PDB-6cbr: DnaG Primase C-terminal domain complex with SSB C-terminal peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cbr

タイトル

DnaG Primase C-terminal domain complex with SSB C-terminal peptide

要素

DNA primase,single-stranded DNA-binding protein chimera

キーワード

REPLICATION / Primase / DnaG / Single-strand DNA-Binding Protein / SSB / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

DnaB-DnaG complex / DNA primase DnaG / primosome complex / DNA primase activity / DNA replication, synthesis of primer / replisome / replication fork processing / DNA unwinding involved in DNA replication / DNA-directed RNA polymerase complex / single-stranded DNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Oakley, A.J. / Lo, A.T.Y.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: DnaG Primase C-terminal domain complex with SSB C-terminal peptide
著者: Oakley, A.J. / Lo, A.T.Y.

履歴

登録	2018年2月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cbr.cif.gz	132.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cbr.ent.gz	102.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cbr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6cbr_validation.pdf.gz	427 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cbr_full_validation.pdf.gz	428.1 KB	表示
XML形式データ	6cbr_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	6cbr_validation.cif.gz	22.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/6cbr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/6cbr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6cbsC 6cbtC 1t3wS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6cbt-2 6cbs-2 6cbt-1 1fr2-d 2gyk-2 2gzj-2 4qko-4 3e46-d 2oqk-2 4qko-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (17) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: DNA primase,single-stranded DNA-binding protein chimera

B: DNA primase,single-stranded DNA-binding protein chimera

37.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA primase,single-stranded DNA-binding protein chimera

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
18.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DNA primase,single-stranded DNA-binding protein chimera

登録者が定義した集合体
18.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.723, 47.363, 51.881
Angle α, β, γ (deg.)	63.51, 76.97, 73.81
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	DNA primase,single-stranded DNA-binding protein chimera / DnaGC-SSB chimera 分子量: 18691.049 Da / 分子数: 2 断片: DnaG C-terminal domain (UNP residues 434-581), linker peptide, SSB C-terminal peptide (UNP residues 131-139) 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 遺伝子: dnaG, dnaP, parB, b3066, JW3038, ssb_1, BUE81_14300, ERS085374_00666 プラスミド: pAL1402 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABS5, UniProt: A0A0K3FKM0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

DNA primase,single-stranded DNA-binding protein chimera / DnaGC-SSB chimera

分子量: 18691.049 Da / 分子数: 2
断片: DnaG C-terminal domain (UNP residues 434-581), linker peptide, SSB C-terminal peptide (UNP residues 131-139)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12
遺伝子: dnaG, dnaP, parB, b3066, JW3038, ssb_1, BUE81_14300, ERS085374_00666
プラスミド: pAL1402 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABS5, UniProt: A0A0K3FKM0

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 30.89 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 10% w/v PEG3000, 5 mM zinc acetate, 5 mM 1,10-phenanthroline, 100 mM sodium acetate, pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95368 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95368 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→45 Å / Num. obs: 41299 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 15.649 Å² / R_merge(I) obs: 0.039 / R_pim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.275 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 5369 / R_pim(I) all: 0.275 / R_rim(I) all: 0.389 / % possible all: 88.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
iMOSFLM	6.2.6	データ削減
SCALA	3.2.25	データスケーリング
MOLREP	9.4.09	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1T3W

1t3w

解像度: 1.5→41.496 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 19.09

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1787	1873	5.04 %	RANDOM
R_work	0.1617	-	-	-
obs	0.1625	37157	89.97 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→41.496 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2259	0	0	309	2568

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2297
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.892	3120
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.121	1702
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	371
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	408

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5406	0.2655	154	0.2471	2667	X-RAY DIFFRACTION	89
1.5406-1.5859	0.231	145	0.2132	2693	X-RAY DIFFRACTION	88
1.5859-1.6371	0.2316	144	0.1952	2645	X-RAY DIFFRACTION	89
1.6371-1.6956	0.1996	151	0.1843	2669	X-RAY DIFFRACTION	89
1.6956-1.7635	0.2246	156	0.175	2697	X-RAY DIFFRACTION	89
1.7635-1.8437	0.1954	141	0.1647	2670	X-RAY DIFFRACTION	89
1.8437-1.941	0.1957	145	0.1582	2722	X-RAY DIFFRACTION	90
1.941-2.0626	0.1857	140	0.1562	2723	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0626-2.2218	0.1817	134	0.1445	2721	X-RAY DIFFRACTION	90
2.2218-2.4454	0.1573	147	0.1529	2775	X-RAY DIFFRACTION	91
2.4454-2.7992	0.1897	120	0.1618	2741	X-RAY DIFFRACTION	91
2.7992-3.5263	0.1664	161	0.1531	2758	X-RAY DIFFRACTION	91
3.5263-41.512	0.1467	135	0.1534	2803	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8811	-0.4702	-0.1351	1.2583	0.0438	1.5775	-0.0285	-0.0566	-0.0146	0.1017	0.0285	0.0496	-0.1049	-0.0484	0.0226	0.083	-0.0038	-0.0024	0.0898	0.0047	0.0953	-1.7724	5.5783	-6.135
2	9.9006	-5.3995	-7.1673	2.9604	3.8881	5.1962	-0.0786	-0.0111	0.1724	-0.0784	-0.0727	-0.0548	-0.0123	0.0042	-0.0151	0.0944	0.0168	-0.017	0.1807	-0.0451	0.1768	11.2049	11.002	-4.713
3	1.4087	0.5664	-1.9464	0.6092	-1.3267	3.1832	-0.061	-0.12	-0.0248	0.0634	0.0634	0.0967	0.1245	0.1135	0.0473	0.1286	-0.0019	0.0166	0.1201	0.0039	0.1241	0.9571	-5.1071	8.3283
4	0.1722	-0.5714	0.3012	1.996	-1.1873	0.8947	-0.0432	-0.0357	0.0087	-0.0235	-0.1038	-0.2914	-0.0322	-0.0463	0.0887	0.1712	0.0179	0.0249	0.1373	0.0095	0.1615	-0.9104	-10.0844	14.4229
5	5.0753	-2.4714	0.3084	5.6537	-1.5504	2.4962	-0.0689	0.0974	-0.1722	-0.058	-0.0214	-0.4608	0.2329	0.4064	-0.0405	0.1576	0.0468	0.0428	0.2679	-0.0093	0.2149	34.629	10.9573	16.0313
6	0.6808	-0.1536	-0.2276	0.4193	-0.0021	0.8439	0.0613	0.0789	-0.0342	-0.1162	-0.0367	0.009	0.0172	0.0904	-0.0041	0.0926	-0.0071	-0.0017	0.09	-0.0007	0.1031	24.0572	14.7102	24.4081
7	0.331	0.2477	0.0687	1.9808	2.8564	4.4684	0.1541	0.3699	-0.0396	-0.3758	-0.2443	0.331	0.1288	-0.4275	0.0538	0.1731	0.0344	-0.077	0.2339	-0.0274	0.1327	12.0909	17.5758	15.68
8	1.1131	-0.1588	-1.1939	0.8265	0.41	2.9394	-0.1134	0.2385	-0.1535	-0.2671	-0.1265	0.1831	0.2572	-0.317	0.0034	0.1435	-0.0151	-0.0219	0.1304	-0.0286	0.1176	15.8079	10.9023	19.0224
9	0.5922	-0.111	-0.6172	0.8057	0.3838	1.0789	-0.1164	0.0445	-0.0412	-0.1271	-0.0338	-0.0114	0.3364	-0.0129	0.0234	0.1868	0.0068	0.0149	0.1014	0.0045	0.1079	22.3568	3.0348	26.6042
10	0.0286	-0.398	-0.4053	6.5765	6.8567	7.1531	-0.0206	-0.0012	-0.1917	-0.1691	-0.0737	-0.1553	0.2229	0.1473	-0.0712	0.1374	-0.0066	0.0172	0.1515	-0.0235	0.1752	33.4587	15.0432	27.4155
11	0.2216	0.0469	1.1752	0.1901	-0.039	4.3047	-0.0009	-0.0145	0.004	-0.0919	-0.0223	0.0125	-0.0568	0.0219	0.0174	0.1304	0.0093	-0.006	0.1338	0.0025	0.1067	22.0337	21.8913	9.66
12	1.806	0.7121	0.4505	2.8416	1.0179	2.101	0.0779	-0.0842	-0.1529	0.1495	0.0026	-0.0086	0.0088	-0.0854	-0.0029	0.1772	0.0333	-0.0217	0.114	0.009	0.1355	15.4069	29.3923	-3.4973
13	0.4463	0.4564	-0.0621	3.7896	-0.9704	1.2186	-0.0947	0.0705	-0.0548	-0.2029	-0.1341	-0.3416	0.2697	0.1404	0.076	0.2928	0.0897	0.0443	0.199	0.0112	0.152	28.9741	7.5042	12.3343

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 443 through 521 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 522 through 527 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 528 through 561 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 562 through 599 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 445 through 449 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 450 through 467 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 468 through 475 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 476 through 495 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 496 through 521 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 522 through 527 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 528 through 560 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 561 through 578 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 579 through 599 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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