PDB-6c8c: Chimeric Pol kappa RIR Rev1 C-terminal domain in complex with JHRE06

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6c8c

タイトル

Chimeric Pol kappa RIR Rev1 C-terminal domain in complex with JHRE06

要素

Chimeric protein of the Pol Kappa RIR helix and the Rev1 C-terminal domain

キーワード

REPLICATION / translesion synthesis / DNA damage tolerance / Rev1

機能・相同性

機能・相同性情報

Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Termination of translesion DNA synthesis / Dual Incision in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / deoxycytidyl transferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Najeeb, J. / Zhou, P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: A Small Molecule Targeting Mutagenic Translesion Synthesis Improves Chemotherapy.
著者: Wojtaszek, J.L. / Chatterjee, N. / Najeeb, J. / Ramos, A. / Lee, M. / Bian, K. / Xue, J.Y. / Fenton, B.A. / Park, H. / Li, D. / Hemann, M.T. / Hong, J. / Walker, G.C. / Zhou, P.

履歴

登録	2018年1月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2019年7月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.3	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6c8c.cif.gz	121.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6c8c.ent.gz	93 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6c8c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/6c8c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/6c8c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6c59SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ult-1 6ult-3 3d9p-d 2oa9-2 1lzs-d 3d9o-d 3oc5-d 3d9k-d 3lb1-2 4ked-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (10) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (6) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (4) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Chimeric protein of the Pol Kappa RIR helix and the Rev1 C-terminal domain

B: Chimeric protein of the Pol Kappa RIR helix and the Rev1 C-terminal domain

ヘテロ分子

28 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: cross-linking

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.550, 51.020, 98.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Chimeric protein of the Pol Kappa RIR helix and the Rev1 C-terminal domain / DINB protein / DINP / Rev1-like terminal deoxycytidyl transferase 分子量: 13767.835 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Polk, Dinb1, Rev1, Rev1l / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9QUG2, UniProt: Q920Q2, DNA-directed DNA polymerase, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-EQ7 / 8-chloro-2-[(2,4-dichlorophenyl)amino]-3-(3-methylbutanoyl)-5-nitroquinolin-4(1H)-one 分子量: 468.718 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₆Cl₃N₃O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: HEPES pH 7.0, potassium chloride, 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD) beta-mercaptoethanol, PEG 3350, magnesium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97779 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97779 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→45.344 Å / Num. obs: 40049 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.73 % / R_rim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 4.83 % / Num. unique obs: 2888 / R_rim(I) all: 0.457 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6C59

6c59

解像度: 1.5→35.171 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 17.49

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.191	2007	5.01 %
R_work	0.1637	-	-
obs	0.1651	40047	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→35.171 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1863	0	30	421	2314

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2010
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.772	2733
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.905	1663
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	309
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	349

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5375	0.2195	126	0.2001	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5375-1.5791	0.1829	137	0.1684	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5791-1.6256	0.1851	166	0.1679	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6256-1.678	0.2293	137	0.1624	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
1.678-1.738	0.2328	135	0.1739	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
1.738-1.8076	0.2107	148	0.1736	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8076-1.8899	0.2117	136	0.1679	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8899-1.9895	0.1891	128	0.1662	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9895-2.1141	0.1957	134	0.1606	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1141-2.2773	0.2049	129	0.1598	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2773-2.5065	0.1848	183	0.1703	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5065-2.869	0.1907	135	0.1708	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.869-3.6141	0.1836	152	0.1539	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6141-35.1805	0.1717	161	0.1561	2913	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4292	0.4485	-0.016	0.8559	-0.528	0.7754	-0.1491	-0.1472	-0.7369	-0.1832	0.0214	-0.4706	0.2658	0.0145	-0.0378	0.0983	-0.0061	-0.0025	0.1325	0.0652	0.2862	-5.8167	-45.3294	-4.4276
2	0.3016	0.0847	-0.9525	0.1119	-0.0669	3.1732	-0.091	0.6338	-0.1388	-0.285	-0.0821	0.0918	0.7405	-0.3535	-0.0834	0.1593	0.0171	-0.0575	0.2007	0.0165	0.3606	6.7332	-44.9745	-0.6614
3	0.5182	0.184	-0.2781	1.0667	-0.4945	0.5932	-0.2048	0.0807	-0.5495	-0.3716	-0.0098	-0.2908	0.4581	-0.0923	-0.1267	0.1013	-0.0495	0.0293	0.1031	-0.0319	0.1931	-3.1013	-38.3549	-12.5821
4	0.2817	0.192	0.0936	0.1246	0.1178	0.0591	0.0538	-0.3577	-0.1692	0.118	-0.1929	-0.0784	-0.0036	-0.0176	-0.06	0.0714	-0.0317	-0.0221	0.1134	0.0505	0.1197	-2.4635	-31.3045	-3.7383
5	0.5714	0.1481	0.0584	0.2084	0.1031	0.4408	0.0112	0.1772	-0.2737	-0.1036	-0.01	-0.141	0.0006	0.0379	-0.0484	0.09	-0.027	-0.0076	0.124	0.0232	0.0826	-2.4126	-28.2867	-15.5638
6	0.3047	-0.0606	-0.1337	0.1919	0.0923	0.3251	0.09	-0.0762	0.1873	0.0121	-0.1354	0.1351	-0.1429	-0.092	0.0092	0.0944	-0.0284	0.0028	0.109	0.0095	0.0782	-8.1537	-23.6238	-7.6434
7	0.0553	0.1182	-0.0118	0.4162	0.1814	0.1705	0.1542	-0.1194	0.0491	0.3147	-0.0565	0.0287	0.0971	-0.1582	-0.0045	0.1523	-0.062	0.0353	0.1676	-0.0193	0.1224	2.8466	-10.839	-5.0639
8	0.2024	0.0159	0.161	0.0088	0.0645	0.9001	0.1248	0.3771	-0.0962	-0.4238	-0.0417	-0.6871	0.0727	0.0594	0.0531	0.1371	0.0177	0.0616	0.1902	-0.0094	0.3149	31.9849	-8.9711	-24.6178
9	0.0413	0.0155	-0.0136	0.1589	0.0458	0.0006	-0.0263	0.0492	-0.225	0.1485	0.0437	-0.2178	0.1963	0.0963	0.0013	0.1325	0.0045	0.0084	0.0993	-0.0273	0.1205	25.4019	-17.7552	-19.4844
10	0.2893	-0.4437	-0.0676	0.8648	-0.2608	1.1913	0.0092	0.0044	0.0696	0.1236	-0.0491	-0.0915	-0.0343	0.124	-0.066	0.0834	-0.0255	-0.0141	0.0676	0.0046	0.0618	21.36	-6.7857	-17.1618
11	0.4786	-0.2121	0.0222	0.4953	0.0036	0.179	-0.0622	-0.158	0.1099	0.0804	0.0492	0.247	-0.246	0.0395	-0.0098	0.1655	-0.0321	0.0064	0.0931	-0.0149	0.0609	17.7003	-4.7871	-7.6102
12	0.106	0.1214	-0.1301	0.24	-0.4113	0.622	0.0621	-0.0717	0.2654	-0.0211	-0.0079	0.3008	-0.0824	-0.1022	0.0052	0.1102	-0.017	0.0188	0.0808	0.0095	0.1222	9.0034	-3.1018	-14.1093

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 13 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 14 through 23 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 24 through 51 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 52 through 67 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 68 through 90 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 91 through 111 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 112 through 119 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 3 through 17 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 18 through 32 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 33 through 70 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 71 through 91 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 92 through 119 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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