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- PDB-6cqd: Crystal structure of HPK1 in complex with ATP analogue (AMPPNP) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cqd
タイトルCrystal structure of HPK1 in complex with ATP analogue (AMPPNP)
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
キーワードTRANSFERASE / Protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / peptidyl-serine phosphorylation / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H3S28 kinase activity ...MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / peptidyl-serine phosphorylation / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / protein autophosphorylation / cell population proliferation / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Wu, P. / Lehoux, I. / Franke, Y. / Mortara, K. / Wang, W.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Hematopoietic Progenitor Kinase-1 Structure in a Domain-Swapped Dimer.
著者: Wu, P. / Sneeringer, C.J. / Pitts, K.E. / Day, E.S. / Chan, B.K. / Wei, B. / Lehoux, I. / Mortara, K. / Li, H. / Wu, J. / Franke, Y. / Moffat, J.G. / Grogan, J.L. / Heffron, T.P. / Wang, W.
履歴
登録2018年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4987
ポリマ－66,4132
非ポリマー1,0855
水3,909217
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6230 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area27330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.886, 51.882, 107.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 131.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-519-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1 / HKP1 / Hematopoietic progenitor kinase / MAPK/ERK kinase kinase kinase 1 / MEKKK 1


分子量: 33206.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K1, HPK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92918, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.24 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 12% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月13日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→50 Å / Num. obs: 35007 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.12→2.127 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.12→46.987 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.97 / 位相誤差: 30.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2498 3303 5.08 %
Rwork0.2034 --
obs0.2059 34951 95.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→46.987 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4572 0 65 217 4854
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054749
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8476415
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4861763
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03719
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004802
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.12-2.15030.4061300.32432527X-RAY DIFFRACTION94
2.1503-2.18240.35041040.29662610X-RAY DIFFRACTION95
2.1824-2.21650.30081460.29262497X-RAY DIFFRACTION96
2.2165-2.25280.3311660.2842622X-RAY DIFFRACTION95
2.2528-2.29170.32981200.27772523X-RAY DIFFRACTION94
2.2917-2.33340.35971410.26152494X-RAY DIFFRACTION92
2.3334-2.37820.32441580.27052437X-RAY DIFFRACTION92
2.3782-2.42680.28461110.24352580X-RAY DIFFRACTION95
2.4268-2.47950.33091380.25052522X-RAY DIFFRACTION96
2.4795-2.53720.30211210.24832607X-RAY DIFFRACTION96
2.5372-2.60070.29661350.23792636X-RAY DIFFRACTION97
2.6007-2.6710.33621190.24532628X-RAY DIFFRACTION97
2.671-2.74960.28941190.23672618X-RAY DIFFRACTION97
2.7496-2.83830.29551580.24632588X-RAY DIFFRACTION97
2.8383-2.93970.28551470.24372561X-RAY DIFFRACTION97
2.9397-3.05740.28691450.24172637X-RAY DIFFRACTION97
3.0574-3.19650.30371160.23462549X-RAY DIFFRACTION96
3.1965-3.3650.33491200.21842523X-RAY DIFFRACTION93
3.365-3.57580.26161320.19512614X-RAY DIFFRACTION96
3.5758-3.85170.20971510.17872570X-RAY DIFFRACTION96
3.8517-4.23910.19751470.15142622X-RAY DIFFRACTION98
4.2391-4.8520.18551580.1332618X-RAY DIFFRACTION98
4.852-6.11090.18471650.1572523X-RAY DIFFRACTION95
6.1109-46.99810.17151560.15032654X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.38430.20340.0040.2132-0.14430.5661-0.161-0.04680.05020.11830.0745-0.0592-0.5241-0.05800.34040.0688-0.05130.2227-0.01420.308114.43489.585212.8207
20.6434-0.19320.35520.9380.09441.80270.0332-0.0403-0.02450.0958-0.05820.05120.0325-0.1285-00.1432-0.01920.00110.1518-0.00940.184418.5789-10.227426.9589
30.17720.05930.14030.42520.02940.38930.03630.12780.0231-0.35960.1569-0.0654-0.2569-0.20390.00010.3650.07720.03570.52240.0710.388712.769124.908859.5205
40.5888-0.55250.2566-0.21620.31761.1237-0.1015-0.06840.0713-0.1237-0.0165-0.01010.6599-0.0044-0.13070.41610.03220.06620.21290.02990.178725.43824.121161.2632
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resi 2:93
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resi 94:294
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and resi 4:93
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resi 94:294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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