PDB-6caf: High Resolution Structure of Concanavalin B from Jack Bean (Canav...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6caf

タイトル

High Resolution Structure of Concanavalin B from Jack Bean (Canavalia ensiformis), A Chitinase-like Protein

要素

Concanavalin B

キーワード

PLANT PROTEIN / SEED PROTEIN / chitinase-like protein / MES / Jack Bean

機能・相同性

機能・相同性情報

chitinase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Canavalia ensiformis (タチナタマメ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

McPherson, A.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: High Resolution Structure of Concanavalin B from Jack Bean (Canavalia ensiformis), a Chitinase-like Protein
著者: McPherson, A.

履歴

登録	2018年1月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6caf.cif.gz	150.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6caf.ent.gz	117.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6caf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6caf_validation.pdf.gz	430.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6caf_full_validation.pdf.gz	435.5 KB	表示
XML形式データ	6caf_validation.xml.gz	16.7 KB	表示
CIF形式データ	6caf_validation.cif.gz	25.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/6caf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/6caf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5m0k-2 6tu6-15 6tu6-9 1j01-d 7k4x-1 7k4x-2 1hju-4 6fxs-d 3wg6-2 3wg6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Concanavalin B

36.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.987, 79.987, 101.312
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Concanavalin B / Con B 分子量: 36762.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Canavalia ensiformis (タチナタマメ) 発現宿主: Canavalia ensiformis (タチナタマメ) / 参照: UniProt: P49347
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.67 % / 解説: Extremely elongated hexagonal prisms
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% saturated ammonium sulfate buffered with Na phosphate at pH 6.5. Room temperature, crystallization in about 1 week. Protein dissolved in 5% NaCl and 0.1 M acetic acid. PH範囲: 5.5 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K-W / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→101.31 Å / Num. obs: 73116 / % possible obs: 82 % / 冗長度: 51.5 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.167 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.168 / R_sym value: 0.158 / Net I/av σ(I): 50 / Net I/σ(I): 50.1
反射シェル	解像度: 1.3→1.33 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.85 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 794 / CC_1/2: 0.71 / R_pim(I) all: 0.331 / R_rim(I) all: 0.918 / R_sym value: 0.78 / % possible all: 18.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→69.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.986 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.978 / SU B: 0.836 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.12778	3565	4.9 %	RANDOM
R_work	0.09574	-	-	-
obs	0.09728	69491	81.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.91 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0.02 Å²	0 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.3→69.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2298	0	0	344	2642

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.02	2515
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	2351
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.561	1.961	3447
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.977	3	5445
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.039	5	333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.089	24.219	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.081	15	435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.049	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	367
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	2929
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	607
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.184	1.706	1203
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.088	1.703	1202
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.973	2.574	1516
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.996	2.578	1517
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	10.713	2.3	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	10.715	2.304	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	12.951	3.24	1911
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.774	24.466	3079
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	11.031	23.312	2986
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	7.58	3	4866
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	51.038	5	205
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	24.045	5	4934

LS精密化シェル

解像度: 1.304→1.338 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.182	83	-
R_work	0.148	1388	-
obs	-	-	22.42 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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