PDB-6cd1: Crystal structure of Medicago truncatula serine hydroxymethyltran...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cd1

タイトル

Crystal structure of Medicago truncatula serine hydroxymethyltransferase 3 (MtSHMT3), complexes with reaction intermediates

要素

(Serine hydroxymethyltransferase) x 2

キーワード

TRANSFERASE / PLP / one-carbon cycle / tetrahydrofolate / chloroplast / tetramer / PLP-Serine / PLP-Glycine

機能・相同性

機能・相同性情報

glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate metabolic process / tetrahydrofolate interconversion / methyltransferase activity / pyridoxal phosphate binding / methylation / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Ruszkowski, M. / Sekula, B. / Ruszkowska, A. / Dauter, Z.

引用

ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2018
タイトル: Chloroplastic Serine Hydroxymethyltransferase FromMedicago truncatula: A Structural Characterization.
著者: Ruszkowski, M. / Sekula, B. / Ruszkowska, A. / Dauter, Z.

履歴

登録	2018年2月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cd1.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cd1.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cd1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/6cd1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/6cd1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6cczSC 6cd0C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ls3-d 1rv3-1 6ccz-1 6cd0-d 1rv4-1 6m5w-1 1rvy-1 1rvu-1 1eji-d 6uxk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine hydroxymethyltransferase

B: Serine hydroxymethyltransferase

C: Serine hydroxymethyltransferase

D: Serine hydroxymethyltransferase

E: Serine hydroxymethyltransferase

F: Serine hydroxymethyltransferase

G: Serine hydroxymethyltransferase

H: Serine hydroxymethyltransferase

ヘテロ分子

400 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine hydroxymethyltransferase

B: Serine hydroxymethyltransferase

C: Serine hydroxymethyltransferase

D: Serine hydroxymethyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, asymmetric unit contains two tetramers, A-D and E-H
200 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Serine hydroxymethyltransferase

F: Serine hydroxymethyltransferase

G: Serine hydroxymethyltransferase

H: Serine hydroxymethyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
200 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.086, 103.653, 180.379
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.38, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDFEGH

#1: タンパク質	Serine hydroxymethyltransferase 分子量: 49588.469 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) 遺伝子: 11445860, MTR_2g018290 / プラスミド: pMCSG68 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: G7ILW0, glycine hydroxymethyltransferase
#2: タンパク質	Serine hydroxymethyltransferase 分子量: 49816.586 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) 遺伝子: 11445860, MTR_2g018290 / プラスミド: pMCSG68 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: G7ILW0, glycine hydroxymethyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 2049分子

#3: 化合物	ChemComp-PLS / [3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL]-SERINE / PYRIDOXYL-SERINE-5-MONOPHOSPHATE 分子量: 336.235 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₇N₂O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-PLG / N-GLYCINE-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YL-METHANE] / N-PYRIDOXYL-GLYCINE-5-MONOPHOSPHATE 分子量: 306.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₂O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2032 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.96 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 75 mM MES pH 6.5, 19% PEG3350 and 150 mM ammonium acetate. The mature crystals were soaked with 200 mM Ser for 2 h and cryoprotected by the addition of ethylene glycol to a final concentration of 20%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.91→50 Å / Num. obs: 263165 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.063 / R_rim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 1.91→2.02 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 41826 / R_rim(I) all: 0.83 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ccz

6ccz

解像度: 1.91→46.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 10.953 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.153 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.236	1316	0.5 %	RANDOM
R_work	0.191	-	-	-
obs	0.191	261832	98.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.906 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.77 Å²	-0 Å²	0.43 Å²
2-	-	1.24 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.91→46.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	27693	0	138	2032	29863

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	28501
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	27474
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.529	1.944	38555
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.98	3	63228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.432	5	3615
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.369	23.806	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.302	15	4784
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.195	15	184
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	4274
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	32405
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	6411
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.163	2.692	14484
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.163	2.692	14480
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.886	4.029	18089
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.886	4.028	18088
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.322	2.902	14017
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.322	2.902	14017
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.227	4.276	20467
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.185	22.413	33302
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.185	22.414	33303
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.91→1.957 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.366	94	-
R_work	0.349	18654	-
obs	-	-	95.47 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5529	-0.1789	0.0873	0.2189	0.0934	0.1929	-0.0239	0.0504	-0.0213	0.0252	0.0413	0.0037	-0.0481	-0.0342	-0.0174	0.1242	0.0057	0.0449	0.1491	-0.0326	0.0857	0.3979	34.4316	82.1563
2	0.7058	0.0224	-0.1022	0.633	-0.1056	0.1167	-0.0615	-0.0387	-0.0951	0.1444	0.0637	-0.1747	-0.0821	0.0079	-0.0022	0.1052	0.002	-0.0186	0.1391	-0.0296	0.1152	22.5644	16.828	96.5781
3	0.4703	-0.015	0.0385	0.211	0.0802	0.1185	0.0133	0.0527	-0.0824	0.0489	-0.0417	-0.0266	0.0343	0.0191	0.0284	0.0659	0.0144	0.0104	0.2366	-0.0209	0.0595	53.9191	20.9592	51.4359
4	0.5815	-0.3315	-0.1036	0.3257	0.1912	0.4338	0.1286	0.1633	-0.0193	-0.0053	-0.1699	0.0495	-0.0732	-0.0496	0.0413	0.1151	0.015	0.014	0.2984	-0.0331	0.0116	29.0732	35.0301	36.4603
5	0.2834	0.0675	-0.0684	0.3496	-0.0357	0.0414	-0.0203	-0.0033	-0.0409	0.0054	0.0244	-0.0251	-0.0362	0.0036	-0.0041	0.1021	0.0237	0.0661	0.2213	0.0248	0.0622	35.0189	86.2732	7.6298
6	0.3121	-0.0206	-0.2029	0.6213	0.2025	0.2686	-0.0326	0.0874	-0.0973	-0.0746	-0.0208	0.0774	-0.0732	-0.1181	0.0535	0.0785	0.0252	0.0306	0.2831	-0.0149	0.0519	12.3428	69.2636	-7.8058
7	0.5708	-0.1231	0.1193	0.2685	0.0468	0.2159	0.0074	-0.0319	-0.0706	-0.0243	0.0008	0.0015	0.0702	-0.0619	-0.0082	0.0876	0.0219	0.0268	0.2014	0.0417	0.059	-18.6015	69.7765	36.7583
8	0.4562	-0.2489	0.1174	0.5578	-0.0409	0.1909	-0.0603	-0.0727	0.1404	0.0602	0.1022	-0.1793	-0.0131	-0.0854	-0.0418	0.0966	0.0759	-0.025	0.2071	-0.0302	0.103	6.09	82.7638	53.1333

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	82 - 533
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	601
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	83 - 533
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	601
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	82 - 533
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	601 - 602
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	83 - 533
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	601
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	83 - 533
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	601
11	X-RAY DIFFRACTION	6	F	83 - 533
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	601
13	X-RAY DIFFRACTION	7	G	83 - 533
14	X-RAY DIFFRACTION	7	H	601
15	X-RAY DIFFRACTION	8	H	82 - 533
16	X-RAY DIFFRACTION	8	H	602

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDFEGH

-
非ポリマー , 6種, 2049分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDFEGH

-非ポリマー , 6種, 2049分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDFEGH

-
非ポリマー , 6種, 2049分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)