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- PDB-6cih: Crystal structure of a group II intron lariat in the post-catalyt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cih
タイトルCrystal structure of a group II intron lariat in the post-catalytic state
要素
  • RNA (5'-R(P*UP*GP*UP*UP*UP*AP*UP*UP*AP*AP*AP*AP*AP*C*-3')
  • RNA (696-MER)
キーワードRNA / group II intron / RNA splicing / spliceosome / lariat
機能・相同性IRIDIUM HEXAMMINE ION / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Pylaiella littoralis (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.676 Å
データ登録者Chan, R.T. / Peters, J.K. / Robart, A.R. / Wiryaman, T. / Rajashankar, K.R. / Toor, N.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM102216 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM123275 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5P41GM103403 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5T32GM007240 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5T32GM008326 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural basis for the second step of group II intron splicing.
著者: Chan, R.T. / Peters, J.K. / Robart, A.R. / Wiryaman, T. / Rajashankar, K.R. / Toor, N.
履歴
登録2018年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (696-MER)
B: RNA (5'-R(P*UP*GP*UP*UP*UP*AP*UP*UP*AP*AP*AP*AP*AP*C*-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,637138
ポリマ－205,2702
非ポリマー14,368136
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: Lariat intron and ligated exons show up as separate bands with denaturing gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15090 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area97630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.639, 255.361, 136.786
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-745-

MG

21A-760-

MG

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要素

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RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: RNA鎖 RNA (696-MER)


分子量: 200851.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pylaiella littoralis (真核生物)
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*GP*UP*UP*UP*AP*UP*UP*AP*AP*AP*AP*AP*C*-3')


分子量: 4417.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pylaiella littoralis (真核生物)

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非ポリマー , 4種, 382分子

#3: 化合物...
ChemComp-IRI / IRIDIUM HEXAMMINE ION


分子量: 294.400 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 合成 / 式: H18IrN6
#4: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.91 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.4 mM spermine, 21% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 175 mM magnesium acetate tetrahydrate, and 90 mM MES monohydrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 303K, soaked in 3mM iridium hexammine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.1052 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1052 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.676→81.83 Å / Num. obs: 31107 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Rsym value: 0.149 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 3.676→3.74 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.676→81.82 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2552 1994 6.41 %
Rwork0.2081 --
obs0.2112 31107 98.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.676→81.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 13479 628 0 14107
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115587
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16524728
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6237550
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0493149
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005629
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6761-3.7680.41491160.36721730X-RAY DIFFRACTION83
3.768-3.86990.37151410.35352045X-RAY DIFFRACTION99
3.8699-3.98380.35751430.32622088X-RAY DIFFRACTION100
3.9838-4.11240.32031430.30362088X-RAY DIFFRACTION100
4.1124-4.25940.32041430.29412091X-RAY DIFFRACTION100
4.2594-4.42990.37791430.27162077X-RAY DIFFRACTION100
4.4299-4.63150.31791430.25132083X-RAY DIFFRACTION100
4.6315-4.87560.291440.24532101X-RAY DIFFRACTION100
4.8756-5.18110.28851420.21282086X-RAY DIFFRACTION100
5.1811-5.5810.24161450.19682108X-RAY DIFFRACTION100
5.581-6.14250.26341460.18982120X-RAY DIFFRACTION100
6.1425-7.03090.25451450.18462132X-RAY DIFFRACTION100
7.0309-8.85650.22311470.1952144X-RAY DIFFRACTION100
8.8565-81.83970.19811530.15942220X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.7218 Å / Origin y: 32.5209 Å / Origin z: -10.4659 Å
111213212223313233
T0.9382 Å2-0.1736 Å2-0.1605 Å2-0.9865 Å20.0915 Å2--0.8467 Å2
L0.5484 °2-0.0014 °2-0.4226 °2-0.6782 °20.1263 °2--1.4995 °2
S-0.0981 Å °-0.2122 Å °-0.111 Å °-0.042 Å °0.104 Å °-0.1585 Å °-0.1411 Å °0.5864 Å °-0.036 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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