PDB-6cse: Crystal structure of sodium/alanine symporter AgcS with L-alanine...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cse

タイトル

Crystal structure of sodium/alanine symporter AgcS with L-alanine bound

要素

Monoclonal antibody FAB heavy chain
Monoclonal antibody FAB light chain
Sodium/alanine symporter AgcS

キーワード

MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid:sodium symporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanococcus maripaludis (古細菌)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.24 Å

データ登録者

Ma, J. / Reyes, F.E. / Gonen, T.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for substrate binding and specificity of a sodium-alanine symporter AgcS.
著者: Ma, J. / Lei, H.T. / Reyes, F.E. / Sanchez-Martinez, S. / Sarhan, M.F. / Hattne, J. / Gonen, T.

履歴

登録	2018年3月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cse.cif.gz	649.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cse.ent.gz	536.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cse.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6cse_validation.pdf.gz	491.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cse_full_validation.pdf.gz	528 KB	表示
XML形式データ	6cse_validation.xml.gz	59.6 KB	表示
CIF形式データ	6cse_validation.cif.gz	81.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/6cse ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/6cse	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6csfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6csf-2 4ydj-1 6q20-d 2zcl-d 6vy6-d 6lxi-2 5eml-d 1ncc-d 4ydj-2 5kor-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Monoclonal antibody FAB heavy chain

B: Monoclonal antibody FAB light chain

M: Sodium/alanine symporter AgcS

H: Monoclonal antibody FAB heavy chain

C: Sodium/alanine symporter AgcS

L: Monoclonal antibody FAB light chain

ヘテロ分子

185 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Monoclonal antibody FAB heavy chain

B: Monoclonal antibody FAB light chain

C: Sodium/alanine symporter AgcS

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
92.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

M: Sodium/alanine symporter AgcS

H: Monoclonal antibody FAB heavy chain

L: Monoclonal antibody FAB light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
92.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.477, 183.477, 349.067
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain H
1	2	chain M
2	2	chain C
1	3	chain B
2	3	chain L

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLU	GLU	GLY	GLY	chain A	A	A	1 - 224	1 - 214
2	1	1	GLU	GLU	GLY	GLY	chain H	H	D	1 - 224	1 - 214
1	1	2	GLY	GLY	ASN	ASN	(chain G and resid 16 through 448)	M	C	16 - 448	16 - 448
2	1	2	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain J and (resid 16 through 52 or resid 56 through 448))	C	E	16 - 52	16 - 52
2	2	2	GLU	GLU	ASN	ASN	(chain J and (resid 16 through 52 or resid 56 through 448))	C	E	56 - 448	56 - 448
1	1	3	ASP	ASP	GLU	GLU	chain B	B	B	1 - 213	1 - 213
2	1	3	ASP	ASP	GLU	GLU	chain L	L	F	1 - 213	1 - 213

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: 抗体	Monoclonal antibody FAB heavy chain 分子量: 22220.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	Monoclonal antibody FAB light chain 分子量: 22891.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質	Sodium/alanine symporter AgcS / Alanine permease 分子量: 47553.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis (strain S2 / LL) (古細菌) 株: S2 / LL / 遺伝子: agcS, MMP1511 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6LX42
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-ALA / ALANINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₂
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 2.5M Ammonium Sulfate, 100mM Sodium Citrate pH 5.0-5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.24→158.9 Å / Num. obs: 105185 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / CC_1/2: 0.995 / R_pim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 3.24→3.3 Å / 冗長度: 7.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 40537 / CC_1/2: 0.363 / R_pim(I) all: 0.707 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

解像度: 3.24→29.99 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.8

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2506	5175	4.93 %
R_work	0.2298	-	-
obs	0.2308	104922	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 234.54 Å² / B_iso mean: 106.7813 Å² / B_iso min: 47.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.24→29.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12663	0	7	0	12670
B_iso mean	-	-	121.15	-	-
残基数	-	-	-	-	1713

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	12999
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.806	17691
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	2072
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2211
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.518	7524

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1866	X-RAY DIFFRACTION	9.02	TORSIONAL
1	2	H	1866	X-RAY DIFFRACTION	9.02	TORSIONAL
2	1	M	3552	X-RAY DIFFRACTION	9.02	TORSIONAL
2	2	C	3552	X-RAY DIFFRACTION	9.02	TORSIONAL
3	1	B	1914	X-RAY DIFFRACTION	9.02	TORSIONAL
3	2	L	1914	X-RAY DIFFRACTION	9.02	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.24-3.2768	0.3567	179	0.3287	3350	3529	100
3.2768-3.3153	0.3126	153	0.3181	3296	3449	100
3.3153-3.3557	0.3564	173	0.3221	3303	3476	100
3.3557-3.3981	0.3707	177	0.31	3383	3560	100
3.3981-3.4428	0.303	162	0.2992	3264	3426	100
3.4428-3.4899	0.2974	167	0.2891	3364	3531	100
3.4899-3.5396	0.3125	158	0.2836	3340	3498	100
3.5396-3.5924	0.3014	189	0.2816	3300	3489	100
3.5924-3.6484	0.2935	196	0.2672	3296	3492	100
3.6484-3.7081	0.2685	182	0.2559	3288	3470	100
3.7081-3.772	0.2885	183	0.2575	3297	3480	100
3.772-3.8404	0.2846	174	0.2565	3355	3529	100
3.8404-3.9141	0.2549	171	0.2429	3336	3507	100
3.9141-3.9938	0.2416	140	0.2363	3349	3489	100
3.9938-4.0805	0.2575	177	0.2311	3337	3514	100
4.0805-4.1752	0.2427	170	0.224	3310	3480	100
4.1752-4.2793	0.2446	153	0.2074	3325	3478	100
4.2793-4.3946	0.2342	170	0.2121	3327	3497	100
4.3946-4.5235	0.215	158	0.1948	3328	3486	100
4.5235-4.669	0.2001	152	0.1814	3371	3523	100
4.669-4.8352	0.2004	160	0.1871	3338	3498	100
4.8352-5.028	0.2191	186	0.1879	3300	3486	100
5.028-5.2556	0.2057	168	0.1983	3355	3523	100
5.2556-5.5311	0.2368	203	0.2148	3271	3474	100
5.5311-5.8752	0.261	169	0.2224	3348	3517	100
5.8752-6.3249	0.2386	169	0.2319	3343	3512	100
6.3249-6.9542	0.272	185	0.2332	3311	3496	100
6.9542-7.9441	0.2405	189	0.2059	3335	3524	100
7.9441-9.9478	0.1996	183	0.1803	3291	3474	99
9.9478-29.9911	0.2874	179	0.2789	3336	3515	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 209.6781 Å / Origin y: -32.0208 Å / Origin z: -14.2863 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.5383 Å²	-0.055 Å²	0.0192 Å²	-	0.6318 Å²	-0.0046 Å²	-	-	0.6525 Å²
L	0.7214 °²	0.1448 °²	-0.068 °²	-	0.4268 °²	0.1098 °²	-	-	0.7969 °²
S	0.0315 Å °	0.075 Å °	-0.2636 Å °	0.0553 Å °	-0.0488 Å °	-0.1196 Å °	0.1654 Å °	0.0983 Å °	0.0221 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 224
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 213
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	M	15 - 451
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	1 - 224
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	16 - 448
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	L	1 - 213
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	I	1
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1

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関連情報:EMDBヘッダ

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