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- PDB-6c9w: Crystal Structure of a ligand bound LacY/Nanobody Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c9w
タイトルCrystal Structure of a ligand bound LacY/Nanobody Complex
要素
  • Lactose permease
  • Nanobody9047
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


lactose:proton symporter activity / lactose transport / carbohydrate:proton symporter activity / lactose binding / : / carbohydrate transport / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
LacY/RafB permease family / LacY/RafB permease family, conserved site / LacY proton/sugar symporter / LacY family proton/sugar symporters signature 1. / LacY family proton/sugar symporters signature 2. / MFS general substrate transporter like domains / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / Growth Hormone; Chain: A; / MFS transporter superfamily ...LacY/RafB permease family / LacY/RafB permease family, conserved site / LacY proton/sugar symporter / LacY family proton/sugar symporters signature 1. / LacY family proton/sugar symporters signature 2. / MFS general substrate transporter like domains / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / Growth Hormone; Chain: A; / MFS transporter superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
4-nitrophenyl alpha-D-galactopyranoside / Lactose permease
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kumar, H. / Finer-Moore, J.S. / Jiang, X. / Smirnova, I. / Kasho, V. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Kaback, H.R. / Stroud, R.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM120043 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Crystal Structure of a ligand-bound LacY-Nanobody Complex.
著者: Kumar, H. / Finer-Moore, J.S. / Jiang, X. / Smirnova, I. / Kasho, V. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Kaback, H.R. / Stroud, R.M.
履歴
登録2018年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lactose permease
B: Nanobody9047
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0004
ポリマ－60,3922
非ポリマー6082
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)153.550, 153.550, 193.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Lactose permease / Lactose-proton symport


分子量: 46789.207 Da / 分子数: 1 / 断片: Full / 変異: G46W, G262W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: lacY, b0343, JW0334 / プラスミド: pT7-5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P02920
#2: 抗体 Nanobody9047


分子量: 13602.920 Da / 分子数: 1 / 断片: Full / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pMESy4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6
#3: 糖 ChemComp-9PG / 4-nitrophenyl alpha-D-galactopyranoside / 4-nitrophenyl alpha-D-galactoside / 4-nitrophenyl D-galactoside / 4-nitrophenyl galactoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 301.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H15NO8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 糖 ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H30O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-nonylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.46 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M MgCl2, 28% PEG1000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月11日 / 詳細: SN: 926
放射モノクロメーター: Double Flat Crystal Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→29.757 Å / Num. obs: 27589 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.856 % / Biso Wilson estimate: 111.99 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.195 / Rrim(I) all: 0.204 / Χ2: 0.724 / Net I/σ(I): 13.95
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3-3.512.1113.8890.83100240.5144.0699.9
3.5-412.0450.8083.8356450.9390.844100
4-511.8970.20513.7756890.9950.214100
5-611.6610.13819.425510.9960.145100
6-711.2660.0927.6513320.9980.094100
7-7.510.9190.05737.534180.9990.06100
7.5-811.1110.04251.683250.9990.044100
8-1011.1210.02283.6176310.023100
10-1510.5940.016108.1258910.01799.8
15-209.9280.013117.6715210.014100
20-308.6790.011125.968410.01196.6
30-406.7650.014105.371710.01568
29.757-40

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZYR

4zyr


解像度: 3→29.757 Å / SU ML: 0.63 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 39.39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 1802 6.67 %
Rwork0.2757 --
obs0.277 27009 97.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 250.38 Å2 / Biso mean: 126.6509 Å2 / Biso min: 33.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→29.757 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4090 0 87 0 4177
Biso mean--130.01 --
残基数----521
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054252
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7255761
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043637
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009708
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.831428
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3-3.0810.5407890.55951518160777
3.081-3.17160.48881990.49611806200597
3.1716-3.27390.43271000.434419662066100
3.2739-3.39070.42511010.405519802081100
3.3907-3.52630.39662020.391818772079100
3.5263-3.68650.3371010.335919872088100
3.6865-3.88040.39061010.298519972098100
3.8804-4.1230.33272020.284519132115100
4.123-4.44030.35371010.245720022103100
4.4403-4.88540.25062020.221219242126100
4.8854-5.58830.25461010.237620452146100
5.5883-7.02540.30481010.269620892190100
7.0254-29.75830.23022020.235621032305100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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