PDB-6c9x: THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE alpha-Glucosidase (GH 31) FROM RUMIN...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6c9x

タイトル

THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE alpha-Glucosidase (GH 31) FROM RUMINOCOCCUS OBEUM ATCC 29174 in complex with voglibose

要素

Glycosyl hydrolase, family 31

キーワード

HYDROLASE / structural genomics / PSI-Biology / alpha-Glucosidase / GH 31 / voglibose / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Blautia obeum ATCC 29174 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.457 Å

データ登録者

Tan, K. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM094585	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM115586	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE alpha-Glucosidase (GH 31) FROM RUMINOCOCCUS OBEUM ATCC 29174 in complex with voglibose
著者: Tan, K. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2018年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月21日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_conn Item: _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id ..._struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6c9x.cif.gz	569.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6c9x.ent.gz	461.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6c9x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6c9x_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6c9x_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6c9x_validation.xml.gz	59.7 KB	表示
CIF形式データ	6c9x_validation.cif.gz	92.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/6c9x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/6c9x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3n04S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1by5-d 6c9z-1 1b0k-d 1qkc-d 4dlg-d 6ca3-1 6ca3-2 1fcp-d 4df4-d 1xvv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC106690

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycosyl hydrolase, family 31

B: Glycosyl hydrolase, family 31

ヘテロ分子

156 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycosyl hydrolase, family 31

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
78.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glycosyl hydrolase, family 31

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
77.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.418, 124.308, 87.741
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.50, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Glycosyl hydrolase, family 31 分子量: 77525.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Blautia obeum ATCC 29174 (バクテリア) 遺伝子: RUMOBE_03919 / プラスミド: pMCSG7 / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A5ZY13, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素

#1: タンパク質

Glycosyl hydrolase, family 31

分子量: 77525.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Blautia obeum ATCC 29174 (バクテリア)
遺伝子: RUMOBE_03919 / プラスミド: pMCSG7 / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A5ZY13, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素

-
非ポリマー , 6種, 1505分子

#2: 化合物	ChemComp-VOG / (1S,2S,3R,4S,5S)-5-[(1,3-dihydroxypropan-2-yl)amino]-1-(hydroxymethyl)cyclohexane-1,2,3,4-tetrol / voglibose / ボグリボ-ス分子量: 267.276 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₁NO₇ / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1493 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.75 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M Bis-Tris, 25% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月7日 / 詳細: Mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.457→30 Å / Num. obs: 226940 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 13.56 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.086 / Χ²: 1.046 / Net I/σ(I): 20.8
反射シェル	解像度: 1.46→1.49 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.625 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 11315 / CC_1/2: 0.731 / R_pim(I) all: 0.348 / R_rim(I) all: 0.718 / Χ²: 0.659 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3N04

3n04

解像度: 1.457→29.886 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.55

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1623	11379	5.02 %	Random
R_work	0.1418	-	-	-
obs	0.1428	226890	99.7 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.457→29.886 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10820	0	60	1493	12373

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	11270
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.151	15231
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.418	4205
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	1538
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1997

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.457-1.4736	0.2514	326	0.2252	6567	X-RAY DIFFRACTION	91
1.4736-1.4909	0.2268	397	0.2103	7214	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4909-1.5091	0.2385	369	0.2076	7169	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5091-1.5282	0.2258	393	0.1967	7210	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5282-1.5483	0.2352	382	0.1874	7110	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5483-1.5695	0.2002	379	0.1778	7301	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5695-1.5919	0.1927	355	0.1641	7111	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5919-1.6157	0.1847	405	0.1609	7212	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6157-1.6409	0.1876	362	0.1545	7178	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6409-1.6678	0.1984	386	0.1484	7142	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6678-1.6966	0.1785	389	0.1496	7218	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6966-1.7274	0.18	402	0.1419	7171	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7274-1.7606	0.1685	355	0.1418	7200	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7606-1.7966	0.1804	383	0.1446	7200	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7966-1.8356	0.177	416	0.1396	7201	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8356-1.8783	0.1658	401	0.1395	7125	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8783-1.9253	0.1689	334	0.1412	7252	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9253-1.9773	0.1747	351	0.1418	7245	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9773-2.0355	0.1676	379	0.1401	7202	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0355-2.1012	0.145	377	0.1348	7171	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1012-2.1763	0.1582	355	0.1335	7238	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1763-2.2634	0.1509	401	0.139	7206	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2634-2.3664	0.1609	350	0.1412	7239	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3664-2.4911	0.1587	391	0.1409	7205	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4911-2.647	0.1691	421	0.1445	7166	X-RAY DIFFRACTION	100
2.647-2.8513	0.1712	362	0.1467	7249	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8513-3.1379	0.1537	396	0.1455	7203	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1379-3.5913	0.1418	389	0.1323	7232	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5913-4.5222	0.1271	378	0.116	7266	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5222-29.892	0.1486	395	0.1327	7308	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.57	0.5515	1.4165	1.4109	0.8446	1.7913	0.0706	0.2298	-0.1576	-0.057	0.0543	-0.1789	0.0656	0.1686	-0.116	0.1248	0.0193	0.0183	0.1343	-0.0238	0.1499	41.5152	-19.0615	-18.3304
2	0.4668	-0.1456	0.0578	0.5177	-0.0191	0.3113	-0.0058	-0.0058	-0.004	0.0088	0.0036	0.0482	-0.0135	-0.0333	0.0008	0.0908	-0.0082	0.0038	0.0824	-0.0063	0.0819	20.4482	-3.8334	-15.3247
3	1.4411	0.0484	-0.5863	2.7941	0.7096	1.5636	-0.0632	0.0462	-0.0455	0.0528	-0.0055	0.1482	0.1002	-0.0878	0.0639	0.1189	-0.0305	0.0008	0.1099	-0.0021	0.1166	5.6942	-23.4242	-21.6803
4	0.6885	0.2747	-0.3151	0.9001	-0.0703	1.6288	-0.032	-0.089	-0.0604	0.155	-0.0797	0.0716	0.2417	-0.0451	0.1078	0.144	-0.025	0.026	0.109	-0.0269	0.1216	6.9798	-18.9788	-10.0641
5	1.3887	-0.4312	0.5186	2.4818	-0.7933	1.4844	0.0008	-0.0217	-0.0785	-0.0125	-0.0068	-0.0155	0.164	0.0348	0.0306	0.0758	-0.0063	0.0013	0.0628	-0.0209	0.0726	17.7964	-20.953	-19.5866
6	0.2323	0.0127	0.0419	0.4485	0.1977	0.5291	-0.0151	-0.0032	-0.0115	0.0059	-0.0007	0.0402	-0.0308	-0.0171	0.0168	0.1262	-0.0044	-0.0036	0.1122	0.0066	0.1034	21.3306	6.4739	-14.2482
7	0.5216	0.1558	0.3157	0.6182	0.2944	1.1295	-0.063	0.0627	0.0675	-0.1363	0.0299	0.031	-0.1856	0.0715	0.0324	0.1472	-0.0188	-0.0024	0.0896	0.0136	0.1086	27.253	19.859	-18.2689
8	0.8567	-0.2072	-0.2365	0.877	0.0573	1.0384	-0.0033	0.022	0.0439	0.0161	0.0324	0.0424	-0.0568	-0.0513	-0.0233	0.1036	0.0061	0.001	0.1013	0.0116	0.1002	6.0407	15.2946	19.8684
9	0.5835	0.2355	-0.2674	0.2673	-0.1161	0.3209	-0.0461	-0.0326	-0.1135	-0.0033	-0.0016	-0.0427	0.07	0.007	0.0399	0.1047	0.005	-0.003	0.0938	0.0023	0.0915	21.2022	-3.5533	24.4838
10	0.5913	0.716	-0.2007	2.0856	-0.6642	1.0068	0.1074	-0.2377	-0.0332	0.1927	-0.1262	-0.1558	-0.0899	0.1614	0.0237	0.1284	-0.0239	-0.0414	0.2114	0.0031	0.1191	39.6385	12.3894	36.1027

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 43 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 44 through 236 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 237 through 282 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 283 through 349 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 350 through 393 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 394 through 554 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 555 through 663 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 0 through 151 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 152 through 608 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 609 through 663 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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