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- PDB-6cjf: Human dihydroorotate dehydrogenase bound to 4-quinoline carboxyli... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cjf
タイトルHuman dihydroorotate dehydrogenase bound to 4-quinoline carboxylic acid inhibitor 43
要素Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Oxidoreductase / oxidoreductase inhibitor / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane ...pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F54 / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / OROTIC ACID / 3-[decyl(dimethyl)ammonio]propane-1-sulfonate / Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Petrunak, E.M. / Stuckey, J.A.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Design, Synthesis, and Biological Evaluation of 4-Quinoline Carboxylic Acids as Inhibitors of Dihydroorotate Dehydrogenase.
著者: Madak, J.T. / Cuthbertson, C.R. / Miyata, Y. / Tamura, S. / Petrunak, E.M. / Stuckey, J.A. / Han, Y. / He, M. / Sun, D. / Showalter, H.D. / Neamati, N.
履歴
登録2018年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
B: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,46611
ポリマ－81,5052
非ポリマー2,9619
水6,575365
1
A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0795
ポリマ－40,7521
非ポリマー1,3274
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3876
ポリマ－40,7521
非ポリマー1,6345
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.752, 51.527, 65.088
Angle α, β, γ (deg.)89.15, 81.61, 76.44
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial / DHOdehase / Dihydroorotate oxidase


分子量: 40752.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHODH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q02127, dihydroorotate dehydrogenase (quinone)

-
非ポリマー , 5種, 374分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-ORO / OROTIC ACID / オロチン酸


分子量: 156.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N2O4
#4: 化合物 ChemComp-F54 / 2-[4-(2-chloro-6-methylpyridin-3-yl)phenyl]-6-fluoro-3-methylquinoline-4-carboxylic acid


分子量: 406.837 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H16ClFN2O2
#5: 化合物 ChemComp-ZWI / 3-[decyl(dimethyl)ammonio]propane-1-sulfonate


分子量: 307.492 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H33NO3S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.72 M ammonium sulfate, 1.4 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 5.3, 10 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→50 Å / Num. obs: 75537 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.63→1.66 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.429 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IGH

4igh


解像度: 1.63→32.473 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 18.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1888 3816 5.05 %
Rwork0.1632 --
obs0.1645 75537 95.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→32.473 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5226 0 165 365 5756
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065586
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8657594
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6433325
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053862
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006980
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6299-1.65050.27371040.19742162X-RAY DIFFRACTION77
1.6505-1.67220.22071130.18742362X-RAY DIFFRACTION83
1.6722-1.69510.23591370.18312384X-RAY DIFFRACTION87
1.6951-1.71930.20971370.1792524X-RAY DIFFRACTION90
1.7193-1.7450.20531370.18032568X-RAY DIFFRACTION93
1.745-1.77230.22661600.17292620X-RAY DIFFRACTION95
1.7723-1.80130.21031270.16372711X-RAY DIFFRACTION96
1.8013-1.83240.20171360.15962701X-RAY DIFFRACTION96
1.8324-1.86570.18911440.15712718X-RAY DIFFRACTION96
1.8657-1.90160.16431230.16052680X-RAY DIFFRACTION96
1.9016-1.94040.19951490.16292638X-RAY DIFFRACTION97
1.9404-1.98260.191480.15552733X-RAY DIFFRACTION97
1.9826-2.02870.211690.16982684X-RAY DIFFRACTION97
2.0287-2.07940.20551310.16362686X-RAY DIFFRACTION97
2.0794-2.13560.20071320.1542741X-RAY DIFFRACTION97
2.1356-2.19840.18161480.15862704X-RAY DIFFRACTION97
2.1984-2.26940.20061600.15732688X-RAY DIFFRACTION98
2.2694-2.35050.18971480.15722731X-RAY DIFFRACTION98
2.3505-2.44450.19021420.16382739X-RAY DIFFRACTION98
2.4445-2.55580.19241480.16152710X-RAY DIFFRACTION98
2.5558-2.69040.1681440.16452725X-RAY DIFFRACTION98
2.6904-2.85890.18031510.16462768X-RAY DIFFRACTION98
2.8589-3.07950.18091460.16882724X-RAY DIFFRACTION98
3.0795-3.38910.18061630.16372744X-RAY DIFFRACTION99
3.3891-3.87880.17241380.1522749X-RAY DIFFRACTION99
3.8788-4.88420.1641490.14642749X-RAY DIFFRACTION99
4.8842-32.4790.19971320.1842778X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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