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万見
- PDB-6ckm: N. meningitidis CMP-sialic acid synthetase in the presence of CMP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ckm
タイトルN. meningitidis CMP-sialic acid synthetase in the presence of CMP-sialic acid and Ca2+
要素N-acylneuraminate cytidylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / polysaccharide synthesis / sialic acid-activator / CMP-transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acylneuraminate cytidylyltransferase / N-acylneuraminate cytidylyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acylneuraminate cytidylyltransferase / Cytidylyltransferase / : / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NCC / N-acylneuraminate cytidylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.543 Å
データ登録者Matthews, M.M. / Fisher, A.J. / Chen, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI130684 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Catalytic Cycle ofNeisseria meningitidisCMP-Sialic Acid Synthetase Illustrated by High-Resolution Protein Crystallography.
著者: Matthews, M.M. / McArthur, J.B. / Li, Y. / Yu, H. / Chen, X. / Fisher, A.J.
履歴
登録2018年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acylneuraminate cytidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6674
ポリマ－24,9201
非ポリマー7473
水5,459303
1
A: N-acylneuraminate cytidylyltransferase
ヘテロ分子

A: N-acylneuraminate cytidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3348
ポリマ－49,8412
非ポリマー1,4936
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_575x,-y+2,-z1
Buried area5150 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area19950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.372, 156.020, 38.714
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-808-

HOH

21A-1030-

HOH

31A-1052-

HOH

41A-1060-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 N-acylneuraminate cytidylyltransferase / CMP-N-acetylneuraminic acid synthase / CMP-NeuNAc synthase / CMP-sialic acid synthase


分子量: 24920.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
遺伝子: neuA, siaB, synB / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A0Z8, N-acylneuraminate cytidylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-NCC / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE-5-N-ACETYLNEURAMINIC ACID / CMP-Neu5Ac


分子量: 614.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H31N4O16P
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.28 % / 解説: long rectangular prism
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.16M calcium acetate, 0.08M sodium cacodylate pH 6.5, 14.4% PEG 8000, and 20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.12709 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12709 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→80.13 Å / Num. obs: 41624 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 11.86
反射 シェル解像度: 1.54→1.58 Å / 冗長度: 3.39 % / Rmerge(I) obs: 0.449 / Mean I/σ(I) obs: 2.52 / Num. unique obs: 2739 / CC1/2: 0.798 / % possible all: 89.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EYR

1eyr


解像度: 1.543→39.005 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1763 2097 5.04 %
Rwork0.1528 --
obs0.154 41623 98.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.543→39.005 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1711 0 48 303 2062
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061799
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7632449
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1851106
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054292
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005316
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5428-1.57870.2621270.21842280X-RAY DIFFRACTION87
1.5787-1.61820.23661430.19582674X-RAY DIFFRACTION100
1.6182-1.66190.19211200.18292606X-RAY DIFFRACTION100
1.6619-1.71080.19541410.1772636X-RAY DIFFRACTION100
1.7108-1.7660.17591540.15952629X-RAY DIFFRACTION100
1.766-1.82920.1831270.1652648X-RAY DIFFRACTION100
1.8292-1.90240.171390.15972628X-RAY DIFFRACTION100
1.9024-1.9890.20171560.14912629X-RAY DIFFRACTION99
1.989-2.09380.15151280.15032649X-RAY DIFFRACTION99
2.0938-2.2250.15751520.14932634X-RAY DIFFRACTION99
2.225-2.39680.18481430.14342658X-RAY DIFFRACTION99
2.3968-2.63790.16311390.1492644X-RAY DIFFRACTION99
2.6379-3.01950.18661470.15282667X-RAY DIFFRACTION99
3.0195-3.80380.17181330.14182716X-RAY DIFFRACTION99
3.8038-39.01750.16511480.14692828X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.0536-0.60620.62815.7788-0.59835.0495-0.0318-0.3635-0.08680.3284-0.03290.01990.21930.0415-0.04590.1179-0.02880.01590.1341-0.01660.104520.863183.43437.2661
24.8771-1.39061.56313.8729-0.58283.45170.13420.0922-0.18470.0178-0.0267-0.51730.39530.5367-0.03510.12820.02420.00320.1762-0.02080.227132.9804178.21162.4325
31.20190.34550.11981.56880.3691.07540.0487-0.0844-0.0230.1047-0.0254-0.09960.04440.0473-0.01650.0866-0.006-0.0010.09160.02030.088921.4551183.28385.4058
48.7125-5.56350.0437.77050.41761.79170.05440.16590.4679-0.2844-0.1086-0.24390.0475-0.07760.09010.1259-0.01820.00450.1150.02310.112710.0732175.7668-5.5006
54.40350.51770.68784.29920.18313.6192-0.0519-0.38820.00880.25650.06110.0722-0.00210.0009-0.00110.19920.02530.00560.13590.00950.15158.7912149.72221.9034
61.4991-1.86941.34144.6752-4.96315.82020.09950.3013-0.0079-1.1892-0.3909-0.72930.3710.38290.19820.35240.00470.08340.2420.00860.203111.2131150.6783-10.9915
70.99050.1057-0.16471.37360.25991.01030.0014-0.0598-0.0545-0.0254-0.01290.06860.1144-0.04710.01670.1153-0.0105-0.00750.11910.00940.12212.0885174.3173-0.4691
85.408-0.99593.52972.692-0.36567.89580.1207-0.037-0.39090.45210.1696-0.80140.43210.3645-0.1870.29490.0927-0.04490.19790.00250.383131.3195165.96150.697
95.22460.42411.09513.85460.19048.03610.08820.880.0853-0.6175-0.1459-0.37410.12270.39670.07540.31770.21970.0030.5452-0.09010.616337.5571168.4552-6.3619
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:16)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 17:43)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 44:123)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 124:135)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 136:160)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 161:170)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 171:203)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 204:217)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 218:225)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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