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- PDB-6cla: 2.80 A MicroED structure of proteinase K at 6.0 e- / A^2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cla
タイトル2.80 A MicroED structure of proteinase K at 6.0 e- / A^2
要素Proteinase K
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8/S53 domain / : / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site ...Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8/S53 domain / : / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Subtilase family / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Parengyodontium album (菌類)
手法電子線結晶学 / フーリエ合成 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hattne, J. / Shi, D. / Glynn, C. / Zee, C.-T. / Gallagher-Jones, M. / Martynowycz, M.W. / Rodriguez, J.A. / Gonen, T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Analysis of Global and Site-Specific Radiation Damage in Cryo-EM.
著者: Johan Hattne / Dan Shi / Calina Glynn / Chih-Te Zee / Marcus Gallagher-Jones / Michael W Martynowycz / Jose A Rodriguez / Tamir Gonen /
要旨: Micro-crystal electron diffraction (MicroED) combines the efficiency of electron scattering with diffraction to allow structure determination from nano-sized crystalline samples in cryoelectron ...Micro-crystal electron diffraction (MicroED) combines the efficiency of electron scattering with diffraction to allow structure determination from nano-sized crystalline samples in cryoelectron microscopy (cryo-EM). It has been used to solve structures of a diverse set of biomolecules and materials, in some cases to sub-atomic resolution. However, little is known about the damaging effects of the electron beam on samples during such measurements. We assess global and site-specific damage from electron radiation on nanocrystals of proteinase K and of a prion hepta-peptide and find that the dynamics of electron-induced damage follow well-established trends observed in X-ray crystallography. Metal ions are perturbed, disulfide bonds are broken, and acidic side chains are decarboxylated while the diffracted intensities decay exponentially with increasing exposure. A better understanding of radiation damage in MicroED improves our assessment and processing of all types of cryo-EM data.
履歴
登録2018年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7493
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteinase K


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9311
ポリマ－28,9311
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: PISA
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.450, 67.450, 100.818
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Proteinase K / Endopeptidase K / Tritirachium alkaline proteinase


分子量: 28930.783 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 106-384 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Parengyodontium album (菌類) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: Proteinase K / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 0.028888994 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Engyodontium album (菌類)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
11.2 MAmmonium sulfateN2H8SO41
20.1 MTrisC4H11NO31
試料濃度: 25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 30 %
結晶Preparation: electron diffraction

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データ収集

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 5.1 sec. / 電子線照射量: 0.0357 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
Num. of diffraction images: 240 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 240
画像スキャンサンプリングサイズ: 31.2 µm / 横: 2048 / 縦: 2048
EM回折カメラ長: 1200 mm
EM回折 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / フーリエ空間範囲: 88.21 % / 多重度: 5.8 / 構造因子数: 374 / 位相残差: 71.28 °
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 88.4 % / 再高解像度: 2.8 Å / 測定した強度の数: 30596 / 構造因子数: 5423 / 位相誤差: 62.59 ° / 位相残差: 62.59 ° / 位相誤差の除外基準: 0 / Rmerge: 0.536 / Rsym: 0.536
検出器日付: 2016年3月7日

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0194精密化
MOSFLM7.1.0データ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EM-Menu4.0.9.75画像取得
6MOLREP11.4.05モデルフィッティング
8MOLREP11.4.05分子置換
10POINTLESS1.11.3対称性決定
11AIMLESS0.5.32crystallography merging
13REFMAC5.8.0194モデル精密化
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 67.4502 Å / B: 67.4502 Å / C: 100.818 Å / 空間群名: P43212 / 空間群番号: 96
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築B value: 29.658 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / 詳細: Electron scattering factors
原子モデル構築PDB-ID: 5I9S

5i9s


PDB chain-ID: A / Accession code: 5I9S / Pdb chain residue range: 1-279 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 6CL7

6cl7


解像度: 2.8→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.875 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.773 / SU B: 38.53 / SU ML: 0.79 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.618 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32562 345 6.4 %RANDOM
Rwork0.26297 ---
obs0.26701 5039 87.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 29.658 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.8 Å2-0 Å2
3----1.61 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 2029
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_bond_refined_d0.0120.0192070
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_bond_other_d0.0740.021806
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_angle_refined_deg1.6781.9362814
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_angle_other_deg1.21334188
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_1_deg8.35278
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_2_deg37.10423.61483
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_3_deg18.27815299
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_4_deg16.0771512
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_chiral_restr0.0820.2312
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_gen_planes_refined0.0060.022405
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_gen_planes_other0.0040.02435
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbd_refined
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbd_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbtor_refined
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbtor_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_metal_ion_refined
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_metal_ion_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcbond_it1.7363.021115
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcbond_other1.7373.0191114
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcangle_it2.9994.5311392
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcangle_other2.9984.5311393
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scbond_it1.6113.138955
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scbond_other1.6113.138956
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scangle_it
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scangle_other2.7094.6451423
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_long_range_B_refined6.06437.892637
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_long_range_B_other6.06337.8972638
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_rigid_bond_restr
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_sphericity_free
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 24 -
Rwork0.401 350 -
obs--88.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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