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Yorodumi- PDB-6chh: Structure of human NNMT in complex with bisubstrate inhibitor MS2756 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6chh | ||||||||||||
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Title | Structure of human NNMT in complex with bisubstrate inhibitor MS2756 | ||||||||||||
Components | Nicotinamide N-methyltransferase | ||||||||||||
Keywords | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / protein-small molecule bisubstrate inhibitor complex / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information pyridine N-methyltransferase activity / nicotinamide N-methyltransferase / nicotinamide metabolic process / nicotinamide N-methyltransferase activity / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway / positive regulation of protein deacetylation / Methylation / Nicotinamide salvaging / : ...pyridine N-methyltransferase activity / nicotinamide N-methyltransferase / nicotinamide metabolic process / nicotinamide N-methyltransferase activity / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway / positive regulation of protein deacetylation / Methylation / Nicotinamide salvaging / : / animal organ regeneration / positive regulation of gluconeogenesis / methylation / response to xenobiotic stimulus / cytosol Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||||||||
Authors | Babault, N. / Liu, J. / Jin, J. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: J. Med. Chem. / Year: 2018 Title: Discovery of Bisubstrate Inhibitors of Nicotinamide N-Methyltransferase (NNMT). Authors: Babault, N. / Allali-Hassani, A. / Li, F. / Fan, J. / Yue, A. / Ju, K. / Liu, F. / Vedadi, M. / Liu, J. / Jin, J. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6chh.cif.gz | 414 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6chh.ent.gz | 337.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6chh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6chh_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6chh_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | 6chh_validation.xml.gz | 40.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6chh_validation.cif.gz | 55.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/6chh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/6chh | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2iipS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 31466.033 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: K100A, E101A, E103A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: NNMT / Plasmid: pET28a-LIC / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): RIL References: UniProt: P40261, nicotinamide N-methyltransferase #2: Chemical | ChemComp-F0P / ( #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 290.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.2 / Details: 1.5 ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Aug 19, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→106.481 Å / Num. all: 44070 / Num. obs: 44070 / % possible obs: 89.1 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 20.97 Å2 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.167 / Rsym value: 0.141 / Net I/av σ(I): 4.1 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 147482 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2IIP Resolution: 2.3→53.24 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / Phase error: 23.81
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 119.75 Å2 / Biso mean: 28.47 Å2 / Biso min: 5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.3→53.24 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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