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- PDB-6ck0: Crystal Structure of Biotin Acetyl Coenzyme A Carboxylase Synthet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ck0
タイトルCrystal Structure of Biotin Acetyl Coenzyme A Carboxylase Synthetase from Helicobacter pylori with bound Biotinylated ATP
要素Biotin acetyl coenzyme A carboxylase synthetase
キーワードLIGASE / SSGCID / biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase activity / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin--[biotin carboxyl-carrier protein] ligase activity / protein modification process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) catalytic domain profile. / Biotin/lipoate A/B protein ligase family / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL), catalytic domain / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F5D / Biotin acetyl coenzyme A carboxylase synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2025
タイトル: Co-crystal structure of Helicobacter pylori biotin protein ligase with biotinyl-5-ATP.
著者: Ayanlade, J.P. / Davis, D.E. / Subramanian, S. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Hammerson, B. / Myler, P.J. / Asojo, O.A.
履歴
登録2018年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22025年1月15日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Biotin acetyl coenzyme A carboxylase synthetase
B: Biotin acetyl coenzyme A carboxylase synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,13312
ポリマ－50,0302
非ポリマー2,10410
水2,072115
1
A: Biotin acetyl coenzyme A carboxylase synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9094
ポリマ－25,0151
非ポリマー8943
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Biotin acetyl coenzyme A carboxylase synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2258
ポリマ－25,0151
非ポリマー1,2107
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.890, 57.080, 57.030
Angle α, β, γ (deg.)122.140, 94.730, 107.850
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Biotin acetyl coenzyme A carboxylase synthetase


分子量: 25014.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain G27) (ピロリ菌)
株: G27 / 遺伝子: HPG27_1085 / プラスミド: HepyC.19466.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B5Z8D8
#2: 化合物 ChemComp-F5D / 5'-O-[(S)-({5-[(2R,3aS,4S,6aR)-2-hydroxyhexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoyl}oxy){[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]adenosine


分子量: 735.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H32N7O15P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.44 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: HepyC.19466.a.B1.PS38345 at 23.36 mg/ml was incubated with 6 mM MgCl2, ATP, and biotin, then mixed 1:1 with JCSG+(b1): 0.1 M sodium citrate tribasic/ citric acid, pH=4.0, 0.8 M ammonium ...詳細: HepyC.19466.a.B1.PS38345 at 23.36 mg/ml was incubated with 6 mM MgCl2, ATP, and biotin, then mixed 1:1 with JCSG+(b1): 0.1 M sodium citrate tribasic/ citric acid, pH=4.0, 0.8 M ammonium sulfate. Crystal cryoprotected with 25% ethylene glycol. Tray: 295125b1, puck: xga0-9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月24日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→47.95 Å / Num. obs: 23767 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.92 % / Biso Wilson estimate: 36.37 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 18.29 / Num. measured all: 93167 / Scaling rejects: 580
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.25-2.313.9580.4523.436432181716250.9370.52389.4
2.31-2.373.9820.2744.996813176617110.9650.31696.9
2.37-2.443.9880.2355.856541168316400.9680.27297.4
2.44-2.523.9820.1996.776510167816350.9740.2397.4
2.52-2.63.9750.1787.666336164115940.9790.20697.1
2.6-2.693.9770.1349.756002154315090.9850.15597.8
2.69-2.793.9620.10612.075768148814560.9890.12397.8
2.79-2.93.9540.08714.415603145014170.9930.197.7
2.9-3.033.9410.0717.135372139213630.9960.08197.9
3.03-3.183.9210.05520.485117134013050.9970.06497.4
3.18-3.353.8960.04624.624854127112460.9980.05498
3.35-3.563.8840.03928.714606120511860.9980.04598.4
3.56-3.83.80.03830.324176112310990.9980.04497.9
3.8-4.113.8660.03334.493936103610180.9980.03898.3
4.11-4.53.8350.02936.2736059539400.9990.03498.6
4.5-5.033.8380.02838.4133128778630.9990.03298.4
5.03-5.813.790.02937.6528887777620.9990.03498.1
5.81-7.123.8170.02937.6324356506380.9980.03498.2
7.12-10.063.8290.02441.6618765024900.9990.02897.6
10.06-47.953.6480.02242.169852822700.9990.02695.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(1.13_2998)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MR-Rosetta位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3L1A

3l1a


解像度: 2.25→47.95 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.42
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2207 1978 8.33 %
Rwork0.1711 --
obs0.1752 23747 97.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 118.61 Å2 / Biso mean: 42.3463 Å2 / Biso min: 14.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→47.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3229 0 128 116 3473
Biso mean--56.76 44.84 -
残基数----419
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2501-2.30630.431320.36981428156089
2.3063-2.36870.26121410.23291553169497
2.3687-2.43840.28261330.19981533166698
2.4384-2.51710.24991560.19351549170598
2.5171-2.6070.28321420.19871582172498
2.607-2.71140.31191340.20021561169598
2.7114-2.83480.29231370.1931562169998
2.8348-2.98420.24041480.19511578172698
2.9842-3.17120.23711570.18811536169399
3.1712-3.4160.22231340.1691582171699
3.416-3.75960.23381320.15931587171999
3.7596-4.30330.17031460.14321570171699
4.3033-5.42050.15321470.1321571171899
5.4205-47.96110.19191390.15481577171699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.4376-0.2381-0.77715.9168-2.37696.8051-0.10260.1681-0.1839-0.4528-0.0064-0.2020.3248-0.09180.0870.2647-0.01570.00840.2533-0.00330.23562.226618.695841.784
22.3422-0.77670.42733.5889-0.88923.4001-0.2012-0.1110.48410.63740.1053-0.6065-0.29030.05560.06220.29850.0064-0.09120.2407-0.03120.39427.81220.700756.1899
33.16791.7674-0.04613.7073-2.29077.1586-0.1238-0.2631-0.26780.05780.0151-0.50470.21670.22130.04280.33580.0423-0.07860.3145-0.03590.35212.48685.004564.2202
45.07520.24620.08077.59460.42975.11250.1576-0.03310.049-0.2511-0.1661-0.47730.05180.2162-0.04740.25070.02370.0060.2607-0.01040.232318.8607-14.717531.9413
52.8374-0.88580.60544.78260.80363.43940.0459-0.0074-0.0530.01840.15830.2077-0.1545-0.1175-0.17960.2314-0.02810.03250.21970.04760.22426.6562-7.476934.8298
65.2141-0.68552.46437.7241-1.5077.60970.1412-0.3469-0.41330.37630.26390.77181.092-0.2281-0.35990.4403-0.05630.0040.31530.12170.32331.8878-17.112638.2231
75.14562.89581.17347.98530.86792.9176-0.13490.01570.1548-0.55560.24450.4843-0.3433-0.2607-0.24630.35330.0907-0.00470.34520.07530.3638-0.16553.645526.2288
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 54 )A3 - 54
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 55 through 171 )A55 - 171
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 172 through 211 )A172 - 211
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 2 through 54 )B2 - 54
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 55 through 144 )B55 - 144
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 145 through 161 )B145 - 161
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 162 through 211 )B162 - 211

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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