PDB-6cmz: 2.3 Angstrom Resolution Crystal Structure of Dihydrolipoamide Deh...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cmz

タイトル

2.3 Angstrom Resolution Crystal Structure of Dihydrolipoamide Dehydrogenase from Burkholderia cenocepacia in Complex with FAD and NAD

要素

Dihydrolipoyl dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydrolipoyl dehydrogenase / dihydrolipoyl dehydrogenase (NADH) activity / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Kiryukhina, O. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.3 Angstrom Resolution Crystal Structure of Dihydrolipoamide Dehydrogenase from Burkholderia cenocepacia in Complex with FAD and NAD.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Kiryukhina, O. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2018年3月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cmz.cif.gz	701 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cmz.ent.gz	581.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cmz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/6cmz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/6cmz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1lvlS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6i4s-d 1lvl-1 6i4z-1 6kgy-1 5nhg-1 1jeh-d 6i4z-4 6kgy-2 6i4z-2 6kod-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP07673

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (11) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (10) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Dihydrolipoyl dehydrogenase

B: Dihydrolipoyl dehydrogenase

C: Dihydrolipoyl dehydrogenase

D: Dihydrolipoyl dehydrogenase

ヘテロ分子

202 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Dihydrolipoyl dehydrogenase

B: Dihydrolipoyl dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology, Homologous structure PDB code 1LVL
102 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Dihydrolipoyl dehydrogenase

D: Dihydrolipoyl dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.565, 107.246, 105.427
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.09, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Dihydrolipoyl dehydrogenase 分子量: 48958.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (strain ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610) (バクテリア) 株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610 遺伝子: lpdV, BCAL1215 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: B4EEF2, dihydrolipoyl dehydrogenase

#1: タンパク質

Dihydrolipoyl dehydrogenase

分子量: 48958.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Burkholderia cenocepacia (strain ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610) (バクテリア)
株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610
遺伝子: lpdV, BCAL1215 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: B4EEF2, dihydrolipoyl dehydrogenase

-
非ポリマー , 7種, 373分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#5: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物	ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: Protein: 8.0 mg/ml, 0.5 Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3, 1mM FAD; Screen: PACT (D1), 0.1M MMT buffer pH 4.0, 25% (w/v) PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月6日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 79190 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 42.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.059 / R_rim(I) all: 0.124 / R_sym value: 0.109 / Χ²: 1.004 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.791 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3954 / CC_1/2: 0.624 / R_pim(I) all: 0.443 / R_rim(I) all: 0.909 / R_sym value: 0.791 / Χ²: 1.003 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1LVL

1lvl

解像度: 2.3→29.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 19.452 / SU ML: 0.234 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.423 / ESU R Free: 0.26 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2532	3962	5 %	RANDOM
R_work	0.19868	-	-	-
obs	0.20144	75207	99.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.659 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.2 Å²	0 Å²	1.03 Å²
2-	-	0.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→29.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13576	0	432	360	14368

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	14342
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	13715
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.466	2.001	19549
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.891	3	31486
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.077	5	1852
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.935	22.196	551
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.891	15	2223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.459	15	148
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	2249
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.022	0.021	16027
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.019	0.02	2930
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.458	3.169	7399
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.458	3.168	7398
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.43	4.748	9254
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.43	4.748	9255
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.855	3.681	6943
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.855	3.682	6944
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.031	5.428	10296
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.389	38.93	16023
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.37	38.851	15975
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.343	256	-
R_work	0.276	5395	-
obs	-	-	97.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5836	0.5686	0.8615	1.7511	1.233	5.5691	-0.0006	-0.2355	0.2773	0.323	-0.1429	-0.0229	-0.2258	0.1729	0.1435	0.2422	-0.0914	-0.042	0.1273	-0.0556	0.0719	11.3455	20.8737	44.4139
2	1.1826	0.1937	-0.0294	1.1702	-0.0128	1.4577	0.0208	0.2055	0.0803	-0.1005	-0.1024	-0.2737	-0.074	0.236	0.0816	0.0291	-0.0107	0.0273	0.1189	0.0567	0.0834	14.0534	9.539	19.6892
3	4.6401	0.8836	-0.4946	2.7538	0.1017	3.8374	0.0752	-0.2439	-0.1821	0.3796	-0.1856	-0.3317	0.1779	0.4062	0.1104	0.0994	-0.0388	-0.0626	0.0994	0.0566	0.0575	17.2585	7.8929	43.978
4	1.3711	-0.0168	-0.1429	1.3224	-0.4815	2.6049	0.0708	0.0757	-0.1366	0.068	-0.0675	-0.0489	-0.0129	0.2117	-0.0033	0.0751	0.0069	0.0056	0.0446	-0.0404	0.0735	0.1845	-9.8879	29.356
5	1.0965	-0.7734	-0.0428	1.6014	-1.4049	2.1711	0.0958	0.0643	-0.275	-0.104	-0.0542	0.318	0.0463	0.0084	-0.0415	0.1279	0.0073	-0.008	0.0771	-0.0398	0.1604	-8.6742	-11.4386	30.3595
6	0.5806	0.6037	0.0567	2.3775	-0.717	0.7661	0.0068	0.2044	-0.2026	-0.1671	0.09	0.1569	0.1967	-0.0153	-0.0968	0.2725	0.0437	-0.0436	0.194	-0.0357	0.2627	-22.6599	-11.5218	15.8258
7	1.899	0.2358	-0.1559	2.0062	-0.5751	1.3287	0.033	0.358	0.2061	-0.165	0.1715	0.5336	0.0411	-0.2392	-0.2045	0.0463	0.0387	-0.0733	0.1653	0.0384	0.1988	-30.6165	0.3029	12.8488
8	3.9081	-0.7536	-0.0597	2.8427	-0.2392	3.0159	0.0323	-0.0024	-0.1661	0.3099	0.0245	0.5631	0.2017	-0.3053	-0.0568	0.0555	-0.0213	0.0542	0.0323	0.0189	0.2326	-34.3946	-16.0111	30.4748
9	1.4189	-0.0766	0.0275	1.2743	-0.2185	1.9917	0.0202	-0.0928	0.054	0.1483	0.0241	0.2031	-0.0969	-0.075	-0.0443	0.133	0.0112	0.0339	0.041	-0.0362	0.0901	-13.7138	5.3194	35.6984
10	1.3963	0.6499	-2.0807	2.0659	-0.2316	3.4322	-0.1285	-0.1334	-0.122	0.1139	-0.0828	0.0776	0.338	0.1843	0.2113	0.2314	-0.0435	-0.0739	0.1232	0.1048	0.2304	-34.6421	28.6136	41.9892
11	1.9263	0.5517	-0.6745	0.912	-0.2695	1.2402	-0.1002	0.4093	-0.2106	-0.2799	0.0672	0.1326	0.2405	-0.3123	0.033	0.1646	-0.0529	-0.0914	0.1468	-0.0265	0.1099	-34.5637	38.5635	17.8265
12	1.3638	0.4503	-0.6165	1.7266	0.4719	2.2349	0.1256	-0.1036	0.0323	0.1042	-0.0954	0.304	0.0665	-0.3033	-0.0303	0.092	-0.024	-0.0352	0.1217	0.053	0.1303	-38.5717	42.3783	39.6901
13	1.8604	-0.6179	0.0146	2.4647	0.2275	1.7261	-0.0482	-0.0043	0.3217	-0.0626	0.0472	0.0168	-0.0269	-0.0149	0.001	0.1647	0.0249	-0.0127	0.0345	0.0222	0.0767	-17.84	60.9186	28.7408
14	3.4106	-1.0393	0.0872	2.4216	1.8941	3.0074	0.0572	0.1595	0.4271	-0.6256	-0.0141	-0.563	-0.2796	0.0459	-0.0431	0.3423	0.0363	0.152	0.0397	0.0309	0.3481	7.4969	73.7143	23.1396
15	0.8913	0.1061	-0.1784	1.6479	0.6103	0.9594	-0.0058	0.1314	0.0631	-0.4708	0.0738	-0.4473	-0.0507	-0.0041	-0.068	0.2325	0.0238	0.124	0.0975	0.0369	0.2294	5.4957	50.6899	15.5979
16	1.2836	-0.3986	-0.3393	3.9189	1.4222	1.8323	-0.0019	-0.1178	-0.0053	0.2942	0.063	-0.8253	0.1528	0.1758	-0.0611	0.0604	0.0253	0.0009	0.0344	0.0437	0.3311	13.4846	52.6269	27.0365
17	1.7071	-0.8126	-0.0374	2.6017	0.4206	2.8991	-0.1154	-0.1487	-0.1227	0.0017	0.1585	-0.0202	0.0965	-0.0008	-0.0431	0.1294	0.0288	0.012	0.0718	0.0382	0.0295	-9.7757	42.6597	37.1007

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 38
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	39 - 271
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	272 - 336
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	337 - 412
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	413 - 463
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	2 - 75
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	76 - 279
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	280 - 336
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	337 - 460
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	1 - 44
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	45 - 270
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	271 - 352
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	353 - 463
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	2 - 38
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	39 - 227
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	228 - 343
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	344 - 460

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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