PDB-6ckt: Crystal structure of 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ckt

タイトル

Crystal structure of 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase from Legionella pneumophila Philadelphia 1

要素

2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase from Legionella pneumophila Philadelphia 1
著者: Abendroth, J. / Allaire, M. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2018年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月15日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ckt.cif.gz	124.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ckt.ent.gz	93.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ckt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ckt_validation.pdf.gz	437.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ckt_full_validation.pdf.gz	440 KB	表示
XML形式データ	6ckt_validation.xml.gz	13.5 KB	表示
CIF形式データ	6ckt_validation.cif.gz	18.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/6ckt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/6ckt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tk8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2tdt-1 1ogy-8 3bxy-1 6zlo-2 4l2z-d 1tdt-d 1kgq-1 1y8b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-LepnA.00002.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (4) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (4) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (3)

登録構造単位

A: 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase

ヘテロ分子

31.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase

ヘテロ分子

A: 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase

ヘテロ分子

A: 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
94 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.730, 101.730, 70.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-462- HOH
2	1	A-502- HOH
3	1	A-529- HOH
4	1	A-534- HOH

#1: タンパク質	2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase / Tetrahydropicolinate succinylase 分子量: 31138.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: dapD, lpg0888 / プラスミド: LepnA.00002.a.B1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q5ZX45, 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.9 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: Optimization screen based on RigakuReagents JCSG+ screen B4 and Microlytic MCSG1 screen B4: 11% PEG 8000, 100Mm HEPES free acid/NaOH pH 7.0: LepnA.00002.a.B1.PS38381 at 20mg/ml: cryo: 25% EG: ...詳細: Optimization screen based on RigakuReagents JCSG+ screen B4 and Microlytic MCSG1 screen B4: 11% PEG 8000, 100Mm HEPES free acid/NaOH pH 7.0: LepnA.00002.a.B1.PS38381 at 20mg/ml: cryo: 25% EG: tray 298088d1: puck FVT5-8

結晶

マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.9 %

結晶化

温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Optimization screen based on RigakuReagents JCSG+ screen B4 and Microlytic MCSG1 screen B4: 11% PEG 8000, 100Mm HEPES free acid/NaOH pH 7.0: LepnA.00002.a.B1.PS38381 at 20mg/ml: cryo: 25% EG: ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月7日

放射

モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97741 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→37.428 Å / Num. obs: 25336 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.028 % / B_iso Wilson estimate: 35.31 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.031 / R_rim(I) all: 0.035 / Χ²: 1.056 / Net I/σ(I): 20.77

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.8-1.85	5.126	0.45	3.03	1881	0.937	0.502	99.7
1.85-1.9	4.926	0.334	3.89	1812	0.968	0.374	100
1.9-1.95	5.082	0.253	5.37	1783	0.979	0.282	99.8
1.95-2.01	5.149	0.183	7.33	1709	0.988	0.204	100
2.01-2.08	4.981	0.141	9.44	1701	0.992	0.158	99.9
2.08-2.15	5.292	0.102	11.96	1629	0.997	0.113	99.9
2.15-2.23	5.207	0.086	14.49	1537	0.997	0.096	99.9
2.23-2.32	5.077	0.072	17.49	1522	0.997	0.08	99.8
2.32-2.43	4.817	0.057	20.07	1468	0.998	0.064	99.9
2.43-2.55	5.093	0.051	22.54	1350	0.999	0.057	99.8
2.55-2.68	4.763	0.047	25.72	1314	0.998	0.053	99.7
2.68-2.85	5.074	0.04	30.72	1242	0.999	0.045	99.8
2.85-3.04	4.997	0.035	36.44	1148	0.999	0.039	99.7
3.04-3.29	4.775	0.034	39.27	1087	0.999	0.038	99.3
3.29-3.6	4.681	0.031	42.08	985	0.999	0.035	99.4
3.6-4.03	4.837	0.028	45.12	897	0.999	0.031	99.2
4.03-4.65	5.244	0.025	47.92	803	0.999	0.027	99.8
4.65-5.69	5.227	0.023	48.17	669	1	0.026	99.4
5.69-8.05	4.981	0.021	46.84	515	1	0.023	99.4
8.05-37.428	5.239	0.018	48.85	284	0.999	0.02	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	(dev_3026)	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
MoRDa		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3tk8 as per Morda

3tk8

解像度: 1.8→37.428 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.48

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1879	1946	7.69 %
R_work	0.1574	-	-
obs	0.1599	25307	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 117.12 Å² / B_iso mean: 52.3286 Å² / B_iso min: 19.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→37.428 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2026	0	12	134	2172
B_iso mean	-	-	54.41	50.71	-
残基数	-	-	-	-	273

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8001-1.8451	0.3024	150	0.2559	1668	1818	100
1.8451-1.895	0.2916	128	0.2283	1687	1815	100
1.895-1.9507	0.2647	122	0.1966	1649	1771	100
1.9507-2.0137	0.2047	134	0.1802	1682	1816	100
2.0137-2.0857	0.2162	150	0.1669	1677	1827	100
2.0857-2.1692	0.2102	111	0.164	1706	1817	100
2.1692-2.2679	0.2284	134	0.1719	1683	1817	100
2.2679-2.3874	0.2381	135	0.1595	1655	1790	100
2.3874-2.537	0.1998	148	0.1729	1700	1848	100
2.537-2.7328	0.2126	150	0.1894	1621	1771	100
2.7328-3.0077	0.2277	134	0.1756	1686	1820	100
3.0077-3.4426	0.1736	158	0.1654	1633	1791	99
3.4426-4.3363	0.176	147	0.139	1650	1797	100
4.3363-37.4365	0.1503	145	0.134	1664	1809	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5339	4.839	-2.6873	4.4907	-2.0753	1.661	-0.3954	-0.3539	-0.9277	-0.9114	0.2911	-1.3051	0.0337	0.8509	0.0746	0.7661	0.2411	-0.0638	1.0638	-0.2411	1.0597	5.0432	-23.0134	-36.462
2	5.8978	-0.1617	-1.3339	0.173	0.6812	5.0713	-0.2346	-0.9258	-0.2716	0.3968	-0.2077	0.7428	0.6162	-0.7469	0.2473	0.3937	-0.2373	0.1348	1.1383	-0.1099	0.8266	-32.4572	-16.2782	-11.7062
3	6.7007	-1.0647	2.3709	0.2879	-0.2083	1.0791	0.0104	-1.2751	0.4252	0.5965	-0.194	0.7449	-0.1008	-1.1499	0.27	0.4534	-0.0279	0.132	0.8484	-0.0901	0.8135	-27.6436	-8.3003	-6.8565
4	2.9369	0.2784	0.513	2.2998	0.4121	1.9327	0.09	-0.0601	-0.5113	0.1222	-0.0711	0.3084	0.3487	-0.3138	-0.0238	0.2539	-0.0536	0.0042	0.2397	0.0095	0.3205	-10.7888	-11.6007	-12.3287
5	1.7924	0.206	-0.4123	1.6915	-0.7933	3.6077	0.0798	0.7137	-0.4307	-0.6652	0.0322	0.2462	0.2068	-0.0988	-0.1011	0.4875	-0.0139	-0.0791	0.5004	-0.1622	0.3225	-7.3632	-11.0712	-35.5216

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 256 through 271 )	A	256 - 271
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid -1 through 13 )	A	-1 - 13
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 14 through 39 )	A	14 - 39
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 40 through 151 )	A	40 - 151
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 152 through 255 )	A	152 - 255

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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