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万見
- PDB-6cgh: Solution structure of the four-helix bundle region of human J-pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cgh
タイトルSolution structure of the four-helix bundle region of human J-protein Zuotin, a component of ribosome-associated complex (RAC)
要素DnaJ homolog subfamily C member 2
キーワードCHAPERONE / Zuotin / J-protein / Hsp70 / molecular chaperone / DNAJC2 / Hsp40 / Ribosome-Associated Complex (RAC) / Mpp11
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA biosynthetic process / 'de novo' cotranslational protein folding / ubiquitin-modified histone reader activity / ATPase activator activity / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / regulation of translational fidelity / regulation of cellular response to heat / Hsp70 protein binding / ribosome binding / histone binding ...negative regulation of DNA biosynthetic process / 'de novo' cotranslational protein folding / ubiquitin-modified histone reader activity / ATPase activator activity / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / regulation of translational fidelity / regulation of cellular response to heat / Hsp70 protein binding / ribosome binding / histone binding / nuclear membrane / DNA replication / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosome-associated complex head domain / Ribosome-associated complex head domain superfamily / J-protein Zuotin/DnaJC2 / : / Ribosome-associated complex head domain / Zuotin-like, zuotin homology domain / Nt-dnaJ domain signature. / DnaJ domain, conserved site / DnaJ domain / DnaJ molecular chaperone homology domain ...Ribosome-associated complex head domain / Ribosome-associated complex head domain superfamily / J-protein Zuotin/DnaJC2 / : / Ribosome-associated complex head domain / Zuotin-like, zuotin homology domain / Nt-dnaJ domain signature. / DnaJ domain, conserved site / DnaJ domain / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / SANT domain profile. / DnaJ domain / Myb domain / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DnaJ homolog subfamily C member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Shrestha, O.K. / Lee, W. / Tonelli, M. / Cornilescu, G. / Markley, J.L. / Ciesielski, S.J. / Craig, E.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM31107 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM27870 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)P41GM103399 米国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2019
タイトル: Structure and evolution of the 4-helix bundle domain of Zuotin, a J-domain protein co-chaperone of Hsp70.
著者: Shrestha, O.K. / Sharma, R. / Tomiczek, B. / Lee, W. / Tonelli, M. / Cornilescu, G. / Stolarska, M. / Nierzwicki, L. / Czub, J. / Markley, J.L. / Marszalek, J. / Ciesielski, S.J. / Craig, E.A.
履歴
登録2018年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DnaJ homolog subfamily C member 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4021
ポリマ－10,4021
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6440 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 DnaJ homolog subfamily C member 2 / M-phase phosphoprotein 11 / Zuotin-related factor 1


分子量: 10401.884 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 346-432 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNAJC2, MPHOSPH11, MPP11, ZRF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99543

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HN(CA)CB
131isotropic13D CBCA(CO)NH
141isotropic13D HBHA(CO)NH
181isotropic13D H(CCO)NH
191isotropic13D C(CO)NH
151isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
161isotropic13D 1H-15N NOESY
171isotropic13D 1H-13C NOESY
1101isotropic21H-15N IPAP HSQC
1113anisotropic21H-15N IPAP HSQC
1124anisotropic31H-15N IPAP HSQC
1132isotropic12D 1H-15N HSQC
1141isotropic43D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1300 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Mpp11 (346-432), 93% H2O/7% D2O20 mM sodium phosphate buffer, pH 7.5 containing 250 mM NaCl and 5 mM dithiothreitol with 7% 2H2O and 0.02% NaN315N_13C_sample93% H2O/7% D2O
bicelle3200 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Mpp11 (346-432), 93% H2O/7% D2O20 mM sodium phosphate buffer, pH 7.5 containing 250 mM NaCl and 5 mM dithiothreitol with 7% 2H2O and 0.02% NaN3, 5% w/v bicelles 30:10:1 DMPC/DHPC/CTAB15N_13C_sample_bic_ctab93% H2O/7% D2O
bicelle4150 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Mpp11 (346-432), 93% H2O/7% D2O20 mM sodium phosphate buffer, pH 7.5 containing 250 mM NaCl and 5 mM dithiothreitol with 7% 2H2O and 0.02% NaN3, 5% w/v C12E5/hexanol/CTAB 0.96/1/0.1 doped with CTAB (PEG/CTAB=27:1)15N_13C_sample_peg_ctab93% H2O/7% D2O
solution2300 uM [U-100% 15N] Mpp11 (346-432), 93% H2O/7% D2O20 mM sodium phosphate buffer, pH 7.5 containing 250 mM NaCl and 5 mM dithiothreitol with 7% 2H2O and 0.02% NaN315N_sample93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMMpp11 (346-432)[U-100% 13C; U-100% 15N]1
200 uMMpp11 (346-432)[U-100% 13C; U-100% 15N]3
150 uMMpp11 (346-432)[U-100% 13C; U-100% 15N]4
300 uMMpp11 (346-432)[U-100% 15N]2
試料状態詳細: 20 mM sodium phosphate buffer, pH 7.5 containing 250 mM NaCl and 5 mM dithiothreitol with 7% 2H2O and 0.02% NaN3
イオン強度: 250 mM NaCl and 20 mM sodium phosphate mM / Label: Mpp11_NMR / pH: 7.5 / 圧: Ambient Pa / 温度: 278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian VNSVarianVNS6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7502
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6003
Varian VNSVarianVNS9004

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
VNMRVariancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
APESShin, Lee and Leepeak picking
NMRFAM-SPARKYLee, Tonelli and Markleypeak picking
PINEBahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift assignment
PINE-SPARKYLee, Westler, Bahrami, Eghbalnia and Markleychemical shift assignment
PONDEROSA-C/SLee, Stark and Markleystructure calculation
AUDANALee, Petit, Cornilescu, Stark and Markleystructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
PONDEROSA-C/SLee, Stark and Markley精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化
手法ソフトェア番号詳細
molecular dynamics11High temp molecular dynamics, simulated annealing, and torsion angle dynamics by PONDEROSA-C/S coupled with XPLOR-NIH (eefx force field)
molecular dynamics12High temp molecular dynamics, simulated annealing, and torsion angle dynamics by PONDEROSA-C/S coupled with XPLOR-NIH (eefx force field)
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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