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Yorodumi- PDB-6cnz: Crystal Structure of Chorismate Mutase from Burkholderia thailandensis -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6cnz | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of Chorismate Mutase from Burkholderia thailandensis | |||||||||
Components | Chorismate mutase | |||||||||
Keywords | ISOMERASE / SSGCID / Chorismate mutase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationchorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Burkholderia thailandensis (bacteria) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.15 Å | |||||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / Year: 2018Title: Crystal structure of chorismate mutase from Burkholderia thailandensis. Authors: Asojo, O.A. / Dranow, D.M. / Serbzhinskiy, D. / Subramanian, S. / Staker, B. / Edwards, T.E. / Myler, P.J. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6cnz.cif.gz | 389.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6cnz.ent.gz | 318.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6cnz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6cnz_validation.pdf.gz | 499.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6cnz_full_validation.pdf.gz | 504.7 KB | Display | |
| Data in XML | 6cnz_validation.xml.gz | 39 KB | Display | |
| Data in CIF | 6cnz_validation.cif.gz | 56.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/6cnz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/6cnz | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 2fp2S S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data | |
| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 19360.779 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia thailandensis (bacteria) / Gene: AQ477_14105, CRX59_12655 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-NO3 / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.86 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: ButhA.00160.a.B2.PS01793 at 20 mg/ml was setup 1:1 with 0.8 M lithium sulfate monohydrate and 0.1 M sodium acetate Crystals were cryoprotected with 20% ethylene glycol |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97876 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Jun 5, 2013 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97876 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.15→31.226 Å / Num. obs: 57764 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 3.835 % / Biso Wilson estimate: 31.91 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 0.971 / Net I/σ(I): 18.47 / Num. measured all: 221537 / Scaling rejects: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 2FP2 Resolution: 2.15→31.226 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 22.94
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 112.77 Å2 / Biso mean: 43.2133 Å2 / Biso min: 15.85 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.15→31.226 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Burkholderia thailandensis (bacteria)
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