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万見
- PDB-6cev: MBD3 MBD in complex with methylated, non-palindromic CpG DNA: alt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cev
タイトルMBD3 MBD in complex with methylated, non-palindromic CpG DNA: alternative interpretation of crystallographic data
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(5CM)P*GP*CP*TP*GP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*GP*(5CM)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
  • Methyl-CpG-binding domain protein 3
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Structural Genomics Consortium / SGC / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to bisphenol A / ventricular cardiac muscle tissue development / NuRD complex / regulation of cell fate specification / regulation of stem cell differentiation / methyl-CpG binding / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / RNA Polymerase I Transcription Initiation / embryonic organ development / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 ...response to bisphenol A / ventricular cardiac muscle tissue development / NuRD complex / regulation of cell fate specification / regulation of stem cell differentiation / methyl-CpG binding / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / RNA Polymerase I Transcription Initiation / embryonic organ development / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / heterochromatin / Regulation of PTEN gene transcription / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / HDACs deacetylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / response to nutrient levels / response to estradiol / Potential therapeutics for SARS / in utero embryonic development / chromatin remodeling / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methyl-CpG binding protein 2/3, C-terminal domain / Methyl-CpG-binding domain protein 2/3, p55-binding region / C-terminal domain of methyl-CpG binding protein 2 and 3 / p55-binding region of Methyl-CpG-binding domain proteins MBD / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. ...Methyl-CpG binding protein 2/3, C-terminal domain / Methyl-CpG-binding domain protein 2/3, p55-binding region / C-terminal domain of methyl-CpG binding protein 2 and 3 / p55-binding region of Methyl-CpG-binding domain proteins MBD / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Methyl-CpG-binding domain protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.005 Å
データ登録者Liu, K. / Tempel, W. / Wernimont, A.K. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2019
タイトル: Structural analyses reveal that MBD3 is a methylated CG binder.
著者: Liu, K. / Lei, M. / Wu, Z. / Gan, B. / Cheng, H. / Li, Y. / Min, J.
履歴
登録2018年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-CpG-binding domain protein 3
B: Methyl-CpG-binding domain protein 3
C: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*GP*(5CM)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(5CM)P*GP*CP*TP*GP*GP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*GP*(5CM)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(5CM)P*GP*CP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,65910
ポリマ－31,6596
非ポリマー04
水1,18966
1
A: Methyl-CpG-binding domain protein 3
C: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*GP*(5CM)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(5CM)P*GP*CP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8305
ポリマ－15,8303
非ポリマー02
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area7610 Å2
手法PISA
2
B: Methyl-CpG-binding domain protein 3
E: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*GP*(5CM)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(5CM)P*GP*CP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8305
ポリマ－15,8303
非ポリマー02
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3760 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.174, 36.223, 131.157
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.850, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Methyl-CpG-binding domain protein 3 / Methyl-CpG-binding protein MBD3


分子量: 8473.716 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-71 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MBD3 / プラスミド: PET28-GSTLIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: O95983
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*GP*(5CM)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量: 3693.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(5CM)P*GP*CP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量: 3662.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25% PEG3350, 0.2M sodium chloride, 0.1M bis-tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→43.69 Å / Num. obs: 23289 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 40.95 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 84001 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.053.50.826581716790.5720.5110.9741.598.7
8.94-43.693.20.0339162860.9970.0210.03927.396.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
Aimless0.5.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: early version of model from PDB entry 6CC8

6cc8


解像度: 2.005→35.202 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.09 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Electron density did not permit unambiguous distinction between strands of non-palindromic DNA. refmac was used for intermediate refinement steps. coot was used for interactive model building. ...詳細: Electron density did not permit unambiguous distinction between strands of non-palindromic DNA. refmac was used for intermediate refinement steps. coot was used for interactive model building. Model geometry was validated with molprobity.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2566 1312 5.72 %thinshells (sftools)
Rwork0.2148 21616 --
obs0.2173 22928 99.18 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 94.05 Å2 / Biso mean: 43.3347 Å2 / Biso min: 23.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.005→35.202 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1100 976 4 66 2146
Biso mean--40.64 41.37 -
残基数----190
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072224
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1033203
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065330
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008247
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.7941142
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0053-2.08560.32031530.27352294244799
2.0856-2.18050.31671820.269423572539100
2.1805-2.29540.31171320.257524002532100
2.2954-2.43920.31551130.24824582571100
2.4392-2.62750.29091340.259924132547100
2.6275-2.89180.28941520.27124292581100
2.8918-3.310.28621620.23892384254699
3.31-4.16920.2191400.18552364250498
4.1692-35.20690.22011440.17342517266199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.93460.30020.36573.5642-3.93938.45910.1227-0.1599-0.09860.0461-0.00280.05370.2486-0.2835-0.13380.40670.0421-0.02670.3157-0.01880.2738-23.7768-4.533455.2488
23.4261-0.5907-0.80213.4059-3.8216.28370.12290.25150.0746-0.0564-0.03840.0355-0.2036-0.3618-0.07220.4121-0.02840.01940.2793-0.01620.2215-20.79166.520110.1366
31.10740.4346-0.61031.53691.29512.0650.1810.5830.22140.0211-0.11740.0058-0.1480.3085-0.08590.33180.14780.0480.4642-0.01690.4115-19.6247.764645.0306
46.253-4.21031.13984.8164-0.08592.2891-0.19420.16850.1363-0.0061-0.0307-0.0715-0.19260.10220.24440.27780.04250.00240.3385-0.01740.3454-19.4158.28946.2915
52.62750.65551.59522.39951.0871.94870.08-0.92420.0607-0.2124-0.1788-0.1107-0.2280.53990.09870.3512-0.1092-0.03630.4246-0.0480.3713-16.5615-5.690120.4875
65.92433.0589-1.64263.18660.09873.1153-0.1273-0.4337-0.2029-0.0289-0.0506-0.15090.14590.14140.18530.3242-0.0055-0.03710.2588-0.00010.3877-16.3427-6.256419.1924
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA1 - 71
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB1 - 71
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC1 - 12
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD1 - 12
5X-RAY DIFFRACTION5chain EE1 - 12
6X-RAY DIFFRACTION6chain FF1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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