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- PDB-5nv2: Human DNMT3B PWWP domain in complex with N-isopropyl-1,5-dimethyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nv2
タイトルHuman DNMT3B PWWP domain in complex with N-isopropyl-1,5-dimethylhexylamine (Metron S)
要素DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
キーワードTRANSFERASE / DNMT3B PWWP DOMAIN / HISTONE BINDING / BETA BARREL / LIGAND
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpG substrates / DNA-methyltransferase activity / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpN substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpNpG substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / SUMOylation of DNA methylation proteins / catalytic complex / DNA methylation / PRC2 methylates histones and DNA ...DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpG substrates / DNA-methyltransferase activity / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpN substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpNpG substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / SUMOylation of DNA methylation proteins / catalytic complex / DNA methylation / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / NoRC negatively regulates rRNA expression / transcription corepressor activity / methylation / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
PWWP, helical domain / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B, ADD domain / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / DNMT3, cysteine rich ADD domain / : / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / DNMT3, ADD PHD zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site ...PWWP, helical domain / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B, ADD domain / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / DNMT3, cysteine rich ADD domain / : / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / DNMT3, ADD PHD zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / SH3 type barrels. - #140 / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Zinc finger, FYVE/PHD-type / SH3 type barrels. / Roll / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(2~{S})-6-methyl-~{N}-propan-2-yl-heptan-2-amine / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.029 Å
データ登録者Rondelet, G. / Wouters, J.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
F.R.S._FNRS_Televie7.4.532.15.F. ベルギー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Targeting PWWP domain of DNA methyltransferase 3B for epigenetic cancer therapy: Identification and structural characterization of new potential protein-protein interaction inhibitors
著者: Rondelet, G. / Dal Maso, T. / Maniquet, A. / Themans, Q. / Wouters, J.
履歴
登録2017年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation_author.name
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
B: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,50912
ポリマ－33,3982
非ポリマー1,11110
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area14190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.630, 74.630, 156.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-404-

SO4

21A-548-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B / Dnmt3b / DNA methyltransferase HsaIIIB / M.HsaIIIB


分子量: 16698.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNMT3B / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UBC3, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-9AE / (2~{S})-6-methyl-~{N}-propan-2-yl-heptan-2-amine


分子量: 171.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H25N
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES,0.2 M Li2SO4, 23-33% PEG 3350 / PH範囲: 5.7-6.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月6日
放射モノクロメーター: channel cut monochromator crystal (Si(111))
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.029→40.62 Å / Num. obs: 33473 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 50.72 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 26.76
反射 シェル解像度: 2.03→2.15 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 2.38 / Num. unique obs: 5331 / CC1/2: 0.54 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QKJ

3qkj


解像度: 2.029→40.62 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 27.4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2405 1674 5 %
Rwork0.2013 --
obs0.2032 33471 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 100.68 Å2 / Biso mean: 50.7 Å2 / Biso min: 25.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.029→40.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2128 0 64 104 2296
Biso mean--66.19 50.76 -
残基数----266
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082263
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1023047
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081297
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005370
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.776800
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0286-2.08830.391360.37052581271799
2.0883-2.15570.33051370.308526072744100
2.1557-2.23280.32371370.280426042741100
2.2328-2.32220.30181380.246926282766100
2.3222-2.42780.29581370.234326032740100
2.4278-2.55580.24661380.233326192757100
2.5558-2.71590.27111390.219826422781100
2.7159-2.92560.26831390.222926362775100
2.9256-3.21990.29041410.228426712812100
3.2199-3.68550.25831400.19526602800100
3.6855-4.64230.18371420.165127142856100
4.6423-40.62840.21641500.180928322982100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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