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- PDB-6cme: Structure of wild-type ISL2-LID in complex with LHX4-LIM1+2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cme
タイトルStructure of wild-type ISL2-LID in complex with LHX4-LIM1+2
要素LIM/homeobox protein Lhx4,Insulin gene enhancer protein ISL-2
キーワードTRANSCRIPTION / LIM-homeodomain / cell-type specification / neural development
機能・相同性
機能・相同性情報


visceral motor neuron differentiation / medial motor column neuron differentiation / spinal cord motor neuron cell fate specification / neuron fate commitment / motor neuron axon guidance / methyl-CpG binding / retinal ganglion cell axon guidance / negative regulation of neuron differentiation / placenta development / animal organ morphogenesis ...visceral motor neuron differentiation / medial motor column neuron differentiation / spinal cord motor neuron cell fate specification / neuron fate commitment / motor neuron axon guidance / methyl-CpG binding / retinal ganglion cell axon guidance / negative regulation of neuron differentiation / placenta development / animal organ morphogenesis / neuron differentiation / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / : / Cysteine Rich Protein / Cysteine Rich Protein / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. ...: / : / : / : / : / Cysteine Rich Protein / Cysteine Rich Protein / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeobox-like domain superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LIM/homeobox protein Lhx4 / Insulin gene enhancer protein ISL-2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Stokes, P.H. / Silva, A. / Guss, J.M. / Matthews, J.M.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP140102318 オーストラリア
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2019
タイトル: Mutation in a flexible linker modulates binding affinity for modular complexes.
著者: Philippa H Stokes / Neil O Robertson / Ana P G Silva / Tanya Estephan / Jill Trewhella / J Mitchell Guss / Jacqueline M Matthews /
要旨: Tandem beta zippers are modular complexes formed between repeated linear motifs and tandemly arrayed domains of partner proteins in which β-strands form upon binding. Studies of such complexes, ...Tandem beta zippers are modular complexes formed between repeated linear motifs and tandemly arrayed domains of partner proteins in which β-strands form upon binding. Studies of such complexes, formed by LIM domain proteins and linear motifs in their intrinsically disordered partners, revealed spacer regions between the linear motifs that are relatively flexible but may affect the overall orientation of the binding modules. We demonstrate that mutation of a solvent exposed side chain in the spacer region of an LHX4-ISL2 complex has no significant effect on the structure of the complex, but decreases binding affinity, apparently by increasing flexibility of the linker.
履歴
登録2018年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIM/homeobox protein Lhx4,Insulin gene enhancer protein ISL-2
B: LIM/homeobox protein Lhx4,Insulin gene enhancer protein ISL-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,02210
ポリマ－37,4992
非ポリマー5238
水3,783210
1
A: LIM/homeobox protein Lhx4,Insulin gene enhancer protein ISL-2
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, Light scattering and SAXS data indicate that the molecule is monomeric ion solution. SAXS data indicates a more elongated structure indicating that the extreme bend in the structure is ...根拠: SAXS, Light scattering and SAXS data indicate that the molecule is monomeric ion solution. SAXS data indicates a more elongated structure indicating that the extreme bend in the structure is a crystallization artefact
  • 19 kDa, 1 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0115
ポリマ－18,7491
非ポリマー2624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: LIM/homeobox protein Lhx4,Insulin gene enhancer protein ISL-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0115
ポリマ－18,7491
非ポリマー2624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.488, 88.843, 50.303
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The authors state that light scattering and SAXS data indicate that the molecule is monomeric ion solution. SAXS data indicates a more elongated structure indicating that the extreme bend in the structure is a crystallization artifact.

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要素

#1: タンパク質 LIM/homeobox protein Lhx4,Insulin gene enhancer protein ISL-2 / LIM homeobox protein 4 / Islet-2


分子量: 18749.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Lhx4, Gsh-4, Gsh4, Isl2 / 詳細 (発現宿主): pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53776, UniProt: Q9CXV0
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.34 % / 解説: wedge-like thin sheets
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 110 mM BisTris propane and 3 M ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年11月25日
放射モノクロメーター: CONFOCAL MAXFLUX MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→27.55 Å / Num. obs: 29762 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.92→1.95 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1441 / CC1/2: 0.393 / Rpim(I) all: 0.481 / Rrim(I) all: 0.915 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
HKL-20001.99.2データ削減
Aimless0.2.14データスケーリング
MOLREP11.2.05位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3mmk

3mmk


解像度: 1.92→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 4.568 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.147 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24343 1495 5.1 %RANDOM
Rwork0.20095 ---
obs0.20313 28066 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.694 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å2-0 Å2-0.69 Å2
2---1.53 Å20 Å2
3---1.75 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.92→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2432 0 8 210 2650
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0142512
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172185
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1161.6573392
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8251.6415144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.145308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.87822.374139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.70315425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7191516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2319
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022842
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02478
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8522.9541239
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8492.9531238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.044.4111543
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.044.4131544
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.333.3281273
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3293.3271273
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8484.871848
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.84834.6582733
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.78134.3362685
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 104 -
Rwork0.338 2064 -
obs--97.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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