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- PDB-6cdb: Crystal Structure of V66L CzrA in the Zn(II)bound state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cdb
タイトルCrystal Structure of V66L CzrA in the Zn(II)bound state
要素ArsR family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / transcription regulator / Zn-binding protein / DNA binding protein / ArsR
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Bacterial regulatory protein, arsR family / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...: / Bacterial regulatory protein, arsR family / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ArsR family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Capdevila, D.A. / Campanello, G. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Giedroc, D.P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM118157 米国
Pew Charitable Trusts 米国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: Functional Role of Solvent Entropy and Conformational Entropy of Metal Binding in a Dynamically Driven Allosteric System.
著者: Capdevila, D.A. / Edmonds, K.A. / Campanello, G.C. / Wu, H. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Giedroc, D.P.
履歴
登録2018年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年8月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ArsR family transcriptional regulator
B: ArsR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,53310
ポリマ－24,0432
非ポリマー4908
水1,40578
1
A: ArsR family transcriptional regulator
ヘテロ分子

A: ArsR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,82114
ポリマ－24,0432
非ポリマー77812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-x,-y+2,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area9970 Å2
手法PISA
2
B: ArsR family transcriptional regulator
ヘテロ分子

B: ArsR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2456
ポリマ－24,0432
非ポリマー2024
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-x,-y+2,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area10230 Å2
手法PISA
3
A: ArsR family transcriptional regulator
ヘテロ分子

A: ArsR family transcriptional regulator
ヘテロ分子

B: ArsR family transcriptional regulator
ヘテロ分子

B: ArsR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,06720
ポリマ－48,0874
非ポリマー98016
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-x,-y+2,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
crystal symmetry operation2_576-x,-y+2,z+11
Buried area10290 Å2
ΔGint-292 kcal/mol
Surface area18540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.546, 73.360, 50.158
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ArsR family transcriptional regulator / CzrA protein / HTH-type transcriptional repressor CzrA / Putative HTH-type transcriptional ...CzrA protein / HTH-type transcriptional repressor CzrA / Putative HTH-type transcriptional repressor CzrA / Repressor protein / Transcriptional regulator / Zn(II) or Co(II)-specific transcriptional repressor protein


分子量: 12021.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: rzcA, CzrA, czrA, AFO97_05125, B9Z04_11610, B9Z08_13310, BJI53_13345, BN1321_350009, EP54_06885, EQ90_13065, ERS072738_01903, ERS072840_01825, HMPREF3211_00009
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O85142

-
非ポリマー , 5種, 86分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM Ches (pH 9.5), 200 mM NaCl and 10% polyethylene glycol 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2012年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→41.41 Å / Num. obs: 13796 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.073 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 1.99→2.14 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / CC1/2: 0.806 / Rpim(I) all: 0.313 / Rrim(I) all: 0.782 / Rsym value: 0.716 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.99→29.608 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2275 677 4.91 %
Rwork0.1954 --
obs0.197 13775 95.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 82.09 Å2 / Biso mean: 38.3334 Å2 / Biso min: 23.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.99→29.608 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1525 0 20 78 1623
Biso mean--43.95 42.88 -
残基数----192
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071563
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8222093
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046248
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004261
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.87961
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.99-2.14360.311130.255926822795100
2.1436-2.35920.24141240.22232255237984
2.3592-2.70040.24741360.211327002836100
2.7004-3.40150.23791660.211127052871100
3.4015-29.6110.20031380.16722756289496

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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