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万見
- PDB-6csd: V308E mutant of cytochrome P450 2D6 complexed with prinomastat -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6csd
タイトルV308E mutant of cytochrome P450 2D6 complexed with prinomastat
要素Cytochrome P450 2D6
キーワードOXIDOREDUCTASE / conformational change proximal surface distal surface substrate binding C-D loop
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of binding / negative regulation of cellular organofluorine metabolic process / Miscellaneous substrates / isoquinoline alkaloid metabolic process / Fatty acids / coumarin metabolic process / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / CYP2E1 reactions / arachidonate metabolic process / anandamide 8,9 epoxidase activity ...negative regulation of binding / negative regulation of cellular organofluorine metabolic process / Miscellaneous substrates / isoquinoline alkaloid metabolic process / Fatty acids / coumarin metabolic process / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / CYP2E1 reactions / arachidonate metabolic process / anandamide 8,9 epoxidase activity / anandamide 11,12 epoxidase activity / anandamide 14,15 epoxidase activity / alkaloid catabolic process / Biosynthesis of maresin-like SPMs / monoterpenoid metabolic process / alkaloid metabolic process / oxidative demethylation / Xenobiotics / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / long-chain fatty acid biosynthetic process / estrogen metabolic process / retinol metabolic process / Aspirin ADME / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / monooxygenase activity / xenobiotic metabolic process / cholesterol metabolic process / oxidoreductase activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2D-like / : / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 ...Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2D-like / : / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Prinomastat / Cytochrome P450 2D6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.391 Å
データ登録者Yang, Y.T. / Fujita, K. / Wang, P.F. / Im, S.C. / Pearl, N.M. / Meagher, J. / Stuckey, J. / Waskell, L.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Characteristic conformational changes on the distal and proximal surfaces of cytochrome P450 2D6 in response to substrate binding
著者: Yang, Y.T. / Fujita, F. / Wang, P.F. / Im, S.C. / Pearl, N.M. / Meagher, J. / Stuckey, J. / Waskell, L.
履歴
登録2018年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 2D6
B: Cytochrome P450 2D6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,22314
ポリマ－107,5212
非ポリマー3,70212
水7,440413
1
A: Cytochrome P450 2D6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6127
ポリマ－53,7611
非ポリマー1,8516
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome P450 2D6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6127
ポリマ－53,7611
非ポリマー1,8516
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.472, 126.527, 192.258
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-606-

ZN

21A-862-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cytochrome P450 2D6 / CYPIID6 / Cholesterol 25-hydroxylase / Cytochrome P450-DB1 / Debrisoquine 4-hydroxylase


分子量: 53760.551 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 34-497 / 変異: V308E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP2D6, CYP2DL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10635, unspecific monooxygenase

-
非ポリマー , 5種, 425分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-PN0 / Prinomastat / (3S)-N-hydroxy-2,2-dimethyl-4-{[4-(pyridin-4-yloxy)phenyl]sulfonyl}thiomorpholine-3-carboxamide / AG-3340


分子量: 423.506 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H21N3O5S2 / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS


分子量: 614.877 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58N2O7S / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: mixing 1.5 ul of protein solution, 0.25 ul 70 mM HEGA-10, and 0.3 ul of the reservoir solution containing 10-20% of PEG400, 0.1 M cacodylate, pH 7.0, 2 mM ZnSO4, and 200 mM MgAc2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97892 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97892 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.391→192.258 Å / Num. obs: 53422 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.649 / Mean I/σ(I) obs: 1.823

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TBG

3tbg


解像度: 2.391→48.064 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2361 2624 4.92 %
Rwork0.1978 --
obs0.1997 53292 94.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.391→48.064 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7069 0 196 416 7681
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087527
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00810311
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.1896938
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531135
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071371
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.391-2.43450.31891030.26522156X-RAY DIFFRACTION78
2.4345-2.48130.32111170.26232382X-RAY DIFFRACTION85
2.4813-2.5320.30631410.25932337X-RAY DIFFRACTION86
2.532-2.5870.27791310.23842491X-RAY DIFFRACTION89
2.587-2.64720.29631370.23452475X-RAY DIFFRACTION89
2.6472-2.71340.32931400.23722622X-RAY DIFFRACTION93
2.7134-2.78680.27131460.22342584X-RAY DIFFRACTION94
2.7868-2.86870.29171430.21442666X-RAY DIFFRACTION95
2.8687-2.96130.27781250.21322718X-RAY DIFFRACTION97
2.9613-3.06720.27541310.21842731X-RAY DIFFRACTION97
3.0672-3.18990.24411550.21072775X-RAY DIFFRACTION98
3.1899-3.33510.25631360.20272736X-RAY DIFFRACTION98
3.3351-3.51090.23671430.19352787X-RAY DIFFRACTION99
3.5109-3.73080.21721380.19192821X-RAY DIFFRACTION99
3.7308-4.01870.2231370.17072822X-RAY DIFFRACTION99
4.0187-4.42280.1981510.1632841X-RAY DIFFRACTION99
4.4228-5.06220.17511520.16052850X-RAY DIFFRACTION100
5.0622-6.37550.19361620.20372893X-RAY DIFFRACTION99
6.3755-48.07420.23361360.19072981X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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