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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cir | ||||||
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タイトル | Human Cytochrome P450 17A1 in complex with inhibitor: abiraterone C6 oxime | ||||||
![]() | Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / CYTOCHROME P450 / P450 / CYP17A1 / P450C17 / P450 17A1 / MONOOXYGENASE / 17A-HYDROXYLASE / 17 / 20-LYASE / HEME PROTEIN / CYTOCHROME P450 OXIDOREDUCTASE / MEMBRANE / MICROSOME / ENDOPLASMIC RETICULUM / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Defective CYP17A1 causes AH5 / steroid 17alpha-monooxygenase / 17alpha-hydroxyprogesterone deacetylase / steroid 17-alpha-monooxygenase activity / : / glucocorticoid biosynthetic process / Androgen biosynthesis / hormone biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / androgen biosynthetic process ...Defective CYP17A1 causes AH5 / steroid 17alpha-monooxygenase / 17alpha-hydroxyprogesterone deacetylase / steroid 17-alpha-monooxygenase activity / : / glucocorticoid biosynthetic process / Androgen biosynthesis / hormone biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / androgen biosynthetic process / sex differentiation / progesterone metabolic process / steroid biosynthetic process / steroid metabolic process / oxygen binding / iron ion binding / axon / neuronal cell body / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Scott, E.E. / Fehl, C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure-Based Design of Inhibitors with Improved Selectivity for Steroidogenic Cytochrome P450 17A1 over Cytochrome P450 21A2. 著者: Fehl, C. / Vogt, C.D. / Yadav, R. / Li, K. / Scott, E.E. / Aube, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 704.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 593.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 66 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 86.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55740.141 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 24-508 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P05093, steroid 17alpha-monooxygenase, 17alpha-hydroxyprogesterone deacetylase #2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-3NQ / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.27 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.175 M Tris, pH 8.5 containing 30% PEG 3350, 3% glycerol, and 0.250-0.275 M lithium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.648→39.314 Å / Num. obs: 68518 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.7 % / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 13.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 9510 / Rpim(I) all: 0.552 / % possible all: 95.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3SWZ 解像度: 2.648→39.314 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.6 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.648→39.314 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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