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- PDB-6cn7: The structure of aerobactin synthetase IucC from a hypervirulent ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cn7
タイトルThe structure of aerobactin synthetase IucC from a hypervirulent pathotype of Klebsiella pneumoniae
要素Aerobactin synthase IucC
キーワードLIGASE / aerobactin / synthetase
機能・相同性Aerobactin siderophore biosynthesis, IucA/IucC, N-terminal / Aerobactin siderophore biosynthesis, IucA/IucC-like / IucA / IucC family / Ferric iron reductase FhuF domain / Ferric iron reductase FhuF-like transporter / acid-amino acid ligase activity / siderophore biosynthetic process / IucC
機能・相同性情報
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Bailey, D.C. / Rice, M.R. / Gulick, A.M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1AI116998 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI007614 米国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)UL1TR001412 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural and functional delineation of aerobactin biosynthesis in hypervirulentKlebsiella pneumoniae.
著者: Bailey, D.C. / Alexander, E. / Rice, M.R. / Drake, E.J. / Mydy, L.S. / Aldrich, C.C. / Gulick, A.M.
履歴
登録2018年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aerobactin synthase IucC
B: Aerobactin synthase IucC
C: Aerobactin synthase IucC
D: Aerobactin synthase IucC
E: Aerobactin synthase IucC
F: Aerobactin synthase IucC
G: Aerobactin synthase IucC
H: Aerobactin synthase IucC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)528,20310
ポリマ－527,8128
非ポリマー3902
水4,468248
1
A: Aerobactin synthase IucC
C: Aerobactin synthase IucC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,1483
ポリマ－131,9532
非ポリマー1951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area44300 Å2
手法PISA
2
B: Aerobactin synthase IucC
D: Aerobactin synthase IucC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,9532
ポリマ－131,9532
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area43380 Å2
手法PISA
3
E: Aerobactin synthase IucC
F: Aerobactin synthase IucC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,9532
ポリマ－131,9532
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area44560 Å2
手法PISA
4
G: Aerobactin synthase IucC
H: Aerobactin synthase IucC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,1483
ポリマ－131,9532
非ポリマー1951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area43390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.020, 197.690, 130.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.600, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Aerobactin synthase IucC / IucC


分子量: 65976.562 Da / 分子数: 8 / 変異: S182G, E183S, D185T, Q187G, Q188T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: iucC, BCB67_13855, LV109 / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6U605
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Cocktail: 10-11% PEG 20,000, 100 mM MES pH 6.0. Drop Ratio, 1:1. Protein, 5.5 mg/mL

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→58.1 Å / Num. obs: 215668 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
iMOSFLMデータ削減
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3X0Q

3x0q


解像度: 2.45→58.067 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2403 10520 4.88 %
Rwork0.2128 --
obs0.2142 215510 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 131.93 Å2 / Biso mean: 73.4 Å2 / Biso min: 30.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→58.067 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数33319 0 24 248 33591
Biso mean--97.72 53.93 -
残基数----4344
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00334200
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54446685
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0385229
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035985
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.20120068
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.45-2.47780.35173430.32896773711698
2.4778-2.5070.36853660.32856740710699
2.507-2.53760.33613500.31016807715799
2.5376-2.56970.31753370.29336730706799
2.5697-2.60350.31113670.29146767713499
2.6035-2.63920.33043840.28836752713699
2.6392-2.67690.29843620.28456760712299
2.6769-2.71680.32143530.28076847720099
2.7168-2.75930.31493430.27076784712799
2.7593-2.80450.29213470.260367747121100
2.8045-2.85290.29663500.267368447194100
2.8529-2.90480.26923410.25816824716599
2.9048-2.96060.29043090.26116883719299
2.9606-3.02110.28563430.262668367179100
3.0211-3.08670.29163610.271367887149100
3.0867-3.15850.28863400.26546814715499
3.1585-3.23750.27213390.251968557194100
3.2375-3.3250.30353720.250468147186100
3.325-3.42290.25473390.239668997238100
3.4229-3.53330.25673930.236968077200100
3.5333-3.65960.24433280.227468827210100
3.6596-3.80610.23243540.203668307184100
3.8061-3.97930.20413390.194768967235100
3.9793-4.1890.21413590.186268577216100
4.189-4.45140.18323650.173168487213100
4.4514-4.79490.20473490.163668927241100
4.7949-5.27720.18893550.169168827237100
5.2772-6.04010.22793540.201468687222100
6.0401-7.60720.22153400.199669537293100
7.6072-58.08370.21863380.172169847322100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5057-0.0524-0.46550.9809-0.13162.08230.0333-0.08520.0183-0.0471-0.095-0.1092-0.00510.20620.07620.4074-0.04340.05030.35620.0510.4572-1.5271183.54879.4277
21.98290.47440.12091.938-0.23880.7732-0.23120.29220.1673-0.2170.22330.1961-0.2372-0.05410.00090.5003-0.0177-0.02190.38580.03860.3732-53.6517148.227763.3436
32.0333-0.55640.73861.922-0.52112.5252-0.0882-0.3055-0.22670.32980.0038-0.10050.12730.09090.06620.4070.01850.04010.4653-0.01640.3993-2.3268168.1886128.6765
41.64150.8538-0.8852.2558-1.522.88160.0287-0.3291-0.00680.1084-0.08-0.23290.16360.15560.03520.45810.0854-0.00360.324-0.00420.4059-55.6452106.449592.4997
51.1230.5746-0.61152.8581-0.90742.889-0.29280.2752-0.1225-0.39930.10220.04190.5645-0.07080.18270.47350.05120.03710.60710.0350.487910.5082140.089963.2235
61.83690.2152-0.87950.9384-0.8232.3281-0.1193-0.2283-0.29710.0312-0.2492-0.31560.43070.4840.3340.6530.17620.08950.58080.21880.73784.0005121.3431111.5691
70.8564-0.11310.25081.8036-0.48231.44960.1244-0.2538-0.03020.1596-0.1812-0.02940.1464-0.25130.06790.4863-0.116-0.04270.6506-0.0540.4528-56.11131.7836133.4446
81.26220.20130.67531.6983-0.55372.7661-0.1851-0.05830.39010.0436-0.036-0.0279-0.5778-0.10170.22860.53140.0776-0.13880.5036-0.19010.699-63.1956174.0126104.4574
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1 through 577)A1 - 577
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 2 through 576)B2 - 576
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 2 through 576)C2 - 576
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 1 through 576)D1 - 576
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 2 through 576)E2 - 576
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 2 through 576)F2 - 576
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'G' and resid 2 through 576)G2 - 576
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'H' and resid 0 through 576)H0 - 576

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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