[日本語] English
万見
- PDB-6cig: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF SELENOMETHIONINE SUBSTITUTED ISOFLA... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cig
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF SELENOMETHIONINE SUBSTITUTED ISOFLAVONE O-METHYLTRANSFERASE
要素Isoflavone-7-O-methyltransferase 8
キーワードTRANSFERASE / selenomethionine / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


isoflavone 7-O-methyltransferase / isoflavone 7-O-methyltransferase activity / : / methylation / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能
Plant methyltransferase dimerisation / Dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Plant methyltransferase dimerisation / Dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Chem-T3A / Isoflavone-7-O-methyltransferase 8
類似検索 - 構成要素
生物種Medicago sativa (ムラサキウマゴヤシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Zubieta, C. / Dixon, R.A. / Shabalin, I.G. / Kowiel, M. / Porebski, P.J. / Noel, J.P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR) 米国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用
ジャーナル: Nat. Struct. Biol. / 年: 2001
タイトル: Structures of two natural product methyltransferases reveal the basis for substrate specificity in plant O-methyltransferases.
著者: Zubieta, C. / He, X.Z. / Dixon, R.A. / Noel, J.P.
#1: ジャーナル: Bioinformatics / 年: 2018
タイトル: Automatic Recognition of Ligands in Electron Density by Machine Learning.
著者: Kowiel, M. / Brzezinski, D. / Porebski, P.J. / Shabalin, I.G. / Jaskolski, M. / Minor, W.
履歴
登録2018年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2018年3月7日ID: 1FPX
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity / Item: _entity.formula_weight
改定 1.22018年12月26日Group: Data collection / Other / Structure summary
カテゴリ: audit_author / entity ...audit_author / entity / pdbx_SG_project / struct_keywords
Item: _entity.formula_weight / _struct_keywords.text
改定 1.32019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Isoflavone-7-O-methyltransferase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4289
ポリマ－40,1341
非ポリマー1,2948
水8,863492
1
A: Isoflavone-7-O-methyltransferase 8
ヘテロ分子

A: Isoflavone-7-O-methyltransferase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,85618
ポリマ－80,2672
非ポリマー2,58916
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area12250 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area28930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.810, 50.240, 63.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.760, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Isoflavone-7-O-methyltransferase 8 / 7-IOMT-8 / Isoflavone-O-methyltransferase 8


分子量: 40133.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Medicago sativa (ムラサキウマゴヤシ)
プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O24529, isoflavone 7-O-methyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 500分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-T3A / N-(TRIS(HYDROXYMETHYL)METHYL)-3-AMINOPROPANESULFONIC ACID / TAPS


分子量: 243.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO6S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.84 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.25
詳細: Protein in 25 mM HEPES (pH 7.5), 100 mM NaCl, 1 mM DTT was mixed at 1:1 ratio with the crystallization buffer 17% (w/v) PEG 8000, 0.05 M TAPS (pH 8.25), 0.35 M lithium sulfate, 2 mM DTT

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11051
21051
31051
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL9-210.9746
シンクロトロンSSRL BL9-220.9785
シンクロトロンSSRL BL9-230.9787
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD1999年12月12日
ADSC QUANTUM 42CCD1999年12月12日
ADSC QUANTUM 43CCD1999年12月12日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
3MADMx-ray3
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97461
20.97851
30.97871
反射解像度: 1.65→99 Å / Num. obs: 52130 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 26.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Num. unique all: 4669 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.65→39.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 2.97 / SU ML: 0.053 / SU R Cruickshank DPI: 0.0751 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.076
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1739 2622 5 %RANDOM
Rwork0.1461 ---
obs0.1475 49529 97.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å
原子変位パラメータBiso max: 206.51 Å2 / Biso mean: 29.911 Å2 / Biso min: 8.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å2-0.33 Å2
2--0.15 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→39.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2746 0 81 492 3319
Biso mean--39.63 40.24 -
残基数----349
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0192899
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022724
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5852.0083921
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.05936345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7045354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.54125.041121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.12115486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4791511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2449
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023120
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02553
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 167 -
Rwork0.224 3636 -
all-3803 -
obs--97.02 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.796 Å / Origin y: 25.215 Å / Origin z: 15.605 Å
111213212223313233
T0.0622 Å2-0.003 Å20.0227 Å2-0.023 Å20.0044 Å2--0.0661 Å2
L0.7481 °20.0165 °20.3717 °2-0.1527 °20.0668 °2--0.6269 °2
S-0.0012 Å °-0.0171 Å °-0.0441 Å °0.0262 Å °-0.0105 Å °0.0004 Å °0.0201 Å °-0.01 Å °0.0117 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る