PDB-6cqc: RNase P protein from Thermotoga maritima in complex with 1-(4-Flu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cqc

タイトル

RNase P protein from Thermotoga maritima in complex with 1-(4-Fluorophenyl)-2-thiourea

要素

Ribonuclease P protein component

キーワード

RNA BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

3'-tRNA processing endoribonuclease activity / ribonuclease P complex / ribonuclease P / tRNA 3'-end processing / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / tRNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Torres-Larios, A. / Madrigal-Carrillo, E.A.

資金援助

メキシコ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Discovery of novel RNase P inhibitors via an activity-binding-structure pipeline
著者: Madrigal-Carrillo, E.A. / Diaz-Tufinio, C.A. / Santamaria-Suarez, H.A. / Arciniega-Castro, M. / Torres-Larios, A.

履歴

登録	2018年3月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月15日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cqc.cif.gz	290.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cqc.ent.gz	241.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cqc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/6cqc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/6cqc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nz0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1w9s-2 1uy1-d 1w9t-2 5lxh-1 1nz0-2 4aax-d 5nmj-d 1w9s-1 3wzt-5 1rtx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Ribonuclease P protein component

B: Ribonuclease P protein component

C: Ribonuclease P protein component

D: Ribonuclease P protein component

ヘテロ分子

59.1 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Ribonuclease P protein component

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: The crystal structure of the holoenzyme (PDB code 3Q1R) does not indicate evidence of oligomerization.
14.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Ribonuclease P protein component

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Ribonuclease P protein component

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Ribonuclease P protein component

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.136, 64.264, 68.121
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.63, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Ribonuclease P protein component / RNaseP protein / Protein C5 分子量: 14363.003 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア) 株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: rnpA, TM_1463 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1H4, ribonuclease P
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-8P4 / 1-(4-fluorophenyl)thiourea 分子量: 170.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₇FN₂S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.21 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: P protein from T. maritima in 50 mM Tris-HCl pH 7.5, 0.2 mM EDTA was crystallized at 3 mg/mL in 12% PEG-1000, 100 mm sodium acetate pH 4.8 and 200 mM potassium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月12日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→46.29 Å / Num. obs: 67977 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 18 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.044 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.053 / Χ²: 0.71 / Net I/σ(I): 19.5
反射シェル	解像度: 1.54→1.57 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.237 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 2724 / CC_1/2: 0.915 / R_pim(I) all: 0.195 / R_rim(I) all: 0.287 / Χ²: 0.58 / % possible all: 78.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1NZ0

1nz0

解像度: 1.54→46.286 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 19.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.199	3437	5.06 %
R_work	0.1802	-	-
obs	0.1811	67950	96.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→46.286 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3630	0	86	488	4204

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3869
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.703	5183
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.254	2362
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	546
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	636

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.54-1.5611	0.2689	99	0.2426	2083	X-RAY DIFFRACTION	77
1.5611-1.5834	0.292	134	0.2234	2358	X-RAY DIFFRACTION	90
1.5834-1.6071	0.2258	146	0.2205	2566	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6071-1.6322	0.238	147	0.2082	2500	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6322-1.6589	0.2242	133	0.2119	2596	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6589-1.6875	0.2528	118	0.2057	2572	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6875-1.7182	0.2361	122	0.1991	2577	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7182-1.7513	0.2367	131	0.1976	2632	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7513-1.787	0.2076	135	0.2018	2552	X-RAY DIFFRACTION	97
1.787-1.8259	0.2117	152	0.2064	2572	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8259-1.8684	0.2292	145	0.1982	2578	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8684-1.9151	0.2178	142	0.1926	2574	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9151-1.9669	0.2299	157	0.186	2596	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9669-2.0247	0.2163	123	0.1788	2614	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0247-2.0901	0.2202	142	0.176	2619	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0901-2.1648	0.1701	129	0.1678	2620	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1648-2.2515	0.1714	149	0.1662	2620	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2515-2.3539	0.1618	133	0.165	2630	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3539-2.478	0.1895	155	0.1596	2614	X-RAY DIFFRACTION	98
2.478-2.6333	0.1701	144	0.1717	2626	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6333-2.8366	0.2022	135	0.1751	2690	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8366-3.122	0.217	150	0.1766	2632	X-RAY DIFFRACTION	99
3.122-3.5736	0.2073	149	0.1736	2663	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5736-4.5017	0.1745	129	0.1552	2686	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5017-46.3071	0.185	138	0.2036	2743	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 6.7409 Å / Origin y: 13.3899 Å / Origin z: 16.142 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1107 Å²	0.0115 Å²	0.0006 Å²	-	0.0967 Å²	-0.0007 Å²	-	-	0.0991 Å²
L	0.3973 °²	0.319 °²	0.2077 °²	-	0.3367 °²	0.2388 °²	-	-	0.2372 °²
S	0.0047 Å °	-0.0701 Å °	0.0499 Å °	0.0131 Å °	-0.0314 Å °	0.0681 Å °	-0.0086 Å °	-0.0031 Å °	-0.0093 Å °

精密化 TLSグループ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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