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- PDB-6cqc: RNase P protein from Thermotoga maritima in complex with 1-(4-Flu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cqc
タイトルRNase P protein from Thermotoga maritima in complex with 1-(4-Fluorophenyl)-2-thiourea
要素Ribonuclease P protein component
キーワードRNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-tRNA processing endoribonuclease activity / ribonuclease P complex / tRNA 3'-end processing / ribonuclease P / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / tRNA binding
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease P / Ribonuclease P, conserved site / Ribonuclease P / Bacterial ribonuclease P protein component signature. / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-(4-fluorophenyl)thiourea / Ribonuclease P protein component
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Torres-Larios, A. / Madrigal-Carrillo, E.A.
資金援助 メキシコ, 1件
組織認可番号国
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)PDCPN2014- 47543 メキシコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Discovery of novel RNase P inhibitors via an activity-binding-structure pipeline
著者: Madrigal-Carrillo, E.A. / Diaz-Tufinio, C.A. / Santamaria-Suarez, H.A. / Arciniega-Castro, M. / Torres-Larios, A.
履歴
登録2018年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease P protein component
B: Ribonuclease P protein component
C: Ribonuclease P protein component
D: Ribonuclease P protein component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,06320
ポリマ－57,4524
非ポリマー1,61116
水8,755486
1
A: Ribonuclease P protein component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7475
ポリマ－14,3631
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ribonuclease P protein component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7475
ポリマ－14,3631
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Ribonuclease P protein component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7475
ポリマ－14,3631
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Ribonuclease P protein component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8215
ポリマ－14,3631
非ポリマー4584
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.136, 64.264, 68.121
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Ribonuclease P protein component / RNaseP protein / Protein C5


分子量: 14363.003 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: rnpA, TM_1463 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1H4, ribonuclease P
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-8P4 / 1-(4-fluorophenyl)thiourea / N1-(4-フルオロフェニル)チオ尿素


分子量: 170.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7FN2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.21 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: P protein from T. maritima in 50 mM Tris-HCl pH 7.5, 0.2 mM EDTA was crystallized at 3 mg/mL in 12% PEG-1000, 100 mm sodium acetate pH 4.8 and 200 mM potassium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→46.29 Å / Num. obs: 67977 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.053 / Χ2: 0.71 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 1.54→1.57 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.237 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 2724 / CC1/2: 0.915 / Rpim(I) all: 0.195 / Rrim(I) all: 0.287 / Χ2: 0.58 / % possible all: 78.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NZ0

1nz0


解像度: 1.54→46.286 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 19.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.199 3437 5.06 %
Rwork0.1802 --
obs0.1811 67950 96.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→46.286 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3630 0 86 488 4204
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073869
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7035183
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.2542362
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05546
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004636
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.54-1.56110.2689990.24262083X-RAY DIFFRACTION77
1.5611-1.58340.2921340.22342358X-RAY DIFFRACTION90
1.5834-1.60710.22581460.22052566X-RAY DIFFRACTION96
1.6071-1.63220.2381470.20822500X-RAY DIFFRACTION97
1.6322-1.65890.22421330.21192596X-RAY DIFFRACTION97
1.6589-1.68750.25281180.20572572X-RAY DIFFRACTION97
1.6875-1.71820.23611220.19912577X-RAY DIFFRACTION97
1.7182-1.75130.23671310.19762632X-RAY DIFFRACTION97
1.7513-1.7870.20761350.20182552X-RAY DIFFRACTION97
1.787-1.82590.21171520.20642572X-RAY DIFFRACTION97
1.8259-1.86840.22921450.19822578X-RAY DIFFRACTION97
1.8684-1.91510.21781420.19262574X-RAY DIFFRACTION98
1.9151-1.96690.22991570.1862596X-RAY DIFFRACTION98
1.9669-2.02470.21631230.17882614X-RAY DIFFRACTION98
2.0247-2.09010.22021420.1762619X-RAY DIFFRACTION98
2.0901-2.16480.17011290.16782620X-RAY DIFFRACTION98
2.1648-2.25150.17141490.16622620X-RAY DIFFRACTION98
2.2515-2.35390.16181330.1652630X-RAY DIFFRACTION99
2.3539-2.4780.18951550.15962614X-RAY DIFFRACTION98
2.478-2.63330.17011440.17172626X-RAY DIFFRACTION99
2.6333-2.83660.20221350.17512690X-RAY DIFFRACTION99
2.8366-3.1220.2171500.17662632X-RAY DIFFRACTION99
3.122-3.57360.20731490.17362663X-RAY DIFFRACTION99
3.5736-4.50170.17451290.15522686X-RAY DIFFRACTION99
4.5017-46.30710.1851380.20362743X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.7409 Å / Origin y: 13.3899 Å / Origin z: 16.142 Å
111213212223313233
T0.1107 Å20.0115 Å20.0006 Å2-0.0967 Å2-0.0007 Å2--0.0991 Å2
L0.3973 °20.319 °20.2077 °2-0.3367 °20.2388 °2--0.2372 °2
S0.0047 Å °-0.0701 Å °0.0499 Å °0.0131 Å °-0.0314 Å °0.0681 Å °-0.0086 Å °-0.0031 Å °-0.0093 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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