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- PDB-6cep: Sus scrofa heart L-lactate dehydrogenase ternary complex with NAD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cep
タイトルSus scrofa heart L-lactate dehydrogenase ternary complex with NADH and oxamate
要素L-lactate dehydrogenase B chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / ternary complex / heart isoform (H-chain)
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyruvate metabolism / L-lactate dehydrogenase / carboxylic acid metabolic process / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / mitochondrial inner membrane
類似検索 - 分子機能
L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain ...L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / OXAMIC ACID / L-lactate dehydrogenase B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hoffer, E.D. / Andrews, B. / Dunham, C.M. / Dyer, R.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM068036-014 米国
引用ジャーナル: Medchemcomm / 年: 2018
タイトル: Small molecule cores demonstrate non-competitive inhibition of lactate dehydrogenase.
著者: Andrews, B.A. / Dyer, R.B.
履歴
登録2018年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-lactate dehydrogenase B chain
B: L-lactate dehydrogenase B chain
C: L-lactate dehydrogenase B chain
D: L-lactate dehydrogenase B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,61512
ポリマ－146,6054
非ポリマー3,0108
水13,457747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25660 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area43210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.120, 137.230, 161.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
L-lactate dehydrogenase B chain / LDH-B / LDH heart subunit / LDH-H


分子量: 36651.262 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00336, L-lactate dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-OXM / OXAMIC ACID / オキサミド酸


分子量: 89.050 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 747 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 8000, sodium acetate, HEPES, sodium oxamate, NADH

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→104.53 Å / Num. obs: 91063 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 16.66 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rpim(I) all: 0.085 / Rrim(I) all: 0.178 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 387434 / Scaling rejects: 926
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.034.31.3871880543890.7570.7271.5691.4100
10.95-104.533.50.06122916630.9930.0350.0718.499.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2 Å104.53 Å
Translation2 Å104.53 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia20.5.179データ削減
DIALS1.4.5データ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
Coot0.8.9モデル構築
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LDH

5ldh


解像度: 2→104.532 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 28.41
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2568 1998 2.38 %
Rwork0.2161 --
obs0.2171 83853 92.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 92.45 Å2 / Biso mean: 26.8061 Å2 / Biso min: 5.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→104.532 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9977 0 200 747 10924
Biso mean--25.9 31.16 -
残基数----1301
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0001-2.05020.3115540.28242216227035
2.0502-2.10560.3001990.2644111421066
2.1056-2.16760.29381360.26015569570589
2.1676-2.23750.30441550.251163066461100
2.2375-2.31750.30211530.235662776430100
2.3175-2.41030.26271540.228462856439100
2.4103-2.520.2791520.240262776429100
2.52-2.65290.2791550.24163066461100
2.6529-2.81910.31431540.244263086462100
2.8191-3.03680.23751540.249663426496100
3.0368-3.34240.26671560.223663796535100
3.3424-3.82610.2411560.184563606516100
3.8261-4.82050.21731570.157264506607100
4.8205-104.67480.19491630.18716669683299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.20630.346-0.44690.5771-0.75230.97030.01670.1174-0.0355-0.0802-0.0253-0.17640.02930.4434-0.00390.27580.00610.13520.32370.01240.322321.14572.5244-25.4455
20.12690.19150.09540.522-0.02130.3347-0.00160.1778-0.1044-0.01420.0177-0.1760.15690.12820.00760.06520.02540.01050.1738-0.01670.074618.0129-16.059-5.5438
30.1056-0.12850.11380.51070.1380.31470.0658-0.0992-0.06360.52380.01190.12020.0773-0.05690.06480.2822-0.01710.06280.09190.00960.10646.8014-12.178212.9738
40.6303-0.18860.19590.7626-0.37270.98940.0262-0.2691-0.02950.25770.0339-0.05140.20030.10680.00260.3677-0.0217-0.06370.1709-0.01360.06717.8908-10.058521.1744
50.23230.13180.49950.30520.71041.85430.0931-0.2041-0.04210.0969-0.06350.20090.0248-0.3546-0.01420.442-0.01870.22310.25810.05180.4899-20.075-8.426812.423
60.58880.15360.36640.4401-0.00130.81110.05370.0549-0.1312-0.04360.01120.27930.1065-0.0893-0.01710.0971-0.0218-0.00420.13-0.01870.2037-10.0398-22.5442-9.9117
70.83950.2073-0.22090.5260.0880.40430.07850.0776-0.088-0.25430.02250.04960.0210.0373-0.03210.19950.0173-0.04980.2098-0.02890.1061.4753-10.4493-30.3217
80.09650.1324-0.03390.2262-0.17410.41130.10290.17540.0347-0.35040.0207-0.18570.14740.1183-0.01610.25520.07420.03390.2616-0.0650.15616.5287-15.9744-27.1849
90.14750.11910.04780.44650.26330.50790.00390.1974-0.0556-0.2336-0.00490.13750.19310.0376-0.06370.26970.0359-0.20130.2796-0.10090.222-11.219-17.6124-33.4627
100.0407-0.1665-0.29230.70061.20832.07430.0670.20080.042-0.0009-0.03550.2095-0.0538-0.3175-0.02630.30440.026-0.14550.33130.00760.5192-20.6404-2.4626-26.8811
110.3670.0615-0.15710.15580.08940.1667-0.07220.14330.0599-0.0742-0.06490.32340.01340.0039-0.0905-0.0478-0.0033-0.00560.1665-0.06390.3193-16.279212.9154-11.5826
120.0141-0.0197-0.02130.07520.04480.0274-0.0094-0.0161-0.11230.0476-0.04060.260.062-0.08450.0749-0.10780.03370.34950.1658-0.14970.6023-24.086418.61074.3423
130.513-0.041-0.02020.1880.12740.5367-0.0098-0.078-0.04160.1140.01030.1322-0.0001-0.02920.04850.2228-0.00490.21640.0916-0.01840.1724-9.125710.408710.8199
140.4444-0.2559-0.21290.2150.18160.27210.0061-0.06230.06310.14280.10460.0256-0.06460.03960.0680.36010.01310.21640.0941-0.10280.116-2.42648.836819.3872
150.1991-0.04790.07830.8948-0.48081.2127-0.0923-0.12240.0090.41240.0986-0.07230.16130.10480.00420.34280.04920.08170.158-0.08760.1809-0.437620.835219.8662
160.11480.2411-0.08980.5239-0.17630.0961-0.0427-0.0127-0.08350.1285-0.07550.14150.1471-0.0251-0.04610.0907-0.0290.28720.1323-0.05820.2311-11.24257.77883.954
170.3882-0.0616-0.18320.0189-0.03390.56860.0148-0.1210.02990.13890.02120.0647-0.0607-0.05950.00060.4098-0.05830.43760.2047-0.04030.3909-19.20424.822418.2644
180.709-0.4661-0.02750.63140.29881.21420.03-0.04620.07310.0438-0.01910.074-0.143-0.156-0.00630.5819-0.05480.3750.2715-0.11940.4767-21.351317.645222.862
190.4298-0.10890.27110.0262-0.07010.16870.0665-0.23390.06160.1197-0.05-0.0336-0.2010.20920.00240.3157-0.0167-0.10110.2795-0.07130.225516.40578.403313.0261
200.76420.1571-0.31730.33290.00150.6243-0.06450.04730.0982-0.08050.0156-0.0473-0.05580.0286-0.08580.0738-0.0210.03840.136-0.01730.11959.723122.4758-9.2543
210.90780.1075-0.07430.45570.24180.34280.05070.12640.0658-0.27660.01780.0323-0.085-0.02630.04670.22420.0023-0.06430.25480.00240.0859-0.620610.5599-30.333
220.22110.13670.01140.3810.26250.23260.03130.14620.1031-0.339-0.03720.2439-0.1075-0.10540.07920.214-0.0044-0.0640.28110.00480.1239-2.993314.811-26.954
230.1531-0.0547-0.08920.5478-0.33740.7543-0.00810.19230.1204-0.23560.0336-0.0435-0.21150.1172-0.03740.3683-0.05290.10840.30470.04760.067712.683319.4858-34.3412
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 22 )A1 - 22
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 23 through 127 )A23 - 127
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 128 through 276 )A128 - 276
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 277 through 331 )A277 - 331
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 21 )B1 - 21
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 22 through 151 )B22 - 151
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 152 through 214 )B152 - 214
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 215 through 265 )B215 - 265
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 266 through 332 )B266 - 332
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 1 through 22 )C1 - 22
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 23 through 94 )C23 - 94
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 95 through 151 )C95 - 151
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 152 through 178 )C152 - 178
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 179 through 214 )C179 - 214
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 215 through 245 )C215 - 245
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 246 through 276 )C246 - 276
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 277 through 309 )C277 - 309
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 310 through 331 )C310 - 331
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 1 through 22 )D1 - 22
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 23 through 151 )D23 - 151
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 152 through 214 )D152 - 214
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 215 through 276 )D215 - 276
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 277 through 332 )D277 - 332

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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