[日本語] English
万見
- PDB-6cay: Crystal structure of the first StART-like domain of Ysp2p/Lam2p i... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cay
タイトルCrystal structure of the first StART-like domain of Ysp2p/Lam2p in its apo and ergosterol-bound state.
要素Sterol-binding protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / membrane contact sites / lipid transport protein / cholesterol / StART domain / endoplasmic reticulum
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular sterol transport / endoplasmic reticulum-plasma membrane contact site / sterol transfer activity / sterol binding / sterol transport / cortical endoplasmic reticulum / cell periphery / mitochondrial membrane / apoptotic process / endoplasmic reticulum membrane ...intracellular sterol transport / endoplasmic reticulum-plasma membrane contact site / sterol transfer activity / sterol binding / sterol transport / cortical endoplasmic reticulum / cell periphery / mitochondrial membrane / apoptotic process / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
VASt domain / VAD1 Analog of StAR-related lipid transfer domain / VASt domain profile. / : / domain in glucosyltransferases, myotubularins and other putative membrane-associated proteins / GRAM domain / GRAM domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ERGOSTEROL / : / Membrane-anchored lipid-binding protein YSP2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Horenkamp, F.A. / Valverde, D.P. / Reinisch, K.M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM80616 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R37GM097432 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM106019 米国
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2018
タイトル: Molecular basis for sterol transport by StART-like lipid transfer domains.
著者: Horenkamp, F.A. / Valverde, D.P. / Nunnari, J. / Reinisch, K.M.
履歴
登録2018年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.22018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sterol-binding protein
B: Sterol-binding protein
C: Sterol-binding protein
D: Sterol-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4356
ポリマ－76,6424
非ポリマー7932
水12,773709
1
A: Sterol-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5572
ポリマ－19,1611
非ポリマー3971
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Sterol-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5572
ポリマ－19,1611
非ポリマー3971
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Sterol-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1611
ポリマ－19,1611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Sterol-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1611
ポリマ－19,1611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.594, 63.562, 77.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Sterol-binding protein / Lipid transfer at contact site protein 4 / Lipid transfer protein anchored at membrane contact ...Lipid transfer at contact site protein 4 / Lipid transfer protein anchored at membrane contact sites 3 / Yeast suicide protein 2


分子量: 19160.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: YSP2, SCKG_0199 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A250W8A7, UniProt: Q06681*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ERG / ERGOSTEROL / エルゴスタ-5,7,22-トリエン-3β-オ-ル


分子量: 396.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H44O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 709 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.11 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9
詳細: 32.5% PEG 3350, 0.1 M sodium acetate pH 4.9, 0.2 M ammonium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→75.4 Å / Num. obs: 42580 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 20.4 % / Net I/σ(I): 30.4
反射 シェル解像度: 1.89→1.96 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→75.373 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.79
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2008 2205 5.18 %
Rwork0.1611 --
obs0.1632 42580 98.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→75.373 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5251 0 58 709 6018
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075452
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9367416
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.2112006
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062868
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006906
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.04350.22871270.16842500X-RAY DIFFRACTION96
2.0435-2.09110.19391410.16852419X-RAY DIFFRACTION98
2.0911-2.14340.25091270.172527X-RAY DIFFRACTION98
2.1434-2.20130.23141540.16652479X-RAY DIFFRACTION97
2.2013-2.26610.22841290.15852503X-RAY DIFFRACTION97
2.2661-2.33920.2251400.16282482X-RAY DIFFRACTION98
2.3392-2.42280.20331280.1612500X-RAY DIFFRACTION98
2.4228-2.51990.2021160.1612558X-RAY DIFFRACTION98
2.5199-2.63450.20241360.16322514X-RAY DIFFRACTION98
2.6345-2.77350.2151360.1732536X-RAY DIFFRACTION99
2.7735-2.94720.20011360.16662516X-RAY DIFFRACTION98
2.9472-3.17480.19121270.17072568X-RAY DIFFRACTION99
3.1748-3.49430.19521530.15892526X-RAY DIFFRACTION99
3.4943-3.99990.1961670.15632529X-RAY DIFFRACTION99
3.9999-5.03930.14831380.13562582X-RAY DIFFRACTION99
5.0393-75.42650.20681500.17012636X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る