PDB-6cka: Crystal Structure of Paratox

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cka

タイトル

Crystal Structure of Paratox

要素

Paratox

キーワード

VIRAL PROTEIN / prophage / natural competence / Streptococcus / protein binding

機能・相同性

Paratox

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus pyogenes serotype M3 (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.559 Å

データ登録者

Prehna, G.

資金援助

米国,

カナダ, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01AI091779	米国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)	RGPIN-2018-04968	カナダ

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: The conserved mosaic prophage protein paratox inhibits the natural competence regulator ComR in Streptococcus.
著者: Mashburn-Warren, L. / Goodman, S.D. / Federle, M.J. / Prehna, G.

履歴

登録	2018年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月21日	Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.2	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cka.cif.gz	97.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cka.ent.gz	82.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cka.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6cka_validation.pdf.gz	404.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cka_full_validation.pdf.gz	404.8 KB	表示
XML形式データ	6cka_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	6cka_validation.cif.gz	13.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/6cka ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/6cka	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1a6x-d 2kdp-d 3kqi-d 4b6d-4 2fgx-d 2k6x-d 3iwf-2 1qp2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Paratox

B: Paratox

16.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Paratox

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, dimer gel filtration, monomer ITC, monomer AUC
8.19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Paratox

登録者が定義した集合体
8.19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	26.689, 56.816, 88.372
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Paratox 分子量: 8189.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M3 (化膿レンサ球菌) 株: ATCC BAA-595 / MGAS315 / 遺伝子: SpyM3_1300 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2UWN8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.87 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 1:1 13-26 mg/mL Paratox with 30% PEG4000, 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.979498 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月13日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979498 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.559→50 Å / Num. obs: 19842 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 11.6 % / CC_1/2: 0.997 / R_rim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.559→1.65 Å / Num. unique obs: 3119 / CC_1/2: 0.682 / R_rim(I) all: 0.616

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
CRANK2		位相決定
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.559→47.791 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.42

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1835	1007	5.1 %
R_work	0.1623	-	-
obs	0.1635	19759	99.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.559→47.791 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1140	0	0	200	1340

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1187
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.885	1606
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.964	716
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	178
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	208

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5591-1.6413	0.2141	132	0.2053	2594	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6413-1.7442	0.1962	142	0.1879	2614	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7442-1.8788	0.2289	150	0.1826	2629	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8788-2.0679	0.2073	154	0.1643	2632	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0679-2.3671	0.1906	148	0.1513	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3671-2.9823	0.1725	144	0.1677	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9823-4.67	0.1633	137	0.1499	2866	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.7727	4.2559	3.9347	6.0365	-2.0755	1.9923	0.1657	0.9748	-0.9758	-0.6561	0.4991	-0.9372	1.4767	0.7594	-0.0255	0.2762	0.0075	0.0584	0.2492	-0.076	0.1595	5.2642	7.8576	9.4705
2	7.7501	-1.1779	-2.7786	5.1006	3.1524	7.6325	0.0169	0.2535	0.1561	-0.2495	0.1115	0.1203	-0.1813	-0.242	-0.1013	0.1071	-0.0054	-0.009	0.1004	0.0226	0.1215	-2.7239	15.2107	16.2682
3	4.2208	-3.3286	-2.6242	5.3905	4.2523	6.3971	0.1494	0.079	-0.0035	-0.1617	-0.1699	-0.6622	0.0065	0.1674	-0.0152	0.1131	0.0235	0.0369	0.0922	0.0094	0.1526	8.7657	8.3728	20.0605
4	4.9239	-0.1267	-1.955	2.4008	-0.451	4.9674	-0.0143	-0.1182	0.036	-0.1367	0.0049	0.0773	0.1116	-0.0774	0.0051	0.1205	-0.0052	-0.0075	0.0859	-0.0138	0.1323	2.0141	5.8035	21.9119
5	6.5676	-5.432	-4.2859	5.7014	3.0144	8.5414	0.2442	0.3699	-0.3497	-0.0814	0.0276	-0.5984	0.2119	-0.2933	-0.105	0.1825	-0.011	-0.0118	0.0771	0.0105	0.2931	6.3006	-3.8354	24.7351
6	3.9347	-0.9588	1.1394	1.9375	-3.2342	5.6414	-0.0467	0.1075	-0.1082	0.0559	0.0031	-0.1732	-0.0098	0.2542	0.0434	0.0808	-0.0155	-0.0067	0.0822	-0.0045	0.1223	10.865	10.5704	23.4544
7	6.2508	6.1812	4.4224	6.8565	4.6481	3.7681	-0.3297	-0.2321	-0.0451	-0.4661	-0.1458	0.2779	-1.074	0.6733	0.2752	0.1826	-0.0321	-0.021	0.1852	0.0487	0.0987	9.5325	16.0806	13.9614
8	0.2714	0.4609	-0.4621	4.4929	-4.7407	4.7096	0.0864	-0.0999	0.0234	0.6401	0.1655	0.1996	-0.9451	-0.2684	-0.2844	0.204	-0.0189	0.0333	0.187	0.0185	0.1187	9.8193	16.6023	-2.3112
9	6.3499	5.7029	-0.8624	5.5425	-0.0621	2.3559	0.3144	-0.7277	-1.1377	0.321	-0.3732	-0.6496	0.2403	0.1884	0.1504	0.1917	-0.051	-0.0223	0.2175	0.059	0.2492	11.7139	15.3392	45.9183
10	9.2465	3.8706	-0.7091	5.7138	-3.9537	3.4141	0.0138	-0.0729	0.3463	-0.0402	-0.0594	-0.1587	-0.0279	0.1353	0.0688	0.1787	-0.025	0.0297	0.1204	-0.0083	0.1583	14.9848	22.2637	37.5822
11	5.4202	3.6281	-3.0101	3.1761	-1.1975	2.5955	0.1732	0.7526	0.5189	-0.0631	-0.1263	0.1385	-1.0675	0.0132	-0.1419	0.2639	-0.0057	-0.0167	0.1738	0.035	0.2052	6.9486	21.8219	30.1769
12	6.6226	0.7647	-2.5217	5.0554	-2.1697	6.9457	0.0548	-0.4388	-0.2485	0.4141	-0.1602	0.2627	0.2769	-0.095	0.1504	0.1519	-0.0492	0.017	0.1213	-0.0102	0.1109	6.8166	10.1172	38.8498
13	7.859	6.2776	-4.3709	6.593	-6.1795	7.4922	-0.0736	-0.0004	-0.5555	0.2443	0.0206	-0.4163	0.1631	0.0002	0.1732	0.1469	0.0122	0.0056	0.1285	0.0023	0.1472	13.5579	6.4084	29.6019
14	3.4264	0.6073	-0.2532	8.7522	3.1344	4.488	0.1583	-0.0486	-0.0146	-0.3532	-0.3745	0.364	-0.0731	-0.3602	0.203	0.1261	-0.0152	-0.0013	0.1509	-0.0252	0.124	2.8471	13.1306	34.0259
15	6.9877	-2.8532	-1.5113	4.3956	-2.8356	4.1445	0.1311	0.022	0.6031	-0.0152	-0.2681	-0.1536	-0.1488	-0.3246	0.0782	0.1997	-0.0027	0.0207	0.1622	-0.0457	0.1698	2.4539	20.9558	41.5578
16	1.0569	-2.4028	-2.7991	5.5314	6.5033	6.8392	0.1082	0.1445	-0.0025	-0.4162	0.0399	-0.1376	-0.7159	0.346	-0.3965	0.2007	-0.0295	0.0385	0.1916	-0.0281	0.1573	3.4264	23.2676	56.4366

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:4)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 5:16)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 17:29)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 30:38)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 39:44)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 45:51)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 52:59)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 60:68)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 1:5)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 6:16)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 17:21)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 22:35)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 36:42)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 43:52)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 53:57)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 58:68)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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