PDB-6c84: Crystal structure of PBP5 from Enterococcus faecium

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6c84

タイトル

Crystal structure of PBP5 from Enterococcus faecium

要素

Penicillin-binding protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / penicillin binding protein / antibiotic resistance / Peptidoglycan

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / membrane => GO:0016020 / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.511 Å

データ登録者

Shamoo, Y. / Davlieva, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of PBP5 from Enterococcus faecium
著者: Shamoo, Y. / Davlieva, M.

履歴

登録	2018年1月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2022年3月23日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6c84.cif.gz	492.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6c84.ent.gz	406.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6c84.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/6c84 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/6c84	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5e31
類似構造データ	6et1-d 1nwr-d 20969 1nwt-d 1pdw-d 1nws-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Penicillin-binding protein

B: Penicillin-binding protein

144 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.977, 73.071, 131.445
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.970, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Penicillin-binding protein / Putative penicillin-binding protein 3 分子量: 71856.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア) 遺伝子: CQR40_00950, HMPREF3199_01318 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A133MY97

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.41 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Mg acetate, 0.1 M Na cacodylate pH 6.5, 5% PEG 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.987 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.987 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.51→30 Å / Num. obs: 65301 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 42.66 Å² / R_merge(I) obs: 0.096 / R_pim(I) all: 0.057 / R_rim(I) all: 0.112 / Χ²: 1.33 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 246829

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.51-2.55	3.8	0.829	3220	0.749	0.495	0.967	0.968	100
2.55-2.6	3.8	0.764	3256	0.737	0.457	0.892	0.981	100
2.6-2.65	3.8	0.64	3239	0.817	0.382	0.746	1.013	100
2.65-2.7	3.8	0.542	3233	0.849	0.325	0.634	1.087	99.9
2.7-2.76	3.8	0.436	3254	0.902	0.261	0.509	1.06	100
2.76-2.83	3.8	0.363	3241	0.937	0.217	0.424	1.108	100
2.83-2.9	3.8	0.324	3248	0.939	0.193	0.378	1.135	100
2.9-2.98	3.8	0.265	3236	0.96	0.158	0.309	1.155	100
2.98-3.06	3.8	0.218	3275	0.963	0.13	0.254	1.217	100
3.06-3.16	3.8	0.169	3240	0.979	0.101	0.197	1.257	100
3.16-3.27	3.8	0.14	3270	0.987	0.083	0.163	1.287	100
3.27-3.41	3.8	0.113	3247	0.987	0.067	0.132	1.36	100
3.41-3.56	3.8	0.095	3255	0.99	0.057	0.111	1.525	100
3.56-3.75	3.8	0.088	3283	0.99	0.052	0.102	1.77	100
3.75-3.98	3.8	0.074	3254	0.993	0.044	0.086	1.835	99.9
3.98-4.29	3.8	0.062	3283	0.993	0.037	0.072	1.706	100
4.29-4.72	3.8	0.056	3274	0.995	0.033	0.065	1.66	100
4.72-5.4	3.8	0.052	3282	0.995	0.031	0.061	1.597	99.9
5.4-6.79	3.7	0.051	3322	0.994	0.03	0.059	1.511	99.8
6.79-30	3.5	0.04	3389	0.997	0.025	0.047	1.358	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.511→29.79 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.265	1898	3.05 %
R_work	0.2238	60395	-
obs	0.2251	62293	95.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 238.65 Å² / B_iso mean: 82.023 Å² / B_iso min: 29.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.511→29.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9797	0	0	0	9797
残基数	-	-	-	-	1281

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	9947
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.831	13454
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	1517
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1778
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.521	6090

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5112-2.574	0.3798	112	0.3042	3615	3727	81
2.574-2.6435	0.3688	119	0.2893	3955	4074	87
2.6435-2.7213	0.2987	125	0.2681	4009	4134	89
2.7213-2.8091	0.3399	135	0.2668	4147	4282	92
2.8091-2.9094	0.305	128	0.2665	4221	4349	94
2.9094-3.0258	0.3221	136	0.2717	4325	4461	96
3.0258-3.1633	0.3739	138	0.2581	4388	4526	97
3.1633-3.3299	0.3249	138	0.2507	4444	4582	98
3.3299-3.5382	0.2611	143	0.2367	4448	4591	99
3.5382-3.8109	0.2555	145	0.2144	4535	4680	99
3.8109-4.1934	0.2051	142	0.1922	4523	4665	100
4.1934-4.7981	0.1893	143	0.1815	4542	4685	100
4.7981-6.0368	0.2406	148	0.2095	4579	4727	100
6.0368-29.7918	0.2654	146	0.2078	4664	4810	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 154.2717 Å / Origin y: 4.5228 Å / Origin z: 28.8543 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.5424 Å²	-0.0202 Å²	0.0411 Å²	-	0.5885 Å²	0.0092 Å²	-	-	0.4719 Å²
L	0.293 °²	-0.0146 °²	0.4059 °²	-	-0.049 °²	0.0296 °²	-	-	0.0263 °²
S	0.014 Å °	0.1121 Å °	-0.0153 Å °	-0.0427 Å °	-0.0082 Å °	-0.0205 Å °	-0.0326 Å °	0.1135 Å °	0.0009 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	39 - 678
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	38 - 678

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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