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万見
- PDB-6coa: 1.2 A Structure of Thaumatin Crystallized in Gel -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6coa
タイトル1.2 A Structure of Thaumatin Crystallized in Gel
要素Thaumatin-1
キーワードPLANT PROTEIN / Sweet tasting protein / agarose gel / microgravity / APCF
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic vesicle
類似検索 - 分子機能
Thaumatin / Thaumatin / Thaumatin, conserved site / Thaumatin family signature. / Thaumatin family / Thaumatin family / Thaumatin family profile. / Thaumatin family / Osmotin/thaumatin-like superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / Thaumatin I
類似検索 - 構成要素
生物種Thaumatococcus daniellii (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Sauter, C. / Lorber, B. / Shabalin, I.G. / Porebski, P.J. / Brzezinski, D. / Giege, R.
資金援助 フランス, 5件
組織認可番号国
CNRS フランス
Universite Louis Pasteur Strasbourg フランス
CNES (France) フランス
ESA フランス
EU project European Bio-Crystallogenesis InitiativeBIO4-CT98-0086 フランス
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2002
タイトル: Towards atomic resolution with crystals grown in gel: the case of thaumatin seen at room temperature.
著者: Sauter, C. / Lorber, B. / Giege, R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 1999
タイトル: Crystallization within agarose gel in microgravity improves the quality of thaumatin crystals.
著者: Lorber, B. / Sauter, C. / Robert, M.C. / Capelle, B. / Giege, R.
#2: ジャーナル: Bioinformatics / 年: 2018
タイトル: Automatic Recognition of Ligands in Electron Density by Machine Learning.
著者: Kowiel, M. / Brzezinski, D. / Porebski, P.J. / Shabalin, I.G. / Jaskolski, M. / Minor, W.
履歴
登録2018年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2018年3月28日ID: 1KWN
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thaumatin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3772
ポリマ－22,2271
非ポリマー1501
水4,143230
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.530, 58.530, 151.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細The biological assembly is a monomer (asymetric unit)

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要素

#1: タンパク質 Thaumatin-1 / Thaumatin I


分子量: 22227.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: microdialysis / pH: 6.5
詳細: Na-tartrate (0.52M), Na-ADA (0.1M), agarose gel (0.15% m/v). THE CRYSTALS WERE GROWN IN THE ADVANCED PROTEIN CRYSTALLIZATION FACILITY (APCF) ABOARD THE US SPACE SHUTTLE (MISSION STS-95) USING ...詳細: Na-tartrate (0.52M), Na-ADA (0.1M), agarose gel (0.15% m/v). THE CRYSTALS WERE GROWN IN THE ADVANCED PROTEIN CRYSTALLIZATION FACILITY (APCF) ABOARD THE US SPACE SHUTTLE (MISSION STS-95) USING EITHER A DIALYSIS SETUP (3 CRYSTALS) OR A FREE-INTERFACE DIFFUSION SETUP (1 CRYSTAL)., pH 6.5, Dialysis in APCF reactor, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8337 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8337 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→20 Å / Num. obs: 82240 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 14.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 26.5
反射 シェル解像度: 1.2→1.23 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.522 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 5579 / Rsym value: 0.522 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1THW

1thw


解像度: 1.2→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.986 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.988 / SU B: 0.79 / SU ML: 0.015 / SU R Cruickshank DPI: 0.0219 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.022 / ESU R Free: 0.022
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1171 4130 5 %RANDOM
Rwork0.103 ---
obs0.1037 78110 98.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso max: 161.72 Å2 / Biso mean: 22.388 Å2 / Biso min: 10.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.31 Å2-0 Å2
3----0.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1539 0 10 235 1784
Biso mean--18.41 37.35 -
残基数----206
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.021667
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021476
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.51.9542275
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95133450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.595214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.5982370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.01615261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.161513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2249
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211877
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02360
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.52531667
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free18.3220.01176
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded18.0560.011676
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 308 -
Rwork0.242 5579 -
all-5887 -
obs--97.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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