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- PDB-6cb2: Crystal structure of Escherichia coli UppP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cb2
タイトルCrystal structure of Escherichia coli UppP
要素Undecaprenyl-diphosphatase
キーワードHYDROLASE / Undecaprenyl / Pyrophosphate / Phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


undecaprenyl-diphosphate phosphatase / undecaprenyl-diphosphatase activity / pyrophosphatase activity / peptidoglycan metabolic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Undecaprenyl-diphosphatase UppP / Bacitracin resistance protein BacA
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Undecaprenyl-diphosphatase / Undecaprenyl-diphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Workman, S.D. / Worrall, L.J. / Strynadka, N.C.J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of an intramembranal phosphatase central to bacterial cell-wall peptidoglycan biosynthesis and lipid recycling.
著者: Workman, S.D. / Worrall, L.J. / Strynadka, N.C.J.
履歴
登録2018年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年6月6日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / struct_ref ...entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene ..._entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.32019年4月24日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Undecaprenyl-diphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,12210
ポリマ－31,9551
非ポリマー2,1679
水79344
1
A: Undecaprenyl-diphosphatase
ヘテロ分子

A: Undecaprenyl-diphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,24420
ポリマ－63,9102
非ポリマー4,33418
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area4390 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area24010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.880, 146.080, 40.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

SO4

-
要素

#1: タンパク質 Undecaprenyl-diphosphatase / Bacitracin resistance protein / Undecaprenyl pyrophosphate phosphatase


分子量: 31955.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: uppP, bacA, upk, b3057, JW3029 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P60932, UniProt: P60933*PLUS, undecaprenyl-diphosphate phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol


分子量: 356.540 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: 45-50% PEG 200, 0-150 mM NaCl, 200-400 mM LiSO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→73.15 Å / Num. obs: 21698 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 26.63 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 124700 / Scaling rejects: 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.053.91.58446411560.3970.8441.8041.173.1
8.94-73.155.30.026160130410.0130.0324.899.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DIALSデータ削減
SHARP位相決定
精密化解像度: 2→73.04 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2535 1077 5 %
Rwork0.2187 --
obs0.2204 21536 95.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 131.25 Å2 / Biso mean: 46.244 Å2 / Biso min: 15.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→73.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2072 0 145 44 2261
Biso mean--67.47 41.54 -
残基数----270
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9971-2.0880.36841040.35771886199072
2.088-2.19810.37411310.31932503263495
2.1981-2.33580.32031370.27732620275799
2.3358-2.51620.29711370.24162631276899
2.5162-2.76940.27391370.207526422779100
2.7694-3.17020.22491400.199126552795100
3.1702-3.99410.21831430.18627042847100
3.9941-73.08890.21661480.194928182966100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.29472.9351.88522.9969-1.33696.13210.04940.15510.17170.15830.02160.4166-0.1963-0.5623-0.00330.48210.09590.07510.26470.03920.255920.180725.99424.6394
25.44094.6041-6.63235.8482-4.51948.35740.83851.26860.4550.5061-0.13340.3061-0.6947-1.2229-0.70290.55650.14740.02140.3833-0.00240.24222.706924.416414.2365
34.6015-1.93742.33511.6613-0.13073.5190.10770.40.4787-0.1159-0.2045-0.3632-0.40820.26360.07950.53130.0316-0.00460.22570.03750.197241.366115.22816.2994
47.7631-2.0849-0.01243.8944-0.64912.61620.19550.8328-0.46490.1915-0.02720.7683-0.1602-0.4148-0.14110.45920.090.04470.3778-0.00260.291524.0247.47626.2638
56.34941.3317-1.58912.65610.2821.617-0.1096-0.040.27360.00060.0790.04460.0542-0.21550.02630.2850.0256-0.04020.16180.02460.122939.3637.568719.3848
67.4986-1.03086.79893.4368-0.61257.78980.0935-0.71990.47990.0202-0.26590.21150.3418-1.16450.14460.37680.01790.02950.3716-0.03940.177329.801316.351912.3566
78.5847-6.39970.5548.9964-2.9184.60360.40580.60670.5801-0.3549-0.13970.30410.0792-0.6153-0.29030.49960.08770.11870.26830.0570.238525.288529.255416.0452
87.1013-1.3266-4.74521.29091.11916.93010.088-0.02120.24120.2274-0.03760.1534-0.082-0.19550.05160.54580.05890.0130.19190.02910.16428.630716.634133.6672
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 41 )A4 - 41
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 42 through 63 )A42 - 63
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 64 through 108 )A64 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 109 through 139 )A109 - 139
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 140 through 188 )A140 - 188
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 189 through 215 )A189 - 215
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 216 through 249 )A216 - 249
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 250 through 273 )A250 - 273

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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