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Yorodumi- PDB-6c8c: Chimeric Pol kappa RIR Rev1 C-terminal domain in complex with JHRE06 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6c8c | ||||||
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Title | Chimeric Pol kappa RIR Rev1 C-terminal domain in complex with JHRE06 | ||||||
Components | Chimeric protein of the Pol Kappa RIR helix and the Rev1 C-terminal domain | ||||||
Keywords | REPLICATION / translesion synthesis / DNA damage tolerance / Rev1 | ||||||
Function / homology | Function and homology information Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Termination of translesion DNA synthesis / Dual Incision in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / deoxycytidyl transferase activity ...Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Termination of translesion DNA synthesis / Dual Incision in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / deoxycytidyl transferase activity / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / error-free translesion synthesis / site of DNA damage / error-prone translesion synthesis / response to UV / cellular response to UV / Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases / DNA replication / damaged DNA binding / molecular adaptor activity / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nuclear body / DNA repair / DNA damage response / nucleus / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Najeeb, J. / Zhou, P. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Cell / Year: 2019 Title: A Small Molecule Targeting Mutagenic Translesion Synthesis Improves Chemotherapy. Authors: Wojtaszek, J.L. / Chatterjee, N. / Najeeb, J. / Ramos, A. / Lee, M. / Bian, K. / Xue, J.Y. / Fenton, B.A. / Park, H. / Li, D. / Hemann, M.T. / Hong, J. / Walker, G.C. / Zhou, P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6c8c.cif.gz | 121.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6c8c.ent.gz | 93 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6c8c.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6c8c_validation.pdf.gz | 755.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6c8c_full_validation.pdf.gz | 755.8 KB | Display | |
Data in XML | 6c8c_validation.xml.gz | 15.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6c8c_validation.cif.gz | 24.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/6c8c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/6c8c | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6c59SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13767.835 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Polk, Dinb1, Rev1, Rev1l / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q9QUG2, UniProt: Q920Q2, DNA-directed DNA polymerase, Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases #2: Chemical | ChemComp-EQ7 / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: HEPES pH 7.0, potassium chloride, 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD) beta-mercaptoethanol, PEG 3350, magnesium formate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 0.97779 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 8, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97779 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→45.344 Å / Num. obs: 40049 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 7.73 % / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 16.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.54 Å / Redundancy: 4.83 % / Num. unique obs: 2888 / Rrim(I) all: 0.457 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6C59 Resolution: 1.5→35.171 Å / SU ML: 0.13 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 17.49
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→35.171 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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