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- PDB-6cgg: Aminoglycoside Phosphotransferase (2'')-Ia in complex with GMPPNP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cgg
タイトルAminoglycoside Phosphotransferase (2'')-Ia in complex with GMPPNP, Magnesium, and Arbekacin
要素Bifunctional AAC/APH
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Antibiotic / Aminoglycoside / Resistance / TRANSFERASE-Antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


aminoglycoside 2''-phosphotransferase / aminoglycoside phosphotransferase activity / N-acyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to antibiotic / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) domain / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...Acetyltransferase (GNAT) domain / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Arbekacin / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Bifunctional AAC/APH
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Caldwell, S.J. / Berghuis, A.M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-13107 カナダ
引用ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2018
タイトル: Plasticity of Aminoglycoside Binding to Antibiotic Kinase APH(2′′)-Ia.
著者: Caldwell, S.J. / Berghuis, A.M.
履歴
登録2018年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional AAC/APH
B: Bifunctional AAC/APH
C: Bifunctional AAC/APH
D: Bifunctional AAC/APH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,47223
ポリマ－143,7934
非ポリマー3,67919
水12,899716
1
A: Bifunctional AAC/APH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5545
ポリマ－35,9481
非ポリマー6064
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Bifunctional AAC/APH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1997
ポリマ－35,9481
非ポリマー1,2516
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Bifunctional AAC/APH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5545
ポリマ－35,9481
非ポリマー6064
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Bifunctional AAC/APH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1646
ポリマ－35,9481
非ポリマー1,2165
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.330, 99.780, 93.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNASPASPAA182 - 4798 - 305
21ASNASNASPASPBB182 - 4798 - 305
12THRTHRLYSLYSAA184 - 47810 - 304
22THRTHRLYSLYSCC184 - 47810 - 304
13ASNASNTHRTHRAA182 - 4768 - 302
23ASNASNTHRTHRDD182 - 4768 - 302
14THRTHRLYSLYSBB184 - 47810 - 304
24THRTHRLYSLYSCC184 - 47810 - 304
15ASNASNTHRTHRBB182 - 4768 - 302
25ASNASNTHRTHRDD182 - 4768 - 302
16THRTHRARGARGCC184 - 47510 - 301
26THRTHRARGARGDD184 - 47510 - 301

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Bifunctional AAC/APH


分子量: 35948.199 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: aacA-aphD, R015, VRA0030 / プラスミド: pET-22b-APH(2'')-Ia / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(LDE3)
参照: UniProt: P0A0C1, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの, aminoglycoside 2''-phosphotransferase

-
非ポリマー , 6種, 735分子

#2: 化合物
ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-84G / Arbekacin / (2S)-4-amino-N-{(1R,2S,3S,4R,5S)-5-amino-2-[(3-amino-3-deoxy-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]-4-[(2,6-diamino-2,3,4,6-tetradeoxy-alpha-D-erythro-hexopyranosyl)oxy]-3-hydroxycyclohexyl}-2-hydroxybutanamide / アルベカシン


分子量: 552.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H44N6O10 / コメント: 抗生剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 716 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.46 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 80-120mM MgCl2, 8% glycerol, 10% PEG 3350, 100mM HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月23日
放射モノクロメーター: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator (DCM), featuring indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→99.78 Å / Num. obs: 62642 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 40.53 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.098 / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 1.024 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4597 / CC1/2: 0.383 / Rpim(I) all: 0.793 / Rrim(I) all: 1.198 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
iMOSFLM0.1.27データ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
Coot0.7.2モデル構築
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB 5IQA

5iqa


解像度: 2.4→90.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.342 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2233 3153 5 %RANDOM
Rwork0.17798 ---
obs0.18026 59461 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.621 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→90.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9627 0 227 716 10570
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.01910040
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.028947
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.911.9713584
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.747320867
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.24451159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.40925.677532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.366151811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.0261532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.21492
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211201
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.021991
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4932.5764665
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4932.5754663
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4153.8565813
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4153.8565814
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9082.7455375
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9042.7455375
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0924.0437772
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.82431.25511744
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.82431.25411744
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A195200.08
12B195200.08
21A192300.07
22C192300.07
31A189200.09
32D189200.09
41B191080.08
42C191080.08
51B191740.06
52D191740.06
61C186500.09
62D186500.09
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 220 -
Rwork0.327 4359 -
obs--99.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.10822.27851.42838.4855-3.25784.7991-0.30720.21050.4023-1.03370.20090.6360.32450.18230.10620.4016-0.0116-0.02520.41510.02220.191246.298-3.0355.357
20.35320.8212-0.68865.8088-3.98982.8077-0.06790.0088-0.1993-0.21840.5961.04660.1615-0.3974-0.52810.5488-0.01760.04790.59960.05730.748944.518-2.4736.126
32.8238-0.0081.76143.4558-1.84828.29810.0491-0.02850.1138-0.3329-0.1896-0.28680.01340.44150.14050.25380.01820.06880.42820.03410.05654.4462.3651.048
421.9038-3.2247-4.01993.31861.29555.682-0.0273-0.2284-0.5266-0.17720.08011.13190.0354-0.3722-0.05280.433-0.0215-0.11760.41050.02790.488441.5370.1549.492
56.6415-8.4239-0.343815.7788-0.89560.3673-0.6416-0.4503-0.2919-0.64030.4211-0.34940.41290.04050.22050.6302-0.02850.11810.6281-0.03140.516341.76113.42351.926
64.0307-1.2091-0.62436.4446-1.37122.89180.0964-0.0024-0.1802-0.0235-0.14840.3950.0002-0.01810.05190.2087-0.0583-0.01380.3460.00010.033145.671-6.02570.607
75.4251-2.56031.29932.79-0.5472.18710.0247-0.03080.40870.2023-0.10460.0898-0.34710.02910.07990.3853-0.02810.08440.3197-0.03050.087128.54410.97670.814
811.76114.5616-3.87027.4056-3.20316.9026-0.24520.4755-0.3242-0.64290.1034-0.42950.41620.08320.14190.3950.06870.02740.3897-0.09250.218723.6446.00858.889
919.724-2.36737.25214.7645-4.19355.13240.2165-1.1098-0.50550.0387-0.2135-0.18240.0118-0.1483-0.00310.40940.01980.00040.3401-0.01810.14536.7764.73220.755
103.55244.4161-6.10855.4952-7.597210.50630.1509-0.01490.07010.234-0.00750.1176-0.28760.0121-0.14350.52960.06630.06260.38430.01790.486437.736-7.30215.342
1117.31698.3996-6.671911.6751-7.00264.43750.12790.3034-1.0921-0.6102-0.17680.24530.27980.04890.04890.57720.0078-0.01290.4453-0.0250.418337.9814.80239.813
121.9835-0.11460.41592.3402-0.96547.9599-0.0238-0.26040.20890.13180.005-0.0044-0.54670.07140.01880.45420.0639-0.02070.2205-0.03750.085242.96812.91123.895
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精密化 TLSグループ
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1X-RAY DIFFRACTION1A500
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3X-RAY DIFFRACTION1A900 - 915
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56X-RAY DIFFRACTION33D319 - 366
57X-RAY DIFFRACTION33D432 - 447
58X-RAY DIFFRACTION34D448 - 479

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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