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万見
- PDB-6bax: Lactate Dehydrogenase in complex with inhibitor 6-(3-aminophenyl)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bax
タイトルLactate Dehydrogenase in complex with inhibitor 6-(3-aminophenyl)-3-((2-chlorophenyl)thio)-4-hydroxy-6-(thiophen-3-yl)-5,6-dihydro-2H-pyran-2-one
要素L-lactate dehydrogenase A chain
キーワードOXIDOREDUCTASE/Inhibitor / inhibitor / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lactate dehydrogenase / oxidoreductase complex / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / Pyruvate metabolism / lactate metabolic process / pyruvate metabolic process / substantia nigra development / Regulation of pyruvate metabolism / glycolytic process / cadherin binding ...L-lactate dehydrogenase / oxidoreductase complex / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / Pyruvate metabolism / lactate metabolic process / pyruvate metabolic process / substantia nigra development / Regulation of pyruvate metabolism / glycolytic process / cadherin binding / mitochondrion / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain ...L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-D4S / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / L-lactate dehydrogenase A chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Ultsch, M. / Eigenbrot, C.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure-guided optimization and in vivo activities of hydroxylactone and hydroxylactam Inhibitors of Human Lactate Dehydrogenase
著者: Wei, B. / Labadie, S.S. / Robarge, K. / Chen, J. / Chen, Z. / Corson, L.B. / Ding, C.Z. / DiPasquale, A.G. / Dragovich, P.S. / Eigenbrot, C. / Evangelista, M. / Fauber, B.P. / Goa, Z. / Ge, H. ...著者: Wei, B. / Labadie, S.S. / Robarge, K. / Chen, J. / Chen, Z. / Corson, L.B. / Ding, C.Z. / DiPasquale, A.G. / Dragovich, P.S. / Eigenbrot, C. / Evangelista, M. / Fauber, B.P. / Goa, Z. / Ge, H. / Hitz, A. / Ho, Q. / Lai, K.W. / Liu, W. / Liu, Y. / Li, C. / Ma, S. / Malek, S. / O'Brien, T. / Pang, J. / Peterson, D. / Salphati, L. / Sideris, S. / Ultsch, M. / Yen, I. / Yue, Q. / Zhang, H. / Zhou, A. / Purkey, H.E.
履歴
登録2017年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-lactate dehydrogenase A chain
B: L-lactate dehydrogenase A chain
C: L-lactate dehydrogenase A chain
D: L-lactate dehydrogenase A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,69417
ポリマ－146,4144
非ポリマー5,28113
水11,692649
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26660 Å2
ΔGint-189 kcal/mol
Surface area44270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.541, 81.493, 103.532
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
L-lactate dehydrogenase A chain / LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma ...LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma antigen NY-REN-59


分子量: 36603.473 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDHA, PIG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00338, L-lactate dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 662分子

#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-D4S / (6R)-6-(3-aminophenyl)-3-[(2-chlorophenyl)sulfanyl]-4-hydroxy-6-(thiophen-3-yl)-5,6-dihydro-2H-pyran-2-one


分子量: 429.940 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H16ClNO3S2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 649 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.04 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG3350, sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月13日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 81856 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 34 Å2 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 8203 / Rsym value: 0.619 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1I10

1i10


解像度: 2.05→37.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.212 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.214 / SU Rfree Blow DPI: 0.156 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.157
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 1672 2.06 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.19 81736 96.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2113 Å20 Å26.3272 Å2
2---0.3724 Å20 Å2
3---1.5837 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.05→37.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10065 0 343 649 11057
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00910700HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0314540HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4029SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes245HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1504HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10700HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.98
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.53
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1397SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12905SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.02→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 -2.16 %
Rwork0.217 4037 -
all0.218 4126 -
obs--66.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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