PDB-6chh: Structure of human NNMT in complex with bisubstrate inhibitor MS2756

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6chh

タイトル

Structure of human NNMT in complex with bisubstrate inhibitor MS2756

要素

Nicotinamide N-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / protein-small molecule bisubstrate inhibitor complex / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

pyridine N-methyltransferase activity / nicotinamide N-methyltransferase / nicotinamide metabolic process / nicotinamide N-methyltransferase activity / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / positive regulation of protein deacetylation / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway / Methylation / Nicotinamide salvaging / animal organ regeneration ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Babault, N. / Liu, J. / Jin, J.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM122749	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	R01CA218600	米国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)	R01HD088626	米国

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Discovery of Bisubstrate Inhibitors of Nicotinamide N-Methyltransferase (NNMT).
著者: Babault, N. / Allali-Hassani, A. / Li, F. / Fan, J. / Yue, A. / Ju, K. / Liu, F. / Vedadi, M. / Liu, J. / Jin, J.

履歴

登録	2018年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2018年6月13日	ID: 6B1A
改定 1.0	2018年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2022年4月27日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6chh.cif.gz	414 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6chh.ent.gz	337.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6chh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6chh_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6chh_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	6chh_validation.xml.gz	40.8 KB	表示
CIF形式データ	6chh_validation.cif.gz	55.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/6chh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/6chh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2iipS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6orr-5 3ct4-d 3l01-d 6n5e-2 6eay-d 6rrp-d 5ogr-d 6eyv-d 6n5d-2 6rrq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nicotinamide N-methyltransferase

B: Nicotinamide N-methyltransferase

C: Nicotinamide N-methyltransferase

D: Nicotinamide N-methyltransferase

ヘテロ分子

128 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nicotinamide N-methyltransferase

C: Nicotinamide N-methyltransferase

D: Nicotinamide N-methyltransferase

ヘテロ分子

B: Nicotinamide N-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
128 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	46.440, 62.560, 107.979
Angle α, β, γ (deg.)	91.760, 98.050, 111.830
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Nicotinamide N-methyltransferase 分子量: 31466.033 Da / 分子数: 4 / 変異: K100A, E101A, E103A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NNMT / プラスミド: pET28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: P40261, nicotinamide N-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-F0P / (2~{S})-5-[2-(3-aminocarbonylphenyl)ethyl-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl]amino]-2-azanyl-pentanoic acid 分子量: 528.561 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₂N₈O₆
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.09 %
結晶化	温度: 290.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 1.5 ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→106.481 Å / Num. all: 44070 / Num. obs: 44070 / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 20.97 Å² / R_pim(I) all: 0.088 / R_rim(I) all: 0.167 / R_sym value: 0.141 / Net I/av σ(I): 4.1 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 147482

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	% possible all
2.3-2.42	3.3	0.583	0.9	6614	0.365	0.689	0.583	91.6
2.42-2.57	3.3	0.418	1.4	6212	0.263	0.494	0.418	90.9
2.57-2.75	3.3	0.288	2.1	5817	0.181	0.341	0.288	90
2.75-2.97	3.3	0.212	2.9	5154	0.134	0.252	0.212	86.9
2.97-3.25	3.2	0.138	4.5	4352	0.09	0.166	0.138	79.1
3.25-3.64	3.5	0.097	6.6	4662	0.06	0.114	0.097	93.6
3.64-4.2	3.5	0.079	7.9	4090	0.049	0.093	0.079	93.1
4.2-5.14	3.4	0.072	8.2	3356	0.045	0.085	0.072	90.8
5.14-7.27	3.3	0.082	7.2	2320	0.053	0.098	0.082	81.6
7.27-53.24	3.4	0.069	6.8	1493	0.044	0.082	0.069	95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHASER		位相決定
iMOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2IIP

2iip

解像度: 2.3→53.24 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 23.81

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2289	2037	4.62 %
R_work	0.1677	-	-
obs	0.1705	44056	89.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 119.75 Å² / B_iso mean: 28.47 Å² / B_iso min: 5 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→53.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7971	0	160	226	8357
B_iso mean	-	-	21.28	27.49	-
残基数	-	-	-	-	1023

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.3535	0.3116	132	0.2007	2854	2986	92
2.3535-2.4124	0.2787	133	0.1914	2916	3049	91
2.4124-2.4776	0.2737	143	0.1827	2855	2998	91
2.4776-2.5505	0.2666	158	0.185	2817	2975	91
2.5505-2.6328	0.2627	149	0.1724	2863	3012	91
2.6328-2.7269	0.2397	130	0.1733	2849	2979	89
2.7269-2.8361	0.258	144	0.1698	2767	2911	89
2.8361-2.9652	0.2479	134	0.1733	2653	2787	86
2.9652-3.1215	0.2382	126	0.1707	2597	2723	82
3.1215-3.317	0.2488	136	0.1796	2527	2663	80
3.317-3.5731	0.222	133	0.1607	2933	3066	94
3.5731-3.9326	0.208	139	0.153	2964	3103	94
3.9326-4.5014	0.1795	152	0.1467	2897	3049	93
4.5014-5.6702	0.1936	115	0.1545	2765	2880	87
5.6702-53.2545	0.2086	113	0.1782	2762	2875	88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2512	0.621	0.4449	2.8136	2.1783	2.0566	-0.1656	0.2547	0.0604	-0.4659	0.1298	0.0724	-0.5573	0.0267	0.0267	0.2333	0.0099	-0.0349	0.1786	0.0332	0.1379	-4.6778	2.5076	-19.7148
2	1.7126	0.006	0.2587	1.1067	-0.439	2.082	0.1691	-0.1785	0.0457	0.0917	-0.0043	0.3652	-0.0552	-0.2828	-0.0984	0.0772	-0.0248	0.0082	0.169	-0.0251	0.1669	-10.5485	2.0793	3.752
3	1.3159	-0.1774	-0.537	0.9365	0.179	0.8	0.1111	-0.1503	0.055	0.1665	-0.1289	-0.0804	0.0451	0.0348	0.0347	0.1415	-0.037	-0.0257	0.1193	0.02	0.1582	4.5156	3.2315	5.9901
4	1.4355	0.3373	-0.2034	1.4534	0.364	1.4423	0.1163	-0.1381	0.3258	0.2079	-0.0529	0.0936	-0.3989	-0.1676	0.0597	0.1862	-0.009	-0.0034	0.1151	-0.0157	0.2034	-4.3587	11.9868	6.956
5	1.0073	0.0037	0.0083	0.7256	-0.3948	0.4632	0.0951	0.0692	0.0264	0.0261	-0.1032	-0.1922	-0.0221	0.1524	-0.0024	0.068	-0.0214	-0.0278	0.1185	0.0249	0.1688	7.4661	-0.1998	-0.9878
6	1.0924	0.2757	0.021	0.8695	-0.1726	1.189	0.0731	0.1142	-0.1139	-0.2133	-0.0644	0.0687	0.2024	-0.0598	-0.0121	0.0486	0.0147	-0.0272	0.0858	0.0167	0.1641	-3.779	-9.6397	-3.9407
7	0.3846	-0.5319	-0.3818	2.4695	1.4074	2.2385	-0.1653	-0.2683	-0.0318	0.6	0.1638	0.1432	0.4221	0.0933	-0.0266	0.1931	-0.0254	0.0421	0.157	0.0175	0.2275	-27.9678	19.4436	-4.4035
8	1.9894	0.1935	-0.2136	0.6262	-0.1126	1.7733	0.1813	0.157	-0.0822	-0.0733	-0.1278	0.2944	0.0169	-0.1578	-0.0405	0.1378	0.0512	0.0191	0.1234	-0.0538	0.1884	-32.9408	20.2102	-27.7513
9	1.5972	-0.0087	0.6817	1.1015	0.0593	1.2512	0.0612	0.2248	0.0595	-0.0689	-0.0687	-0.0984	-0.0926	0.0532	-0.0192	0.113	0.02	0.0334	0.1309	-0.0026	0.1896	-18.4925	18.8281	-30.0365
10	1.1823	-0.3269	0.274	1.5906	-0.0562	1.2519	0.057	0.1257	-0.1022	-0.2545	-0.1548	0.1062	0.5405	-0.1796	0.0888	0.1962	-0.0197	-0.0046	0.1592	-0.0243	0.2079	-27.4047	10.0076	-31.1993
11	0.9981	0.2855	0.3263	1.3588	0.6001	1.9095	0.0614	0.0238	-0.2046	-0.2159	0.0408	-0.1902	0.1034	0.1985	-0.0306	0.1179	0.0223	0.0027	0.097	-0.0104	0.199	-16.2177	13.8401	-26.3691
12	1.4373	-0.3444	-0.3943	0.6437	-0.0872	1.0589	0.1064	-0.0249	0.1273	0.1549	-0.1102	-0.0875	0.0005	0.0556	-0.0002	0.0633	-0.0065	0.0278	0.0943	0.0203	0.2045	-20.5498	26.7726	-18.3113
13	2.049	0.5104	-0.078	0.7591	-0.0698	1.4318	0.0663	-0.2077	0.1517	0.0583	-0.0262	-0.1024	-0.3072	-0.0312	-0.009	0.0672	-0.0143	0.0106	0.0857	0.0083	0.2536	-24.5332	34.2885	-23.7057
14	2.2238	-0.1797	0.4597	1.9932	0.0516	1.4095	0.0944	0.2595	-0.2091	-0.3879	-0.0075	0.0445	0.2546	0.1464	-0.077	0.2779	0.0664	-0.0228	0.2055	-0.0334	0.1296	-9.0189	-16.2611	-48.7026
15	0.9736	-0.1799	-0.0062	0.6491	0.0655	2.1253	-0.1184	0.3345	-0.2328	-0.547	0.0504	-0.0552	0.2229	0.0976	-0.203	0.5324	0.1411	-0.0582	0.36	-0.0997	-0.013	-8.1047	-18.0511	-57.9018
16	0.8192	0.0628	0.2337	0.9193	0.0025	1.1033	0.0626	0.0432	-0.0206	-0.1531	-0.0491	0.2099	-0.0621	-0.1201	0.0053	0.1834	0.0344	-0.0428	0.1951	-0.0322	0.1403	-18.7074	-10.2145	-44.3342
17	2.1269	-0.1595	-0.0489	1.4691	-0.2511	1.2837	0.0461	0.0398	0.0795	-0.0197	-0.077	-0.0877	-0.0644	0.0892	0.0318	0.0858	-0.0077	-0.0213	0.1351	0.0337	0.1153	-6.1214	-8.9258	-35.7564
18	2.2871	-1.2868	-0.4878	1.9021	-0.4805	3.3938	-0.0039	-0.5916	0.1319	0.1897	0.0352	-0.3361	-0.0186	0.6169	0.2429	0.4117	-0.0326	-0.1648	0.3416	0.0383	0.1145	0.6288	-26.4672	29.9561
19	1.1128	-0.0727	-0.2812	0.8992	0.0103	1.0272	0.1162	-0.1903	0.2062	0.4578	-0.0594	0.1211	-0.2533	0.1205	-0.0126	0.3286	-0.0806	0.0371	0.2151	-0.0263	0.1276	-11.1375	-17.7077	27.3093
20	0.6812	-0.1102	0.0026	0.9072	0.0432	1.0432	-0.0285	-0.0927	0.0149	0.311	-0.0275	0.3333	0.0085	-0.0881	0.009	0.1821	-0.0397	0.037	0.1681	-0.0116	0.1426	-19.1088	-25.751	20.1056
21	1.9875	0.1602	0.1019	1.4661	-0.0536	1.2645	0.0388	0.0293	-0.091	-0.0891	-0.038	-0.1583	0.1129	0.1298	0.0144	0.0818	0.0055	0.0304	0.1164	0.0228	0.1427	-6.3796	-27.0449	11.7853

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -8 through 16 )	A	-8 - 16
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 17 through 50 )	A	17 - 50
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 51 through 87 )	A	51 - 87
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 88 through 123 )	A	88 - 123
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 124 through 198 )	A	124 - 198
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 199 through 262 )	A	199 - 262
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid -8 through 16 )	B	-8 - 16
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 17 through 50 )	B	17 - 50
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 51 through 87 )	B	51 - 87
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 88 through 123 )	B	88 - 123
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 124 through 150 )	B	124 - 150
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 151 through 217 )	B	151 - 217
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 218 through 262 )	B	218 - 262
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 16 through 87 )	C	16 - 87
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 88 through 123 )	C	88 - 123
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 124 through 198 )	C	124 - 198
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 199 through 261 )	C	199 - 261
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 16 through 32 )	D	16 - 32
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 33 through 123 )	D	33 - 123
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 124 through 198 )	D	124 - 198
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 199 through 261 )	D	199 - 261

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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