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- PDB-6cm4: Structure of the D2 Dopamine Receptor Bound to the Atypical Antip... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cm4
タイトルStructure of the D2 Dopamine Receptor Bound to the Atypical Antipsychotic Drug Risperidone
要素D(2) dopamine receptor, endolysin chimera
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / D2 / dopamine receptor / antipsychotic / risperidone
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of dephosphorylation / positive regulation of glial cell-derived neurotrophic factor production / acid secretion / dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gi/Go / nervous system process involved in regulation of systemic arterial blood pressure / response to histamine / negative regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of synapse structural plasticity ...negative regulation of dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of dephosphorylation / positive regulation of glial cell-derived neurotrophic factor production / acid secretion / dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gi/Go / nervous system process involved in regulation of systemic arterial blood pressure / response to histamine / negative regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of synapse structural plasticity / regulation of locomotion involved in locomotory behavior / neuron-neuron synaptic transmission / adenohypophysis development / negative regulation of dopamine secretion / positive regulation of renal sodium excretion / negative regulation of cellular response to hypoxia / hyaloid vascular plexus regression / adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / orbitofrontal cortex development / cerebral cortex GABAergic interneuron migration / response to inactivity / regulation of potassium ion transport / Dopamine receptors / negative regulation of neuron migration / dopamine binding / branching morphogenesis of a nerve / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of growth hormone secretion / peristalsis / heterotrimeric G-protein binding / drinking behavior / G protein-coupled receptor complex / grooming behavior / behavioral response to ethanol / auditory behavior / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / striatum development / dopaminergic synapse / positive regulation of urine volume / positive regulation of multicellular organism growth / G protein-coupled receptor internalization / non-motile cilium / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / heterocyclic compound binding / response to iron ion / adult walking behavior / arachidonate secretion / response to morphine / ciliary membrane / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / temperature homeostasis / regulation of synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of neuroblast proliferation / pigmentation / positive regulation of cytokinesis / dopamine metabolic process / dopamine uptake involved in synaptic transmission / regulation of dopamine secretion / cellular response to ethanol / response to light stimulus / associative learning / positive regulation of receptor internalization / lateral plasma membrane / endocytic vesicle / G-protein alpha-subunit binding / neuroblast proliferation / negative regulation of protein secretion / long-term memory / potassium channel regulator activity / sperm flagellum / prepulse inhibition / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / response to axon injury / viral release from host cell by cytolysis / synapse assembly / regulation of sodium ion transport / negative regulation of blood pressure / behavioral response to cocaine / cellular response to retinoic acid / release of sequestered calcium ion into cytosol / peptidoglycan catabolic process / axon terminus / ionotropic glutamate receptor binding / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / acrosomal vesicle / axonogenesis / regulation of heart rate / negative regulation of innate immune response / negative regulation of cell migration / response to amphetamine / epithelial cell proliferation / positive regulation of long-term synaptic potentiation / response to nicotine / response to cocaine / excitatory postsynaptic potential / locomotory behavior / circadian regulation of gene expression / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction
類似検索 - 分子機能
Dopamine D2 receptor / Dopamine receptor family / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx ...Dopamine D2 receptor / Dopamine receptor family / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Lysozyme / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Lysozyme-like domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8NU / OLEIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Endolysin / D(2) dopamine receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.867 Å
データ登録者Wang, S. / Che, T. / Levit, A. / Shoichet, B.K. / Wacker, D. / Roth, B.L.
資金援助 米国, 7件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)RO1MH61887 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)U19MH82441 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM59957 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA016086 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)ACB-12002 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)AGM-12006 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Structure of the D2 dopamine receptor bound to the atypical antipsychotic drug risperidone.
著者: Wang, S. / Che, T. / Levit, A. / Shoichet, B.K. / Wacker, D. / Roth, B.L.
履歴
登録2018年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2018年3月14日ID: 6C38
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: struct_ref_seq / Item: _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg
改定 1.32019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D(2) dopamine receptor, endolysin chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4568
ポリマ－48,8791
非ポリマー1,5767
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area20460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.979, 72.523, 151.307
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 D(2) dopamine receptor, endolysin chimera / Dopamine D2 receptor / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase / Dopamine D2 receptor


分子量: 48879.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: DRD2, e, T4Tp126 / プラスミド: pFastBac1-HM
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P14416, UniProt: D9IEF7, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-8NU / 3-[2-[4-(6-fluoranyl-1,2-benzoxazol-3-yl)piperidin-1-yl]ethyl]-2-methyl-6,7,8,9-tetrahydropyrido[1,2-a]pyrimidin-4-one


分子量: 410.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H27FN4O2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID


分子量: 282.461 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100 mM Tris-HCl, pH 7.8, 230 mM lithium nitrate, 25% PEG400, 4% 1,3-butanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月13日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.867→30 Å / Num. obs: 12826 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.9→2.99 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.738 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 889 / CC1/2: 0.535 / % possible all: 86.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 5WIU & 2RH1

5wiu

2rh1


解像度: 2.867→29.549 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2492 622 4.85 %
Rwork0.2259 --
obs0.2271 12814 95.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.867→29.549 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3124 0 96 16 3236
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033283
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5164483
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.8621928
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037544
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003549
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8674-3.15560.32141330.31662643X-RAY DIFFRACTION84
3.1556-3.61160.30341620.2733111X-RAY DIFFRACTION99
3.6116-4.54750.25111700.2093151X-RAY DIFFRACTION99
4.5475-29.55040.21881570.21033287X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.87040.78112.81812.96551.45074.73170.0593-0.10510.00930.1418-0.14640.13560.4299-0.3974-0.01370.3906-0.04090.02980.39480.03230.40977.65959.98831.8227
26.66971.65411.99416.88211.42056.4568-0.25510.1211-0.2547-0.3908-0.0566-0.46420.47110.23640.31470.69680.03630.08720.51980.10840.532.77-7.744636.3658
36.02440.35781.16985.38130.52096.7255-0.09480.33070.0832-0.40220.2772-0.05811.2902-0.0417-0.28470.63920.0087-0.09080.3770.0140.52769.8885-1.653-1.3224
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 36 through 222 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1002 through 1161 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 384 through 460 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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