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万見
- PDB-6cmy: Solution NMR Structure Determination of Mouse Melanoregulin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cmy
タイトルSolution NMR Structure Determination of Mouse Melanoregulin
要素Melanoregulin
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / alpha helical / CRAC motif / melanosome transport / cellular pigementation / dilute suppressor locus
機能・相同性
機能・相同性情報


minus-end-directed organelle transport along microtubule / melanosome localization / phagosome maturation / developmental pigmentation / melanocyte differentiation / melanosome membrane / melanosome transport / pigmentation / organelle membrane / phosphatidylinositol binding ...minus-end-directed organelle transport along microtubule / melanosome localization / phagosome maturation / developmental pigmentation / melanocyte differentiation / melanosome membrane / melanosome transport / pigmentation / organelle membrane / phosphatidylinositol binding / cytoplasmic vesicle membrane / late endosome membrane / melanosome / apical plasma membrane / lysosomal membrane / protein-containing complex
類似検索 - 分子機能
Melanoregulin / Melanoregulin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Rout, A.K. / Wu, X. / Strub, M.P. / Starich, M.R. / Hammer III, J.A. / Tjandra, N.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: The Structure of Melanoregulin Reveals a Role for Cholesterol Recognition in the Protein's Ability to Promote Dynein Function.
著者: Rout, A.K. / Wu, X. / Starich, M.R. / Strub, M.P. / Hammer, J.A. / Tjandra, N.
履歴
登録2018年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2018年9月19日ID: 5KBO
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Melanoregulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3641
ポリマ－21,3641
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 12520 structures with lowest energy
代表モデルモデル #1fewest outliers

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要素

#1: タンパク質 Melanoregulin / Dilute suppressor protein / Whn-dependent transcript 2


分子量: 21364.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mreg, Dsu, Gm974, Wdt2 / プラスミド: pMAL2cx / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6NVG5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
323isotropic22D 1H-13C HSQC
232isotropic13D HNCO
242isotropic13D HNCA
252isotropic13D HN(COCA)CB
262isotropic13D HN(CA)CB
172isotropic13D HBHA(CO)NH
3103isotropic13D HMCMCBCA
3113isotropic23D ILV-CH3 NOESY
1121isotropic22D IPAP
1131isotropic21H T2

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1120 uM [U-99% 15N] Melanoregulin, 90% H2O/10% D2O15N sample90% H2O/10% D2O
solution2120 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Melanoregulin, 90% H2O/10% D2O15N13C90% H2O/10% D2O
solution3120 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Melanoregulin, 99.9% D2O15N13C99.9% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
120 uMMelanoregulin[U-99% 15N]1
120 uMMelanoregulin[U-99% 13C; U-99% 15N]2
120 uMMelanoregulin[U-99% 13C; U-99% 15N]3
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
150mM KPi 1mM EDTA 1mM DTT 0.02% (w/v) NaN3 The sample exhibits aggregation above concentrations of 150 uM. L-Arg and L-Gln were added at 1 mM or 5mM concentrations to improve sample stability.no NaCl Not definedbuffer_16.3ambient atm302 K
250mM KPi 1mM EDTA 1mM DTT 0.02% (w/v) NaN3 The sample exhibits aggregation above concentrations of 150 uM. L-Arg and L-Gln were added at 1 mM or 5mM concentrations to improve sample stability.no NaCl Not definedbuffer_26.3ambient atm302 K
350mM KPi 1mM EDTA 1mM DTT 0.02% (w/v) NaN3 The sample exhibits aggregation above concentrations of 150 uM. L-Arg and L-Gln were added at 1 mM or 5mM concentrations to improve sample stability.no NaCl Not definedbuffer_36.3ambient atm302 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker Avanace IIIBrukerAvanace III8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
XPLOR-NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: fewest outliers
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 20 structures with lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 125 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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