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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cbm | ||||||
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タイトル | x-ray structure of NeoB from streptomyces fradiae in complex with PLP and neomycin (as the external aldimine) at pH 9 | ||||||
![]() | Neamine transaminase NeoN | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Neomycin / aminotransferase | ||||||
機能・相同性 | ![]() neamine transaminase / neomycin C transaminase / neomycin biosynthetic process / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Thoden, J.B. / Dow, G.T. / Holden, H.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The three-dimensional structure of NeoB: An aminotransferase involved in the biosynthesis of neomycin. 著者: Dow, G.T. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 190.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 147 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 39.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 59.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47164.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: neoN, neo18, neoB / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q53U08, neamine transaminase, neomycin C transaminase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.72 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 18-20% PEG-3350, 100 mM MgCl2, 100 mM CHES, 1 mMPLP, 5 mM neomycin |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 95942 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.75 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.248 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 14170 / Rsym value: 0.248 / % possible all: 86.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6cbk 解像度: 1.65→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.227 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.095 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.079 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.65→50 Å
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拘束条件 |
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