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- PDB-3h7k: Crystal Structure of Arabidopsis thaliana Agmatine Deiminase Comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h7k
タイトルCrystal Structure of Arabidopsis thaliana Agmatine Deiminase Complexed with a Covalently Bound Reaction Intermediate
要素Agmatine deiminase
キーワードHYDROLASE / Agmatine / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG / N-carbamoylputrescine / Arginine decarboxylase pathway / Polyamine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


agmatine deiminase / agmatine deiminase activity / putrescine biosynthetic process from arginine / polyamine biosynthetic process / protein-arginine deiminase activity
類似検索 - 分子機能
Agmatine deiminase / Peptidyl-arginine deiminase, Porphyromonas-type / Porphyromonas-type peptidyl-arginine deiminase / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / 5-stranded Propeller / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Agmatine deiminase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Burgie, E.S. / Bingman, C.A. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structural Insights into the Catalytic Mechanism of Arabidopsis thaliana Agmatine Deiminase
著者: Burgie, E.S. / Bingman, C.A. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2009年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月10日Group: Non-polymer description
改定 1.32011年8月17日Group: Structure summary
改定 1.42017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Agmatine deiminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9839
ポリマ－43,5461
非ポリマー4388
水4,558253
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.720, 69.560, 50.986
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.520, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-526-

HOH

21A-588-

HOH

詳細biological unit is the same as asymmetric unit.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Agmatine deiminase / Agmatine iminohydrolase / Protein EMBRYO DEFECTIVE 1873


分子量: 43545.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
株: Columbia / 解説: Wheat germ / 遺伝子: AIH, At5g08170, EMB1873, T22D6.110 / プラスミド: pEU-His-Flexi / 発現宿主: CELL-FREE SYNTHESIS (未定義) / 参照: UniProt: Q8GWW7, agmatine deiminase

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非ポリマー , 5種, 261分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE SEQUENCE MATCHES GENBANK ENTRY AAO63405.1. THE DISCREPANCY BETWEEN AUTHOR'S ...AUTHORS STATE THAT THE SEQUENCE MATCHES GENBANK ENTRY AAO63405.1. THE DISCREPANCY BETWEEN AUTHOR'S SEQUENCE AND THE SEQUENCE LISTED IN UNIPROT IS A KNOWN "SEQUENCE CONFLICT". THIS IS DOCUMENTED ON THE UNIPROT WEBSITE AT HTTP://WWW.UNIPROT.ORG/UNIPROT/Q8GWW7. AT THE WEBSITE TWO INDEPENDENT REFERENCES ARE PROVIDED. FURTHERMORE, AUTHOR'S ELECTRON DENSITY SHOWS NO SIGN OF ASPARTATE AT THIS POSITION. THIS SEQUENCE IS LIKELY JUST A NATURAL VARIATION, AND WAS NOT PRODUCED BY SITE-DIRECTED MUTAGENSIS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein solution 100 nl- 10 mg/ml agmatine deiminase, 50 mM NaCl, 0.3 mM TCEP, 10 mM agmatine sulfate, 5 mM HEPES, pH 7.0; Precipitant solution 100 nl- 32% Polyethylene glycol 1500, 200 mM ...詳細: Protein solution 100 nl- 10 mg/ml agmatine deiminase, 50 mM NaCl, 0.3 mM TCEP, 10 mM agmatine sulfate, 5 mM HEPES, pH 7.0; Precipitant solution 100 nl- 32% Polyethylene glycol 1500, 200 mM KBr, 100 mM triethanolamine, pH 7.5; Cryoprotectant- MiTeGen LV Cryo Oil, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月6日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.3 % / Av σ(I) over netI: 25.03 / 数: 272339 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 1.62 / D res high: 1.84 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 37121 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.995010010.0674.2437.5
3.964.9910010.0522.8257.7
3.463.9610010.0582.2387.7
3.153.4610010.072.1667.6
2.923.1510010.0792.1737.6
2.752.9210010.0871.9527.6
2.612.7510010.0981.47.5
2.52.6110010.1081.4897.5
2.42.510010.1121.1847.4
2.322.410010.1171.2797.4
2.252.3210010.1231.1797.5
2.182.2510010.1371.1777.4
2.122.1810010.1461.117.4
2.072.1210010.1611.1187.4
2.032.0710010.1761.1127.3
1.982.0310010.1981.1017.3
1.941.9899.910.2351.057.2
1.911.9410010.2591.0947.1
1.871.9110010.2891.0086.6
1.841.8799.810.3051.0256
反射解像度: 1.84→50 Å / Num. obs: 37121 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 1.623 / Net I/σ(I): 25.028
反射 シェル解像度: 1.84→1.87 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.305 / Mean I/σ(I) obs: 5.647 / Num. unique all: 1870 / Χ2: 1.025 / % possible all: 99.8

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set
ID最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_11.8440.200356531441
ANO_11.8440.21.930355930
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_18.07-40.20039673
ISO_15.77-8.070071568
ISO_14.72-5.770093974
ISO_14.1-4.7200109972
ISO_13.67-4.100127573
ISO_13.35-3.6700139374
ISO_13.1-3.3500153269
ISO_12.91-3.100163078
ISO_12.74-2.9100174570
ISO_12.6-2.7400185669
ISO_12.48-2.600193071
ISO_12.37-2.4800203078
ISO_12.28-2.3700211971
ISO_12.2-2.2800221970
ISO_12.12-2.200227971
ISO_12.06-2.1200234472
ISO_12-2.0600246772
ISO_11.94-200251578
ISO_11.89-1.9400257565
ISO_11.84-1.8900259573
ANO_18.07-40.26.34203960
ANO_15.77-8.076.16507150
ANO_14.72-5.775.22909390
ANO_14.1-4.724.449010990
ANO_13.67-4.13.917012750
ANO_13.35-3.673.617013930
ANO_13.1-3.353.664015320
ANO_12.91-3.13.528016300
ANO_12.74-2.913.15017440
ANO_12.6-2.742.566018550
ANO_12.48-2.62.318019270
ANO_12.37-2.482.032020300
ANO_12.28-2.371.9021160
ANO_12.2-2.281.708022160
ANO_12.12-2.21.499022740
ANO_12.06-2.121.41023440
ANO_12-2.061.268024640
ANO_11.94-21.123025140
ANO_11.89-1.941.008025680
ANO_11.84-1.890.913025620
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
1-14.136-8.417-0.803SE13.031.84
2-37.702-18.193-14.644SE9.641.54
3-28.3437.511-1.522SE11.11.38
4-52.81337.086-16.684SE12.821.27
5-30.45543.07-20.45SE19.510.85
6-27.32940.046-21.514SE16.640.85
7-52.204-28.477-21.616SE12.560.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
SOLOMON位相決定
REFMACrefmac_5.5.0066精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.84→40.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 1.796 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.185 1849 5 %RANDOM
Rwork0.147 ---
obs0.149 37094 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 55.22 Å2 / Biso mean: 12.976 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å20 Å2-0.25 Å2
2--0.44 Å20 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→40.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2921 0 20 253 3194
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0213102
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3611.9424223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.85387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.51524.129155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.54415502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5291524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2444
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.0212449
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5591.51897
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.42623076
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.86931205
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.1194.51147
LS精密化 シェル解像度: 1.84→1.888 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 149 -
Rwork0.174 2517 -
all-2666 -
obs--96.95 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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