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- PDB-6cng: The X-ray crystal structure of the Streptococcus pneumoniae Fatty... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cng
タイトルThe X-ray crystal structure of the Streptococcus pneumoniae Fatty Acid Kinase (Fak) B3 protein loaded with linoleic acid to 1.47 Angstrom resolution
要素Fatty Acid Kinase (Fak) B3 protein
キーワードTRANSFERASE / Streptococcus pneumoniae / Fatty acid kinase / Linoleic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


DegV, N-terminal domain, peripheral subdomain / Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 - #10 / Dihydroxyacetone kinase; domain 1 / DegV / DegV, C-terminal domain / Uncharacterised protein, DegV family COG1307 / DegV domain profile. / Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 / : / Rubrerythrin, domain 2 ...DegV, N-terminal domain, peripheral subdomain / Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 - #10 / Dihydroxyacetone kinase; domain 1 / DegV / DegV, C-terminal domain / Uncharacterised protein, DegV family COG1307 / DegV domain profile. / Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 / : / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / LINOLEIC ACID / DegV domain-containing protein spr0652
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Cuypers, M.G. / Subramanian, C. / White, S.W. / Rock, C.O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The X-ray crystal structure of the Streptococcus pneumoniae Fatty Acid Kinase (Fak) B3 protein loaded with linoleic acid to 1.47 Angstrom resolution
著者: Cuypers, M.G. / Subramanian, C. / White, S.W. / Rock, C.O.
履歴
登録2018年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty Acid Kinase (Fak) B3 protein
D: Fatty Acid Kinase (Fak) B3 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,83224
ポリマ－65,7332
非ポリマー2,09922
水14,322795
1
A: Fatty Acid Kinase (Fak) B3 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6569
ポリマ－32,8661
非ポリマー7908
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
D: Fatty Acid Kinase (Fak) B3 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,17615
ポリマ－32,8661
非ポリマー1,30914
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.775, 103.414, 67.469
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Fatty Acid Kinase (Fak) B3 protein


分子量: 32866.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (strain ATCC BAA-255 / R6) (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-255 / R6 / 遺伝子: spr0652 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DQI6

-
非ポリマー , 5種, 817分子

#2: 化合物 ChemComp-EIC / LINOLEIC ACID / 9,12-LINOLEIC ACID / リノ-ル酸


分子量: 280.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H32O2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 795 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 % / 解説: prismatic
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M Na acetate pH 4.6, 8% PEG 4000. Cryofreezing solution soak in motherliquor with 25% glycerol
Temp details: controlled temperature room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
Ambient temp details: on cryostream (from Liq N2 flashfreeze)
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→62.11 Å / Num. obs: 108472 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 17.283 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.47→1.5 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.544 / Num. unique obs: 5188 / CC1/2: 0.574 / Rpim(I) all: 0.386 / Rrim(I) all: 0.669 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3fdj (modified with MODBASE server)

3fdj


解像度: 1.47→43.972 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 6.03 / 位相誤差: 19.34 / 詳細: H atoms are isotropic, not H atoms are anisotropic
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1647 5335 5.11 %
Rwork0.1365 --
obs0.1521 108436 96.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→43.972 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4298 0 140 795 5233
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0144496
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1346048
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.9871683
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08702
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006778
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.47-1.49540.27972330.25814995X-RAY DIFFRACTION90
1.4954-1.52250.22482760.23695006X-RAY DIFFRACTION89
1.5225-1.55180.23032480.22855037X-RAY DIFFRACTION89
1.5518-1.58350.23522560.23195035X-RAY DIFFRACTION90
1.5835-1.61790.20652540.22025036X-RAY DIFFRACTION90
1.6179-1.65550.24172510.21525107X-RAY DIFFRACTION90
1.6555-1.69690.21722690.21055124X-RAY DIFFRACTION91
1.6969-1.74270.22272860.20445060X-RAY DIFFRACTION90
1.7427-1.79390.20342840.20315110X-RAY DIFFRACTION91
1.7939-1.85180.22462780.19885137X-RAY DIFFRACTION91
1.8518-1.91790.20912670.18635171X-RAY DIFFRACTION92
1.9179-1.99460.19172690.18015160X-RAY DIFFRACTION92
1.9946-2.08520.18792830.17475152X-RAY DIFFRACTION92
2.0852-2.1950.20242600.16335240X-RAY DIFFRACTION92
2.195-2.33220.18232590.15295238X-RAY DIFFRACTION93
2.3322-2.51180.18572520.14665258X-RAY DIFFRACTION93
2.5118-2.76370.16322630.13925244X-RAY DIFFRACTION93
2.7637-3.16170.1752730.12895272X-RAY DIFFRACTION93
3.1617-3.97590.15152880.11235321X-RAY DIFFRACTION93
3.9759-17.70430.15112870.10665337X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.88 Å / Origin y: -6.4633 Å / Origin z: -0.3321 Å
111213212223313233
T0.0964 Å20.0035 Å2-0.0062 Å2-0.1312 Å20.007 Å2--0.131 Å2
L0.1819 °20.0072 °2-0.0185 °2-0.0964 °20.1618 °2--0.4733 °2
S-0.0084 Å °0.0003 Å °-0.0017 Å °0.001 Å °0.0057 Å °-0.0116 Å °0.0026 Å °-0.0046 Å °0.0051 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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