PDB-6cok: Structure of the 2nd TOG domain from yeast CLASP protein STU1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cok

タイトル

Structure of the 2nd TOG domain from yeast CLASP protein STU1

要素

Protein STU1

キーワード

PROTEIN BINDING / Heat repeat / single domain

機能・相同性

機能・相同性情報

astral microtubule depolymerization / mitotic spindle midzone / attachment of spindle microtubules to kinetochore / kinetochore binding / polar microtubule / microtubule organizing center / mitotic spindle assembly / beta-tubulin binding / cytoplasmic microtubule / spindle microtubule ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Majumdar, S. / Rice, L.M.

引用

ジャーナル: Mol. Biol. Cell / 年: 2018
タイトル: An isolated CLASP TOG domain suppresses microtubule catastrophe and promotes rescue.
著者: Majumdar, S. / Kim, T. / Chen, Z. / Munyoki, S. / Tso, S.C. / Brautigam, C.A. / Rice, L.M.

履歴

登録	2018年3月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cok.cif.gz	126.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cok.ent.gz	98.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cok.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6cok_validation.pdf.gz	415.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cok_full_validation.pdf.gz	417 KB	表示
XML形式データ	6cok_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	6cok_validation.cif.gz	18 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/6cok ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/6cok	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4k92-1 5nrv-d 5nr3-d 5nv2-d 5ue0-d 1hul-d 4qmh-d 6mq7-1 4qiv-d 2qrw-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein STU1

36.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.412, 111.009, 44.937
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.36, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Protein STU1 / Suppressor of tubulin 1 分子量: 36861.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: STU1, YBL034C, YBL0416 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38198
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.97 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 18% PEG3350, 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→50 Å / Num. obs: 23899 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 1.89→1.92 Å / R_merge(I) obs: 0.568 / R_pim(I) all: 0.33

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.89→40.949 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.82

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2121	1152	5 %
R_work	0.1728	-	-
obs	0.1747	23025	95.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→40.949 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2169	0	0	161	2330

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2242
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.81	3043
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.347	1387
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	367
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	377

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8885-1.9744	0.2929	116	0.2141	2211	X-RAY DIFFRACTION	76
1.9744-2.0785	0.2279	139	0.1916	2646	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0785-2.2088	0.2299	149	0.1778	2808	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2088-2.3793	0.2221	149	0.1691	2855	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3793-2.6187	0.2063	150	0.1735	2836	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6187-2.9975	0.2194	149	0.1781	2827	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9975-3.7761	0.2353	148	0.1689	2830	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7761-40.959	0.169	152	0.161	2860	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8759	0.8415	1.5636	3.8951	-1.3433	4.2763	0.2994	0.0558	-0.159	-0.2162	-0.1956	-0.5502	0.3544	0.3204	0.0657	0.1088	0.0084	0.0498	0.1977	-0.0413	0.2131	15.7716	45.5122	45.6265
2	2.1487	-0.0107	-0.8985	1.9155	-0.268	0.8449	-0.052	0.4384	-0.2994	-0.3202	0.014	0.0214	-0.025	-0.3667	-0.0632	0.2789	0.0257	-0.1352	0.1322	-0.0196	0.2293	1.5204	18.6532	27.1715
3	2.2669	0.3185	-0.9049	7.3246	-5.429	6.5002	0.0927	0.1147	-0.1675	-0.1655	-0.0231	-0.0504	-0.0069	0.1306	-0.0485	0.1502	0.005	-0.0212	0.1205	-0.0724	0.0999	2.0716	19.7163	32.1463
4	1.8311	0.4655	-0.1302	7.2446	-2.6749	4.7343	0.0726	-0.0035	-0.1106	0.2606	0.0909	-0.2114	-0.1059	-0.0031	-0.13	0.1129	0.0337	0.0016	0.0846	-0.0413	0.1066	2.2337	24.4313	38.9047
5	2.2789	0.4618	0.4513	2.518	-0.2918	4.4974	-0.1525	-0.187	-0.0638	0.4576	0.0997	-0.2907	-0.1044	-0.2091	0.0464	0.236	0.0468	-0.0534	0.1153	-0.0452	0.1627	1.9866	32.0405	45.1864
6	2.6807	0.0577	0.0396	4.0947	-0.6679	2.1652	-0.0199	0.0224	0.1739	-0.2449	0.0204	0.1761	0.0759	-0.2964	-0.0001	0.0718	-0.0078	-0.0001	0.1525	-0.0456	0.1482	-3.2094	42.0318	46.0409
7	2.0598	0.5273	-0.5229	3.0603	-0.5583	2.197	-0.0001	-0.0431	0.1096	-0.0568	-0.0594	0.1383	-0.0475	-0.0564	0.0212	0.0527	-0.0178	0.0157	0.1627	-0.0536	0.1068	2.0912	47.9087	49.6916
8	1.4252	0.0699	1.0363	3.9346	-1.5252	3.324	0.0843	-0.3079	0.1912	0.4701	-0.0526	0.0592	-0.3623	-0.0829	-0.0106	0.1159	-0.0348	0.0312	0.211	-0.0724	0.1385	5.6304	53.7841	56.8674
9	6.9219	-1.9361	-1.5737	7.6461	-0.1707	8.0226	0.3842	-0.9314	0.4271	1.7285	-0.1355	-0.0484	-0.3492	-0.0579	-0.1599	0.5918	-0.2511	0.0182	0.616	-0.141	0.4618	8.932	54.7228	62.8795

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 28 through 44 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 45 through 81 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 82 through 123 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 124 through 159 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 160 through 197 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 198 through 217 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 218 through 273 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 274 through 301 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 302 through 319 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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