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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cb2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Escherichia coli UppP | ||||||
![]() | Undecaprenyl-diphosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Undecaprenyl / Pyrophosphate / Phosphatase | ||||||
機能・相同性 | ![]() undecaprenyl-diphosphate phosphatase / undecaprenyl-diphosphatase activity / pyrophosphatase activity / peptidoglycan biosynthetic process / dephosphorylation / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Workman, S.D. / Worrall, L.J. / Strynadka, N.C.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of an intramembranal phosphatase central to bacterial cell-wall peptidoglycan biosynthesis and lipid recycling. 著者: Workman, S.D. / Worrall, L.J. / Strynadka, N.C.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 123.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 96.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31955.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: uppP, bacA, upk, b3057, JW3029 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P60932, UniProt: P60933*PLUS, undecaprenyl-diphosphate phosphatase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-OLC / ( #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.08 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: 45-50% PEG 200, 0-150 mM NaCl, 200-400 mM LiSO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月11日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→73.15 Å / Num. obs: 21698 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 26.63 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 124700 / Scaling rejects: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→73.04 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.54
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 131.25 Å2 / Biso mean: 46.244 Å2 / Biso min: 15.24 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→73.04 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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