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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ci5
タイトルCrystal structure of the formyltransferase PseJ from Anoxybacillus kamchatkensis in complex with UDP-4,6-dideoxy-4-formamido-L-AltNAc and tetrahydrofolate
要素formyltransferase PseJ
キーワードTRANSFERASE / formyltransferase
機能・相同性Chem-1YJ / Chem-F5G
機能・相同性情報
生物種Anoxybacillus kamchatkensis G10 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.00003052726 Å
データ登録者Reimer, J.M. / Harb, I. / Schmeing, T.M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FDN-148472 カナダ
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural Insight into a Novel Formyltransferase and Evolution to a Nonribosomal Peptide Synthetase Tailoring Domain.
著者: Reimer, J.M. / Harb, I. / Ovchinnikova, O.G. / Jiang, J. / Whitfield, C. / Schmeing, T.M.
履歴
登録2018年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: formyltransferase PseJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7694
ポリマ－25,6091
非ポリマー1,1603
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.420, 73.780, 41.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.470, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 formyltransferase PseJ


分子量: 25609.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anoxybacillus kamchatkensis G10 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-F5G / (2R,3R,4S,5R,6S)-3-(acetylamino)-5-(formylamino)-4-hydroxy-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2-yl [(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name)


分子量: 618.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H28N4O16P2
#4: 化合物 ChemComp-1YJ / N-[4-({[(6R)-2-amino-4-oxo-3,4,5,6,7,8-hexahydropteridin-6-yl]methyl}amino)benzoyl]-L-glutamic acid / (6R)-テトラヒドロ葉酸


分子量: 445.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23N7O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.84 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 25.6% PEG5000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→47.23 Å / Num. obs: 32206 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 48.8393855317 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.984 / Num. unique obs: 1720

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.refinedev_2689精密化
PHENIXdev_2689精密化
Aimlessデータスケーリング
DIALSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CI2

6ci2


解像度: 2.00003052726→46.8838402268 Å / SU ML: 0.312089467255 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.47364596753 / 位相誤差: 30.9228387233
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239543829849 1925 9.9771949829 %
Rwork0.217847174875 17369 -
obs0.220023852975 19294 99.9274911954 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 74.0064049426 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.00003052726→46.8838402268 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1581 0 58 31 1670
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002051620442791682
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5395533322242285
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0426805212405244
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00238724576518280
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6324302796973
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.4129863947551320.367191670131226X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.10550.3698454275131340.3417795225971246X-RAY DIFFRACTION99.8552821997
2.1055-2.16740.3239177667391380.3217680325231231X-RAY DIFFRACTION99.8541210795
2.1674-2.23740.3017950857851390.3166352657621240X-RAY DIFFRACTION99.9275362319
2.2374-2.31740.3365370051241470.2882130034721218X-RAY DIFFRACTION99.7807017544
2.3174-2.41010.2819503846691250.2795982304441227X-RAY DIFFRACTION99.8522895126
2.4101-2.51980.3000451246421420.2644733007231231X-RAY DIFFRACTION100
2.5198-2.65270.2701602389241380.2683315481121255X-RAY DIFFRACTION99.9282639885
2.6527-2.81880.3326525132381390.2672372889471233X-RAY DIFFRACTION100
2.8188-3.03640.3103908754991360.2713601086781256X-RAY DIFFRACTION100
3.0364-3.34190.2564344523971350.2366962215231232X-RAY DIFFRACTION100
3.3419-3.82530.206743724581390.2049037369241249X-RAY DIFFRACTION100
3.8253-4.81870.1879876304421380.1684724751261248X-RAY DIFFRACTION100
4.8187-46.89670.2048567857181430.1790192536721277X-RAY DIFFRACTION99.9296270232
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.931110195781.500707726361.131497322263.422656770821.585774817774.136537097030.336215461471-0.00874891108491-0.2875265441960.282011485248-0.3386403422370.3502432631931.32585576137-1.13090543570.02789893290.687239537699-0.266108724642-0.021618841210.603663771107-0.01909447682390.45529369742230.688887702411.17022405254.10042172602
22.500608147940.7421042837172.099044628038.60671215272.129239308617.911243420320.1454436017340.0547131828139-0.2417269617570.378842749649-0.0455236097888-0.142401992920.414436660714-0.0978437913489-0.112845419130.233664009166-0.004449031489910.01124197252170.356500179316-0.02000619136950.36025235293641.18042796422.2357705968.7460414175
33.56455136790.2129707812670.2997261400315.71557934761-0.2930854790237.865964087720.170214526140.01998331829780.3900552791690.244251855937-0.1849014680550.653699028798-0.859477297217-1.16340484707-0.03159009004060.422240567110.103521883008-0.0236027261310.594730374033-0.08343583244860.47298777287834.026151024831.678648722511.4948995518
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 26 through 105 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 106 through 171 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 172 through 214 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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