PDB-6ch4: Aminoglycoside Phosphotransferase (2'')-Ia S376N mutant in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ch4

タイトル

Aminoglycoside Phosphotransferase (2'')-Ia S376N mutant in complex with GMPPNP and Magnesium

要素

Bifunctional AAC/APH

キーワード

TRANSFERASE / Kinase / Antibiotic / Aminoglycoside / Resistance / TRANSFERASE-Antibiotic complex

機能・相同性

機能・相同性情報

aminoglycoside 2''-phosphotransferase / aminoglycoside phosphotransferase activity / N-acyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to antibiotic / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Caldwell, S.J. / Berghuis, A.M.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2018
タイトル: Plasticity of Aminoglycoside Binding to Antibiotic Kinase APH(2′′)-Ia.
著者: Caldwell, S.J. / Berghuis, A.M.

履歴

登録	2018年2月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年7月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.3	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2019年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.5	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ch4.cif.gz	517.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ch4.ent.gz	424.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ch4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ch4_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ch4_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	6ch4_validation.xml.gz	50.9 KB	表示
CIF形式データ	6ch4_validation.cif.gz	70.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/6ch4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/6ch4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6c5uC 6cavC 6ceyC 6cgdC 6cggC 5iqaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5iqa-1 5iqi-1 5iqf-2 6cgg-3 5iqh-1 5iqc-3 6cgg-2 5iqb-4 5iqe-2 5iqd-2 5iqh-2 5iqi-2 5iqc-1 6cav-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (5) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (3) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (5)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (3)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional AAC/APH

B: Bifunctional AAC/APH

C: Bifunctional AAC/APH

D: Bifunctional AAC/APH

ヘテロ分子

146 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Bifunctional AAC/APH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, SAXS models of full-length protein are consistent with a monomeric form
36.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Bifunctional AAC/APH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Bifunctional AAC/APH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Bifunctional AAC/APH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.430, 99.910, 93.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.17, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	ASP	ASP	A	A	182 - 479	8 - 305
2	1	ASN	ASN	ASP	ASP	B	B	182 - 479	8 - 305
1	2	ALA	ALA	LYS	LYS	A	A	183 - 478	9 - 304
2	2	ALA	ALA	LYS	LYS	C	C	183 - 478	9 - 304
1	3	ALA	ALA	THR	THR	A	A	183 - 476	9 - 302
2	3	ALA	ALA	THR	THR	D	D	183 - 476	9 - 302
1	4	ALA	ALA	ASP	ASP	B	B	183 - 479	9 - 305
2	4	ALA	ALA	ASP	ASP	C	C	183 - 479	9 - 305
1	5	ALA	ALA	THR	THR	B	B	183 - 476	9 - 302
2	5	ALA	ALA	THR	THR	D	D	183 - 476	9 - 302
1	6	ALA	ALA	THR	THR	C	C	183 - 476	9 - 302
2	6	ALA	ALA	THR	THR	D	D	183 - 476	9 - 302

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Bifunctional AAC/APH 分子量: 35975.223 Da / 分子数: 4 / 変異: S376N / 由来タイプ: 組換発現詳細: C-terminal domain of AAC(6')-Ie/APH(2'')-Ia bifunctional enzyme, residues 175-479. Mutant S376N 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: aacA-aphD, R015, VRA0030 / プラスミド: pET-22b-APH(2'')-Ia / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(LDE3) 参照: UniProt: P0A0C1, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの, aminoglycoside 2''-phosphotransferase
#2: 化合物	ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER 分子量: 522.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₃P₃ コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 579 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.44 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 80-120mM MgCl2, 8% glycerol, 10% PEG 3350, 100mM HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月25日
放射	モノクロメーター: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator (DCM), featuring indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→58.89 Å / Num. obs: 71190 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 44.012 Å² / CC_1/2: 0.987 / R_merge(I) obs: 0.133 / R_pim(I) all: 0.104 / R_rim(I) all: 0.155 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.965 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4576 / CC_1/2: 0.434 / R_pim(I) all: 0.741 / R_rim(I) all: 1.11 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
iMOSFLM	0.1.27	データ削減
Aimless	0.3.11	データスケーリング
Coot	0.7.2	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB 5IQA

5iqa

解像度: 2.3→58.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 12.76 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.192 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2097	3596	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17008	-	-	-
obs	0.17209	67572	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.437 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	-0.03 Å²
2-	-	-0.02 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→58.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9608	0	134	579	10321

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.019	9937
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	8813
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.014	1.965	13450
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.065	3	20531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.957	5	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.21	25.65	531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.664	15	1785
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.35	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.124	0.2	1469
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	11253
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1996
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.239	3.121	4695
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.239	3.121	4694
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.317	4.668	5858
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.316	4.668	5859
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.978	3.396	5242
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.978	3.396	5242
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.58	4.982	7590
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.807	37.007	11498
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.804	36.966	11487
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	19394	0.07
1	2	B	19394	0.07
2	1	A	19574	0.07
2	2	C	19574	0.07
3	1	A	18172	0.07
3	2	D	18172	0.07
4	1	B	19366	0.08
4	2	C	19366	0.08
5	1	B	18264	0.06
5	2	D	18264	0.06
6	1	C	18148	0.08
6	2	D	18148	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.305	269	-
R_work	0.266	4989	-
obs	-	-	99.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0593	-0.362	0.6597	2.8671	-4.9955	8.8485	0.0504	0.026	0.0343	-0.288	0.0705	0.2052	0.3621	0.0206	-0.1209	0.3817	-0.0707	-0.2054	0.2987	0.14	0.4877	46.7287	-3.2743	55.0861
2	6.6438	6.5411	-5.8508	6.4773	-5.6945	5.6464	-0.0352	-0.029	0.1592	-0.0435	-0.0787	0.3042	0.1971	-0.6976	0.1139	0.4205	-0.1616	0.0157	1.1669	-0.1798	0.5923	45.1243	-2.2958	35.9017
3	1.8913	0.5876	0.4747	2.7664	-0.928	7.1774	0.0318	0.1158	0.1901	-0.3988	-0.1536	-0.2352	-0.016	0.5074	0.1217	0.1016	0.0279	0.0586	0.2474	0.0155	0.0562	54.8818	2.3734	50.9437
4	17.0961	-5.4972	-1.0041	1.7782	0.3	3.5371	-0.0945	0.0483	-0.9582	0.0134	-0.0121	0.368	0.1785	-0.3877	0.1066	0.2833	-0.0296	-0.0457	0.25	-0.0011	0.407	41.9176	-0.0743	49.3658
5	0.0099	0.095	-0.1794	1.3778	-2.4807	4.4894	-0.0186	0.022	0.0132	-0.1162	-0.0883	-0.0812	0.2081	0.0776	0.1069	0.3914	-0.0079	-0.0207	0.3639	-0.0132	0.4138	43.2273	13.99	52.7182
6	2.7857	-0.986	-0.2693	6.4132	-0.9472	2.7775	0.0742	0.1146	-0.1173	-0.0588	-0.0643	0.382	0.059	-0.0804	-0.0099	0.0111	-0.0234	-0.0061	0.0887	-0.0006	0.0251	45.967	-6.1141	70.3706
7	5.0942	-2.8278	1.0609	2.3248	-0.5866	1.747	-0.02	-0.0076	0.2413	0.179	0.0245	0.1247	-0.3256	0.1111	-0.0045	0.1118	-0.0246	0.0786	0.0207	-0.0077	0.1188	28.9803	11.0123	70.4317
8	11.6767	4.7658	-4.235	7.2574	-2.3871	5.4806	-0.0918	0.4159	-0.3093	-0.4107	0.0332	-0.2805	0.2019	0.0944	0.0586	0.1586	0.0609	0.0174	0.1447	-0.0518	0.1149	24.0961	6.105	58.5075
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15	2.1218	-1.5564	0.3461	4.8141	-1.1563	1.7707	0.0802	0.127	-0.1309	-0.1258	-0.148	-0.0227	-0.0728	0.0009	0.0678	0.0263	-0.0144	0.0252	0.0427	-0.0553	0.0828	49.858	-15.2659	7.7726
16	7.5072	4.1415	3.6593	11.3039	2.6751	7.6229	0.1073	-0.5359	0.3562	0.6409	-0.2182	0.7833	-0.206	-0.5362	0.1109	0.1196	0.0113	0.1104	0.088	-0.0469	0.1433	44.4095	-18.7922	20.0739
17	1.9239	-0.3622	-1.0078	0.4971	1.408	4.3782	-0.0129	0.2208	-0.3647	-0.134	-0.0092	-0.0984	0.0059	-0.0623	0.0221	0.5419	0.0421	0.3356	0.29	-0.0053	0.4257	64.2541	35.9902	74.1354
18	2.4078	2.1978	1.2483	4.4942	2.4404	1.3277	0.0619	0.1441	0.5205	-0.025	0.2274	-0.5972	-0.0161	0.1164	-0.2893	0.3801	-0.0337	-0.0221	0.4385	0.0173	0.5887	65.2289	34.2559	54.8186
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21	1.557	-2.3284	-0.0249	3.6867	0.8722	3.4273	-0.1046	0.1139	0.0204	0.2643	-0.1231	0.0277	0.5255	0.232	0.2277	0.403	-0.0189	-0.0078	0.3435	0.0064	0.3889	68.7153	18.6958	72.3338
22	3.2872	-1.3694	0.7163	4.0056	-2.1448	4.5629	-0.0259	0.0603	0.2246	0.1379	-0.0772	-0.2533	-0.354	-0.112	0.1031	0.0315	0.0301	-0.0207	0.1177	-0.0762	0.1184	64.7072	39.2434	89.3783
23	5.5937	-2.4501	-2.257	2.1249	0.9677	2.3941	-0.252	-0.1019	-0.3713	0.0224	0.099	0.121	0.2447	-0.1645	0.153	0.0346	-0.0194	0.0139	0.0329	0.0041	0.0531	82.368	22.3592	91.0233
24	10.3179	3.3405	3.1379	7.8641	1.9923	8.1272	-0.229	0.2931	0.401	-0.481	-0.072	0.5652	-0.1015	-0.5497	0.301	0.0587	0.0245	-0.006	0.0849	0.0133	0.0734	87.3578	26.5197	79.0706
25	0.3247	0.7892	0.8562	3.5164	0.5392	3.7874	-0.0029	-0.1127	0.0237	0.2928	-0.0457	0.0523	-0.2073	-0.491	0.0486	0.2849	0.002	-0.0057	0.319	0.0011	0.2201	75.3573	28.6968	40.43
26	11.8729	0.4856	-3.6961	2.1112	1.4395	2.3633	0.2259	0.0651	0.778	0.1238	0.0064	0.0139	-0.0045	-0.019	-0.2323	0.3246	-0.049	-0.0373	0.2939	-0.0052	0.3032	72.3912	27.1455	59.4981
27	1.0965	0.468	-0.4242	2.0837	-1.4281	8.7158	-0.1897	-0.2501	-0.2733	0.0257	-0.028	-0.0035	0.15	-0.2451	0.2176	0.1881	-0.019	-0.0043	0.2731	0.0121	0.2494	68.6739	20.3587	42.9476
28	16.3712	10.0678	-2.0771	6.6855	-3.3782	16.1772	0.1332	-0.5462	0.3398	0.0777	-0.2595	-0.1267	-0.6084	0.5176	0.1263	0.3581	-0.0306	0.0981	0.348	-0.0737	0.5392	74.6557	28.8672	47.0908
29	6.65	-0.0529	0.4005	2.2808	-1.1567	2.3709	-0.0339	0.0717	0.0087	-0.156	-0.0425	-0.2118	0.1571	0.1945	0.0763	0.1564	-0.0119	0.0747	0.1922	-0.0551	0.0786	78.3763	31.8299	25.588
30	4.6166	-2.5933	-0.5396	5.1097	0.3366	1.4847	-0.0609	0.0343	0.64	0.2615	0.123	-0.2464	-0.1264	-0.0052	-0.0621	0.1368	-0.0238	-0.0795	0.2377	0.024	0.17	61.8307	49.2036	28.1253
31	6.4201	-0.5815	0.7632	3.5262	-2.0369	8.6215	-0.2168	-1.1338	0.046	1.2337	-0.2	-1.0482	-0.1481	0.6399	0.4168	0.5639	0.0012	-0.3148	0.6617	-0.0017	0.386	66.0858	50.8516	40.7349

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	500
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	700 - 702
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	900 - 906
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	182 - 187
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	188 - 207
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	217 - 229
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	237 - 277
8	X-RAY DIFFRACTION	4	A	208 - 216
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	230 - 236
10	X-RAY DIFFRACTION	6	A	278 - 318
11	X-RAY DIFFRACTION	6	A	367 - 431
12	X-RAY DIFFRACTION	7	A	319 - 366
13	X-RAY DIFFRACTION	7	A	432 - 447
14	X-RAY DIFFRACTION	8	A	448 - 479
15	X-RAY DIFFRACTION	9	B	500
16	X-RAY DIFFRACTION	9	B	700 - 702
17	X-RAY DIFFRACTION	9	B	900 - 909
18	X-RAY DIFFRACTION	10	B	179 - 187
19	X-RAY DIFFRACTION	11	B	188 - 207
20	X-RAY DIFFRACTION	11	B	217 - 229
21	X-RAY DIFFRACTION	11	B	237 - 277
22	X-RAY DIFFRACTION	12	B	208 - 216
23	X-RAY DIFFRACTION	13	B	230 - 236
24	X-RAY DIFFRACTION	14	B	278 - 318
25	X-RAY DIFFRACTION	14	B	367 - 431
26	X-RAY DIFFRACTION	15	B	319 - 366
27	X-RAY DIFFRACTION	15	B	432 - 447
28	X-RAY DIFFRACTION	16	B	448 - 479
29	X-RAY DIFFRACTION	17	C	500
30	X-RAY DIFFRACTION	17	C	700 - 702
31	X-RAY DIFFRACTION	17	C	900 - 906
32	X-RAY DIFFRACTION	18	C	183 - 187
33	X-RAY DIFFRACTION	19	C	188 - 207
34	X-RAY DIFFRACTION	19	C	217 - 229
35	X-RAY DIFFRACTION	19	C	237 - 277
36	X-RAY DIFFRACTION	20	C	208 - 216
37	X-RAY DIFFRACTION	21	C	230 - 236
38	X-RAY DIFFRACTION	22	C	278 - 318
39	X-RAY DIFFRACTION	22	C	367 - 431
40	X-RAY DIFFRACTION	23	C	319 - 366
41	X-RAY DIFFRACTION	23	C	432 - 447
42	X-RAY DIFFRACTION	24	C	448 - 479
43	X-RAY DIFFRACTION	25	D	500
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47	X-RAY DIFFRACTION	27	D	188 - 207
48	X-RAY DIFFRACTION	27	D	217 - 229
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50	X-RAY DIFFRACTION	28	D	208 - 216
51	X-RAY DIFFRACTION	29	D	278 - 318
52	X-RAY DIFFRACTION	29	D	367 - 431
53	X-RAY DIFFRACTION	30	D	319 - 366
54	X-RAY DIFFRACTION	30	D	432 - 447
55	X-RAY DIFFRACTION	31	D	448 - 476

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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