PDB-6c8p: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis malate synthase i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6c8p

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis malate synthase in complex with 2-F-phenyldiketoacid

要素

Malate synthase G

キーワード

TRANSFERASE / Acetyltransferase / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / TRANSFERASE-TRANSFERASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell extracellular matrix binding / capsule / malate synthase / malate synthase activity / coenzyme A binding / adhesion of symbiont to host / coenzyme A metabolic process / glyoxylate cycle / glyoxylate catabolic process / fibronectin binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.635 Å

データ登録者

Krieger, I.V. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J Chem Inf Model / 年: 2018
タイトル: Anion-pi Interactions in Computer-Aided Drug Design: Modeling the Inhibition of Malate Synthase by Phenyl-Diketo Acids.
著者: Ellenbarger, J.F. / Krieger, I.V. / Huang, H.L. / Gomez-Coca, S. / Ioerger, T.R. / Sacchettini, J.C. / Wheeler, S.E. / Dunbar, K.R.

履歴

登録	2018年1月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月31日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6c8p.cif.gz	165.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6c8p.ent.gz	126.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6c8p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6c8p_validation.pdf.gz	749.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6c8p_full_validation.pdf.gz	754.2 KB	表示
XML形式データ	6c8p_validation.xml.gz	31.6 KB	表示
CIF形式データ	6c8p_validation.cif.gz	47.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/6c8p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/6c8p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6apzC 6as6C 6asuC 6au9C 6axbC 6ba7C 6bu1C 6c2xC 6c6oC 6c7bC 6dkoC 6dl9C 6dljC 6dnpC 1n8iS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5c9x-d 3s9z-d 3sb0-d 5h8u-1 5cc5-d 6axb-d 1n8w-1 5c9u-d 5h8m-d 5cbi-d 6dl9-d 5cbb-d 5c7v-d 5ccz-d 5cjn-d 5cew-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Malate synthase G

ヘテロ分子

80.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.772, 78.772, 224.698
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Malate synthase G 分子量: 80456.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: glcB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A5U3K4, UniProt: P9WK17*PLUS, malate synthase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-EQA / (2Z)-4-(2-fluorophenyl)-2-hydroxy-4-oxobut-2-enoic acid 分子量: 210.159 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₇FO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.19 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: TRIS-HCl, MgCl2, PEG3350 / PH範囲: 7.5-8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.635→74.34 Å / Num. obs: 88365 / % possible obs: 84.9 % / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 1.62→1.635 Å / R_merge(I) obs: 1.236

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1N8I

1n8i

解像度: 1.635→44.696 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.64

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2171	3746	4.99 %
R_work	0.1865	-	-
obs	0.1881	75001	84.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.635→44.696 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5472	0	25	527	6024

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5653
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.856	7698
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.74	4660
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	879
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1017

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6353-1.656	0.6316	20	0.541	445	X-RAY DIFFRACTION	15
1.656-1.6778	0.4531	34	0.5303	586	X-RAY DIFFRACTION	19
1.6778-1.7008	0.4521	44	0.4032	1176	X-RAY DIFFRACTION	38
1.7008-1.7251	0.3579	83	0.3631	1535	X-RAY DIFFRACTION	50
1.7251-1.7509	0.3262	103	0.3309	1943	X-RAY DIFFRACTION	63
1.7509-1.7782	0.3377	116	0.3209	2075	X-RAY DIFFRACTION	69
1.7782-1.8074	0.3645	138	0.3068	2398	X-RAY DIFFRACTION	79
1.8074-1.8385	0.319	142	0.2856	2655	X-RAY DIFFRACTION	87
1.8385-1.872	0.3361	153	0.2721	2940	X-RAY DIFFRACTION	95
1.872-1.908	0.3069	149	0.2557	2974	X-RAY DIFFRACTION	97
1.908-1.9469	0.2618	144	0.2496	3057	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9469-1.9893	0.2902	181	0.2443	3015	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9893-2.0355	0.2398	140	0.2228	3008	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0355-2.0864	0.266	164	0.2139	3037	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0864-2.1429	0.237	159	0.201	3085	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1429-2.2059	0.2502	151	0.1938	3032	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2059-2.2771	0.2358	165	0.1923	3033	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2771-2.3585	0.2776	167	0.1842	3045	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3585-2.4529	0.2412	154	0.1946	3101	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4529-2.5645	0.2111	139	0.1908	3085	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5645-2.6997	0.2776	156	0.1939	3090	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6997-2.8689	0.2061	170	0.1921	3080	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8689-3.0903	0.2165	181	0.1887	3118	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0903-3.4012	0.197	173	0.1822	3108	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4012-3.8931	0.1896	167	0.1608	3109	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8931-4.9039	0.1753	180	0.1428	3150	X-RAY DIFFRACTION	97
4.9039-44.7123	0.1796	173	0.1659	3375	X-RAY DIFFRACTION	98

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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