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- PDB-6cbu: Crystal structure of C4S3: A computationally designed immunogen t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cbu
タイトルCrystal structure of C4S3: A computationally designed immunogen to target Carbohydrate-Occluded Epitopes on the HIV envelope
要素Acylphosphatase-1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Immunogen / HIV-1 / gp120 / Protein Design
機能・相同性
機能・相同性情報


acylphosphatase / acylphosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process
類似検索 - 分子機能
Acylphosphatase signature 2. / Acylphosphatase / Acylphosphatase signature 1. / Acylphosphatase, conserved site / Acylphosphatase / Acylphosphatase-like domain / Acylphosphatase-like domain profile. / Acylphosphatase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits - #100 / Alpha-Beta Plaits ...Acylphosphatase signature 2. / Acylphosphatase / Acylphosphatase signature 1. / Acylphosphatase, conserved site / Acylphosphatase / Acylphosphatase-like domain / Acylphosphatase-like domain profile. / Acylphosphatase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits - #100 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Zhu, C. / Ke, H.M. / Swanstrom, R. / Dokholyan, N.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI102732 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Rationally designed carbohydrate-occluded epitopes elicit HIV-1 Env-specific antibodies.
著者: Zhu, C. / Dukhovlinova, E. / Council, O. / Ping, L. / Faison, E.M. / Prabhu, S.S. / Potter, E.L. / Upton, S.L. / Yin, G. / Fay, J.M. / Kincer, L.P. / Spielvogel, E. / Campbell, S.L. / ...著者: Zhu, C. / Dukhovlinova, E. / Council, O. / Ping, L. / Faison, E.M. / Prabhu, S.S. / Potter, E.L. / Upton, S.L. / Yin, G. / Fay, J.M. / Kincer, L.P. / Spielvogel, E. / Campbell, S.L. / Benhabbour, S.R. / Ke, H. / Swanstrom, R. / Dokholyan, N.V.
履歴
登録2018年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acylphosphatase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4032
ポリマ－11,3071
非ポリマー961
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.069, 57.606, 62.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Acylphosphatase-1 / Acylphosphatase / erythrocyte isozyme / organ-common type isozyme / Acylphosphate phosphohydrolase 1


分子量: 11306.705 Da / 分子数: 1 / 変異: V87L, L89E, K90E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACYP1, ACYPE / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07311, acylphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 30% PEG 3350, 200 mM Bis-tris, pH 6.5, 200 mM LiSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97817 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97817 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 30098 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 2.28 / Net I/σ(I): 18.9 / Num. measured all: 424714
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.2-1.2213.90.1314540.9960.0360.1351.58396.7
1.22-1.2414.20.12114750.9960.0330.1261.58496.8
1.24-1.2714.40.1114170.9970.030.1141.63596.8
1.27-1.2914.40.10314670.9970.0280.1071.64597.1
1.29-1.3214.30.09714670.9970.0260.11.62697.3
1.32-1.3514.50.09414580.9970.0250.0971.64297.6
1.35-1.3914.40.09114820.9960.0250.0951.70197.8
1.39-1.4214.50.08314750.9980.0220.0861.75197.9
1.42-1.4614.50.07914940.9970.0210.0821.81298.2
1.46-1.5114.50.07414750.9980.020.0761.90698.1
1.51-1.5714.50.07114910.9980.0190.0742.06398.4
1.57-1.6314.40.06815130.9980.0180.0712.20999.1
1.63-1.714.40.06615030.9990.0180.0692.37898.6
1.7-1.7914.30.06415000.9990.0170.0672.5999.3
1.79-1.914.10.06415290.9990.0170.0663.01599.3
1.9-2.0513.70.06315230.9990.0180.0653.60199.5
2.05-2.2613.60.06115390.9990.0170.0643.76599.5
2.26-2.5913.80.05315610.9990.0140.0553.1299.8
2.59-3.2613.60.04415860.9980.0120.0462.79299.9
3.26-5012.60.04716890.9980.0130.0493.16599.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2W4C Human common-type acylphosphatase variant, A99

2w4c


解像度: 1.2→42.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 0.667 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1532 1444 4.8 %RANDOM
Rwork0.143 ---
obs0.1435 28610 98.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 37.4 Å2 / Biso mean: 8.508 Å2 / Biso min: 4.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→42.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数771 0 5 100 876
Biso mean--7.88 17.71 -
残基数----96
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.019799
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02758
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1981.931076
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.69331742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.201595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.75225.11643
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.50915145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.894154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2113
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02918
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02198
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.8431557
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free16.344525
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.71251617
LS精密化 シェル解像度: 1.199→1.23 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.132 105 -
Rwork0.104 1993 -
all-2098 -
obs--94.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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